Tähelepanu!
Enne proovide kogumist ja saatmist tutvu palun proovivõtujuhendiga. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjustega saad tutvuda SIIN.
Toidu- ja söödaohutuse proovivõtujuhendid
Mikrobioloogia ja keemia analüüsideks on vajalik tuua eraldi proovid.
Suuremahuliste partiide ja pakendamata toiduainete puhul on üldaktsepteeritavaks laboratoorse proovi minimaalkoguseks mikrobioloogilisteks analüüsideks 200 g (pakendatud toodete puhul 100 g) ja keemilisteks analüüsideks 200 g.
Pakendatud toitude puhul aktsepteeritakse vaid vigastamata originaalpakendis proove. Soovides proovidest üheaegselt nii keemilisi kui mikrobioloogilisi analüüse, tuleks arvestada ka sellevõrra suuremate proovikogustega.
Sõltuvalt uuritavate näitajate arvust ning proovimaatriksist võivad laboratoorseteks analüüsideks vajaminevad proovikogused osutuda teinekord ka suuremateks (näiteks toitumisalase teabe puhul).
Heterogeensete loomasöödaproovide puhul palub LABRIS arvestada vähemalt 500 g kogusega.
Lisaküsimuste tekkimisel olete teretulnud pöörduma meie laborite mikrobioloogia ja keemia osakondade juhatajate poole (täpsem info kontaktide all).
Õiguslik raamistik (allikas: Põllumajandus- ja Toiduamet, www.pta.agri.ee)
Alates 18.03.2023 kehtib SoM määrus nr 61 „Joogivee kvaliteedi- ja kontrollinõuded ja analüüsimeetodid ning tarbijale teabe esitamise nõuded“ uus redaktsioon. Muudatusega korrigeeriti mikrobioloogiliste ning keemiliste näitajate ja ka tavanäitajate tabelit.
ToiduS §32 lõike 1 sõnastuse kohaselt „Ettevõte peab olema varustatud piisava hulga veeseaduse alusel kehtestatud joogivee nõuetele vastava veega“. Euroopa Parlamendi ja nõukogu määrus (EÜ) nr 852/2004, 29. aprill 2004, toiduainete hügieeni kohta II lisa VII peatükk lg 1a) sätestab, et käitlemisettevõttes peab olema piisav joogiveevarustus, mida kasutatakse alati kui see on vajalik toiduainete saastumise vältimise tagamiseks.
VeeS § 87 lõike 11 kohaselt ei loeta joogivee käitlejaks toidukäitlemisettevõtjat, kes võtab oma veevõtukohast vett üksnes toidukäitlemisettevõttes kasutamiseks, mistõttu ei pea nimetatud käitleja täitma joogivee käitlejale kehtestatud nõudeid. Toidukäitleja, kes võtab vett oma veevõtukohast üksnes toidukäitlemisettevõttes kasutamiseks, näiteks puu- ja köögivilja pesemiseks, toidu valmistamiseks või toidu koostisosana, peab tagama, et kasutatava vee kvaliteet ei mõjuta tarbimisvalmis toidu ohutust. Toidu hügieeninõuetest lähtuvalt tuleb toidukäitlemisel kasutada joogivee miinimumnõuetele vastatava kvaliteediga vett. Lisaks peab toidukäitleja täitma toiduseaduse §-s 34 sätestatud enesekontrolli nõudeid. Näiteks on ta kohustatud kontrollima toidu ja selle käitlemise nõuetekohasust ning rakendama abinõud selle tagamiseks, määrama kindlaks olulised käitlemisetapid, sealhulgas kriitilised kontrollpunktid, neid kontrollima ning registreerima kontrolli tulemused Euroopa Parlamendi ja nõukogu määruse (EÜ) nr 852/2004 artikli 5 kohaselt.
Ettevõte peab ise riskihindamise tulemusena otsustama, et kas antud kohas on vajalik toiduainete käitlemisel toiduainete saastumise vältimiseks kasutada joogivee nõuetele vastavat vett ning millise sagedusega on vajalik proovivõtmine.
- Kui ettevõte taotleb tegevusluba, siis tuleb lähtuda toiduseaduse §9 punktist 8, et tuleb esitada ettevõttes kasutatava vee analüüsi katseprotokollid veeseaduse § 85 lõike 2 alusel kehtestatud joogivee tavakontrolli käigus uuritavate näitajate kohta. Katseprotokollid peab olema väljastanud joogivee analüüsimiseks akrediteeritud laboratoorium. Seega loa taotlemisel tuleb ettevõttel lähtuda SoM määruse nr 61 paragrahvi §10 lõikes 3 toodud tavakontrolli näitajatest.
- Ühisveevärgi vee kasutajatel soovitame teostada analüüse vastavalt §4 lõikele 1.
- Kui ettevõttel on oma puurkaev, siis peab ta määrama mikrobioloogilisi ja keemilisi kvaliteedinäitajaid vastavalt §4 ja §5.
- Esmatootjatele, kes turustavad toorpiima ning puu- ja köögivilja vahetult tarbimiseks, soovitame määrata näitajaid vastavalt §4 lõikele 1. Proovivõtu sageduse peab ettevõte ise endale enesekontrolli raames kehtestama.
- Veevillijad on joogivee käitlejad ning seega peavad nemad võtma ühendust Terviseametiga. PTA poolt soovitame määrata tavanäitajaid ja vastavalt §10 lõikele 8 teostada ka tavakontrolli ette antud sagedusega.
- Toidukäitleja, kellel on oma veevõtukoht ja kes tegutseb joogivee käitlejana, peab järgima joogivee käitlejale kehtestatud nõudeid, sh joogivee määruses kehtestatud nõudeid. Seega peab antud ettevõte samuti teostama tavakontrolli vastavalt §10 etteantud näitajatele ning sagedusele ning pöörduma Terviseameti poole.
Proovi võtmine
Proovi võtmiseks mikrobioloogilisteks analüüsideks kasutatakse tavapäraselt puhtaid ja steriilseid pudeleid minimaalse mahutavusega 500 ml. Eelnevalt kanistritesse või pudelisesse villitud vee puhul on soovitav need analüüsideks tuua avamata kujul. Steriilsed proovivõtupudelid on kättesaadavad laborite vastuvõtuosakondades. Erandjuhtudel on võimalik pudeleid desinfitseerida, keetes neid ja korke vähemalt 30 minutit vees, tühjendades, korkides need seejärel ning pakendades puhtasse paberisse.
Mikrobioloogiliste näitajate vastavusproove võetakse ja neid käideldakse vastavalt standardis EVS-EN ISO 19458 (Vee kvaliteet – Proovide võtmine mikrobioloogiliseks analüüsiks) osutatud proovivõtueesmärgile B. Enne proovipudeli täitmist eemaldatakse kraanilt katlakivi, lima ja muu väline mustus. Samuti eemaldatakse kraaniotsik. Kraan desinfitseeritakse leegiga või hoides kraaniotsa 2 - 3 minuti jooksul etanooli või hüpokloriti lahuses. Seejärel lastakse veel 1 - 2 minuti jooksul joosta, järgnevalt eemaldatakse proovivõtupudeli kork ning pudel täidetakse vähemalt 2/3 ulatuses. Pudel suletakse tihedalt. Proovivõtmisel tuleb olla hoolas, et pudelikork ei saaks saastatud.
Pumbakaevust võetakse proove samamoodi kui kraanist. Salvkaevust võetakse vesi igapäevaselt kasutatava ämbriga. Kolmandik veest valatakse ära ning üle ämbri sama serva valatakse vesi proovipudelisse.
Proovivõtt jaotusvõrgus, välja arvatud proovivõtt tarbija kraanist, peab vastama standardile ISO 5667-5. Mikrobioloogiliste näitajate puhul peab jaotusvõrgus proovide võtmine ja käitlemine vastama standardis EVS-EN ISO 19458 osutatud proovivõtueesmärgile A. Eemaldatakse kraaniotsik. Enne proovipudeli täitmist eemaldatakse kraanilt katlakivi, lima ja muu mustus ning kraani avatakse ja suletakse korduvalt. Kraan desinfitseeritakse leegiga või hoides kraaniotsa 2 - 3 minuti jooksul etanooli või hüpokloriti lahuses. Leegiga desinfitseerimise järgselt peaks kraani avamisel olema kuulda susisev heli. Desinfitseerimise järgselt avatakse kraan poolenisti ning lastakse veel joosta kuni viimane on saavutanud püsiva temperatuuri. Proovipudel asetatakse vee alla ning täidetakse 2/3 ulatuses.
Õppevideo: https://youtu.be/Z8Fj9Gt2gCM (www.toiduteave.ee)
Proovi säilitamine ja transport
Soovitav on toimetada proovid laborisse nii kiiresti kui võimalik maksimaalselt 12 h jooksul. Proove hoitakse kuni nende laborisse toimetamiseni jahedas (soovitavalt temperatuuril 5 ± 3OC) ning valguse eest kaitstult. Selleks võib transportimisel kasutada jahutuselementidega termokaste. Proovide saatmiseks laborisse on võimalus kasutada Cargobusi (www.cargobus.ee) või mõne kullerfirma abi. Proovide kaaskirjavormid on kättesaadavad laborite vastuvõtuosakondades ning keskuse kodulehel Kaaskirjad | LABRIS alt. Töid teostav labor on tänulik, kui Te leiate võimaluse neid eelnevalt teavitada proovide arvu, vajalike analüüside ning saabumise aja suhtes.
Tavakontrolli eesmärk on saada teavet joogivee kvaliteedi ja joogivee töötlemise tõhususest. Joogivees tavakontrolli käigus määratavad näitajad (Sotsiaalministri määrus nr 61 § 10) on järgmised:
| Mikrobioloogilised: | Escherichia coli | |
| Coli-laadsed bakterid | ||
| Kolooniate arv 22˚C juures | ||
| Soole enterokokid | ||
| Keemilised: | Värvus | |
| Lõhn | ||
| Maitse | ||
| Hägusus | ||
| Elektrijuhtivus | ||
| pH | ||
| Alumiinium | juhul, kui alumiiniumühendeid kasutatakse veepuhastuskemikaalidena | |
| Ammoonium | juhul, kui kasutatakse kloorimist | |
| Raud | juhul, kui rauaühendeid kasutatakse veepuhastuskemikaalidena | |
| Nitrit | juhul, kui kasutatakse kloorimist | |
| Jääkkloor | juhul, kui kasutatakse kloorimist | |
Ühisveevärgi kasutajad ja esmatootjad, kes turustavad toorpiima ning puu- ja köögivilja vahetult tarbimiseks saavad lähtuda mikrobioloogiliste kvaliteedinäitajate määramise nõudest (SoM määrus nr 61 § 4):
Escherichia coli
Soole enterokokid
Lisainfo:
LABRIS Tartu, tel 738 6103, e-post: [email protected]
LABRIS Tallinn, tel 5305 2553: [email protected]
LABRIS Saaremaa, tel 453 1597, e-post: [email protected]
LABRIS Rakvere, tel 5336 6424, e-post: [email protected]
| Proovi liik | Proovi kogus | Selgitus |
| Joogivesi | 1,5 L (puhas pudel) |
|
| Toit | 200 g | Madala rasva sisaldusega toodetes (rasva sisaldus < 2g/100g) toitumisalase teabe paketi analüüsiks on optimaalne proovi kogus 500g. Sulfiti (SO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proov. Optimaalseks proovi koguseks on 200g. |
| Vahuvein, gaseeritud vein | 0,5 L | Süsihappegaasi (CO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proovipudel. Sulfiti (SO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proovipudel. Näiteks kui on kaaskirjal märgitud CO2 ja sulfit (SO2) analüüs siis on vajalik tuua kaks proovipudelit. |
| Vein | 0,5 L | Kui taara mahutab vähem kui 0,5 L, siis tuua selline arv tooteid, et proovi kogus kokku oleks ≥ 0,5 L (näiteks: 2 x 0,33 L). Sulfiti (SO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proovipudel. |
| Õlu | 0,5 L | Kui taara mahutab vähem kui 0,5 L, siis tuua selline arv tooteid, et proovi kogus kokku oleks ≥ 0,5 L (näiteks: 2 x 0,33 L). |
| Muu alkohol | 0,5 L | Süsihappegaasi (CO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proovipudel. Sulfiti (SO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proovipudel. Näiteks kui on kaaskirjal märgitud CO2 ja sulfiti (SO2) analüüs siis on vajalik tuua kaks proovipudelit. |
| Mahlad ja mitte alkohoolne jook | 0,5 L | Süsihappegaasi (CO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proovipudel. Sulfiti (SO2) analüüsi korral on vajalik eraldi proovipudel. Näiteks kui on kaaskirjal märgitud CO2 ja sulfiti (SO2) analüüs siis on vajalik tuua kaks proovipudelit. |
Sõltuvalt uuritavate näitajate arvust ning proovimaatriksist, võivad laboratoorseteks analüüsideks vajaminevad proovikogused osutuda teinekord ka suuremateks, näiteks toitumisalane teave.
Mikrobioloogia ja keemia analüüsideks on vajalik tuua eraldi proovid.
Lisainfo: LABRIS Tartu keemia osakond, tel 738 6110, [email protected]
Proovi võtmine (proovikogus, taara)
Toidu- ja söödaproovide võtmisel saab juhinduda tehnilisest spetsifikatsioonist CEN ISO/TS 17728: Toiduahela mikrobioloogia. Proovivõtumeetodid toidu- ja söödaproovide mikrobioloogiliseks analüüsiks. Piimatoodete proovide võtmist reguleerib standard EVS EN ISO 707.
Proovivõtuvahendid peavad olema puhtad ning sõltuvalt uuringu eesmärgist vajadusel ka steriilsed. Näiteks tootele omase mikrofloora uurimisel tuleks kasutada kindlasti steriilseid proovivõtuvahendeid, samas uurides toitlustamise või tootmise hügieenilist olukorda, tuleks eelistada toitlustamise ja tootmise ajal kasutatavaid vahendeid. Kasutada võib ühekordse kasutusega tarvikuid nagu plastikust lusikad, purgid, plastikkarbid ja -kotid.
Suuremahuliste partiide ja pakendamata toiduainete puhul on optimaalseks laboratoorse proovi koguseks 200 g, pakendatud toodete puhul 100 g. Pakendatud toitude puhul aktsepteeritakse vigastamata originaalpakendis proove. Soovides proovidest üheaegselt nii keemilisi kui mikrobioloogilisi analüüse, tuleks arvestada ka sellevõrra suuremate proovikogustega. Heterogeensete loomasöödaproovide puhul tuleks arvestada vähemalt 500 g kogusega.
Proovi säilitamine ja transport
Kuumade, toatemperatuuril säilivate, jahutatud ja külmutatud proovide transport ei saa toimuda ühes transpordikonteineris koos. Proove tuleks hoida ja transportida tingimustes, mis ei põhjusta mikroobide arvukuse muutust proovis.
Sügavkülmutatud proovide transpordil peaks nende temperatuur jääma alla -18 ˚C ning keskkonnatemperatuuril säilitatavate proovide puhul alla 40 ˚C. Kõiki teisi proove tuleks transportida jahutatuna temperatuuril 1 ˚C kuni 8 ˚C.
Proovide saatmiseks laborisse on võimalus kasutada Cargobusi (www.cargobus.ee) või mõne kullerfirma teenust. Proovid tuleb toimetada laborisse esimesel võimalusel ning selleks ei tohiks kuluda enam kui 24 h.
Proovide kaaskirjavormid on kättesaadavad keskuse vastuvõtuosakondades ning LABRISe kodulehel Kaaskirjad | LABRIS alt.
Töid teostav labor on tänulik, kui leiate võimaluse neid eelnevalt teavitada proovide arvu, soovitud näitajate ning saabumise aja suhtes.
Keskuse üldine klienditeeninduse e-posti aadress on [email protected].
Proovivõtuvahendid
RÜMPADELT destruktiivseid ja mittedestruktiivseid proovide võtmise meetodeid, proovivõtukohtade valimist ja proovide hoiustamise ja transpordi nõuded on kirjeldatud standardis EVS EN ISO 17604 (Toiduahela mikrobioloogia. Proovivõtt rümpadelt mikrobioloogiliseks analüüsiks).
Mittedestruktiivse rümbaproovi puhul koosneb proovivõtukomplekt kas:
1) neljast steriilset peptoonsoolalahust (10 ml) ja tampooni sisaldavast proovivõtutuubist ja 4 kuivast steriilsest puitvarrega tampoonist (nt. aeroobsete mikroorganismide kolooniate arv, Enterobacteriaceae arvukus) või
2) Puhverdatud peptoonveega niisutatud käsnast, mis on sobilik suurtelt pindadelt (> 100 cm2) proovide võtmiseks nn abrasiivse käsna meetodil (nt. salmonella, jersiinia, Shiga-toksiine tootev E. coli tuvastamine).
Komplekt ei sisalda ühekordseid kindaid!
Komplekti kuulub:
- 7,5 x 3,5 cm biotsiidivaba tselluloosist käsn
- 10 ml puhverdatud peptoonveega niisutatud käsn
- Pakendatud Twirl-Tie™ kotis
- Kiiritatud steriilsuse tagamiseks
- Märgistusala proovi markeerimiseks
- Koti avamist hõlbustab koti küljes olev tõmberiba
PROOVI VÕTMINE:
TOIDU- JA SÖÖDATOOTMISE JA -KÄITLEMISE KESKKONNAST võetavate proovide puhul lähtutakse standardi EVS EN ISO 18593 (Toiduahela mikrobioloogia. Pinnaproovide võtmise horisontaalmeetodid) nõuetest.
Proovide võtmist Listeria monocytogenes´e tuvastamiseks pindadelt reguleerib lisaks EL-i L. monocytogenes´e referentlabori juhismaterjal „Guidelines on sampling the food processing area and equipment for the detection of Listeria monocytogenes“.
Mikroorganismide tuvastamiseks (nt. listeeria, salmonella, stafülokokid, E. coli) on kasutusel kahte liiki proovivõtukomplektid:
1) Puhverdatud peptoonveega niisutatud käsnast, mis on sobilik suurtelt pindadelt (> 100 cm2) proovide võtmiseks nn abrasiivse käsna meetodil (nt. salmonella, jersiinia, Shiga-toksiine tootev E. coli tuvastamine).
Komplekt ei sisalda ühekordseid kindaid!
Komplekti kuulub:
- 7,5 x 3,5 cm biotsiidivaba tselluloosist käsn
- 10 ml puhverdatud peptoonveega niisutatud käsn
- Pakendatud Twirl-Tie™ kotis
- Kiiritatud steriilsuse tagamiseks
- Märgistusala proovi markeerimiseks
- Koti avamist hõlbustab koti küljes olev tõmberiba
PROOVI VÕTMINE:
2) olukordades, kus proovi võtmine käsnaga ei ole võimalik, saab kasutada proovivõtukomplekti, mis koosneb 5 ml peptoonsoola lahust sisaldavast tuubist ja keeratava korgi küljes olevast tampoonist.
Mikroorganismide arvukuse määramiseks (aeroobsed mikroorganismid, Enterobacteriaceae, pärm- ja hallitusseened) on kasutusel 10 ml peptoonsoolalahust ja tampooni sisaldavad proovivõtutuubid.
Kui proov on võetud patogeensete mikroorganismide, E.coli, coli-laadsete bakterite, stafülokokkide tuvastamiseks, siis samast proovist analüüse aeroobsete mikroorganismide ja Enterobacteriacae arvuliseks määramiseks teostada ei saa. Selleks tuleks kasutada eraldi proovivõtukomplekti.
Proovivõtukomplekte väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud osakonnad.
ÕHUPROOVIDE analüüsideks väljastatakse Petri tassid koos mikroobide kasvuks vajaliku söötmega – mikroobide arvu määramiseks on kasutusel PCA ning pärm- ja hallitusseente puhul DRBC sööde. Õhuproovideks vajalikke tasse väljastatakse ettetellimise alusel. Tellimus esitada e-posti aadressil: [email protected]
Proovi säilitamine ja transport
Proovid tuleb keskusesse toimetada esimesel võimalusel. Proove tuleks hoida ja transportida tingimustes, mis tagab mikroobide eluvõimelisuse ning ei põhjusta nende arvu muutust proovis. Selleks tuleks asetada need jahutuselementidega termokasti, et oleks tagatud vastavus ettenähtud säilitustingimustele: temperatuuril 1 ˚C kuni 8 ˚C.
Proovide saatmiseks keskusesse on võimalus kasutada Cargobus'i (www.cargobus.ee) või mõne kullerfirma teenust. Proovide kaaskirjavormid on kättesaadavad laborite vastuvõtuosakondades ning keskuse kodulehel „toidu- ja söödaohutuse kaaskirjad“ alt.
Töid teostav osakond on tänulik, kui Te leiate võimaluse neid eelnevalt teavitada proovide arvu, vajalike analüüside ning saabumise aja suhtes.
Keskuse üldine klienditeeninduse e-posti aadress on: [email protected]
Lisainfo proovide võtmise kohta
Õppevideo pinnaproovide võtmisest https://youtu.be/DN6yzCwVMRE (www.toiduteave.ee)
Õppevideo õhuproovide võtmisest https://youtu.be/aGHOXVyvTrc (www.toiduteave.ee)
Proovide vastuvõtmine:
LABRIS Tallinna laboratoorium
Väike-Paala 3, 3. korrus
11415 Tallinn
Tel 5449 0653; 5447 0721
E-post: [email protected]
- Laboril on õigus keelduda proovi vastuvõtmisest, kui proov on kahjustatud pakendis, proovi temperatuur ei vasta nõuetele või proovi kogus on ettenähtust väiksem;
- Jahutatud proovide temperatuur peab olema 2 °C kuni 6 °C juures (Põllumajandusministri 6. jaanuari 2003. a määrus nr 1 "Loomses toidus saasteainete riikliku järelevalve reguleerimise kord ning kontrollproovide võtmise ja analüüsimise meetodid", muudetud 01.01.2021);
- Proovidel, mis peavad olema transporditud jahedas (nt piimaproovid), kontrollitakse proovide vastuvõtul proovi temperatuuri ja fikseeritakse labori infosüsteemis. Mittevastava temperatuuriga proovi kohta edastatakse tagasiside proovivõtjale ning proovi ei analüüsita;
- Taimekaitsevahendite jääkide ja mükotoksiinide analüüsimiseks esitatud proovid peavad võimalikult kiiresti jõudma laborisse, kuna proove tuleb hoida -18 °C juures;
- Puhtimise kvaliteedi hindamiseks esitatud proove tuleb laboris enne analüüsimist hoida külmkapis +5 °C juures.
Proovide minimaalsed kogused taimekaitsevahendite määramiseks:
- Väikesemõõdulised värsked tooted 1 kg;
- Keskmiste mõõtudega värsked tooted 1 kg või 10 ühikut;
- Suuremõõdulised värsked tooted 2 kg või 5 ühikut;
- Teravili (sh söödad), kaunvili, pähklid 1 kg;
- Kookospähklid 5 ühikut;
- Õliseemned 0,5 kg;
- Rohelised maitsetaimed 0,2 kg – 0,5 kg;
- Jookide ja maiustuste jaoks kuivatatud seemned (kakaooad jt) 0,5 kg;
- Vürtsid 0,1 kg;
- Töödeldud taimne toit 0,5 kg või 0,5 l;
- Piimatooted 0,5 kg või 0,5 l;
- Taimse materjali proovid 1 kg;
- Muld 0,5 kg– 1 kg;
- Vesi 1 l.
Proovide minimaalsed kogused mükotoksiinide määramiseks:
- Järelevalveasutuste poolt piiripunktidest võetud proovikogused on 20 kg olenemata maatriksist (va viigimarjad);
- Mujalt võetud minimaalsed proovikogused 1 kg olenemata maatriksist (va viigimarjad);
- Kuivatatud viigimarjad 30 kg;
- Eraklientide poolt toodud proovide suurus on 1 kg.
Proovide saatmisel kulleri või cargoga kirjutada pakile peale:
LABRIS Tallinn
TKV JÄÄGID, MÜKOTOKSIINID
Väike-Paala 3, 3. korrus
11415 Tallinn
Tel 5449 0653; 5447 0721
Lisainfo:
Tel 5449 0653 (Ülle Püü);
Tel 5447 0721 (Merike Toome);
E-post: [email protected]
Loomatervise proovivõtujuhendid
Haiguse tutvustus:
Mastiit
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Mastiiditekitajate määramine |
bakterioloogiline uuring |
|
5DB-TJ-24 |
Bakterioloogia-patoloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
Kliinilise haigestumise korral
- Proov võetakse haigest udaraveerandist enne ravi algust, kuna manustatud antibakteriaalsed ained mõjutavad uurimistulemust.
Subkliinilise haigestumise korral (kõrgenenud somaatiliste rakkude arv piimas, positiivne kiirtest, nt. California mastiiditest, Kenotest või muu analoogne test)
- Proov probleemsest udaraveerandist.
- Kui probleemset udaraveerandit pole võimalik identifitseerida, võetakse proov eraldi igast udaraveerandist erinevatesse katsutitesse (proovikatsutile märgitakse proovi number ning kaaskirjas olevasse nimekirja looma ID ning udaraveerandi lühend - PE, PT, VE; VT).
- Piimaproov võetakse vahetult enne lüpsi.
- Kui see pole võimalik, peab lüpsist möödas olema vähemalt neli tundi.
Ravi efektiivsuse kontrolliks
- võetakse proovid, kui ravi lõppemisest on möödunud vähemalt 3 nädalat.
NB! Ei ole soovitav koguda ühe looma erinevate udaraveerandite proove ühte katsutisse.
- Suureneb oluliselt proovi saastumise oht (hiljem märkus uurimisteates „segakasv“).
- Kui probleem on vaid ühes veerandis, siis segunedes tervetest udaraveeranditest võetud proovidega haigustekitajate hulk proovis väheneb (proov „lahjeneb“) ning haigustekitaja võib jääda avastamata.
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Vajalikud vahendid:
- steriilsed korgiga suletavad piimaproovi katsutid e. katseklaasid (küsida LABRISe laboritest NB! proovivahendite tellijale postiga saatmisel kannab saatmiskulud tellija)
- veekindel marker
- desinfitseeriva vahendiga (70% alkohol vms) niisutatud puhastuslapid
Proovide võtmine ja märgistamine
- Udar ja nisad pestakse veega vaid siis, kui need on väga saastunud. Pärast pesemist kuivatatakse hoolega, et proovid ei saastuks pesuveega.
- Enne proovide võtmist pestakse ja desinfitseeritakse käed.
- Katsuti märgistatakse proovi järjekorranumbriga.
- Nisa alumine kolmandik puhastatakse korralikult ning lõpuks puhastatakse hoolikalt nisatipp ja –ava puhastuslapi kasutamata osaga. Iga nisa jaoks on eraldi puhastuslapp.
- Esimesed piimajoad (ca 10 ml), lüpstakse eellüpsinõusse, et vältida nisa tipus ja -juhas olevate bakterite sattumist piimaproovi.
- Katsuti avatakse ja lüpstakse sellesse vajalik kogus piima (umbes pool katsuti mahust, ca 5 ml).
- Katsuti hoitakse proovi võtmise ajal poolviltu (joonis 1), et vältida mustuse ja tolmu sattumist keskkonnast piimaproovi. Jälgitakse, et ka kork ei saastuks. Pärast proovi võtmist suletakse katsuti kohe korgiga.
Joonis 1
- Veendutakse, et katsuti on väliselt puhas, määrdunud katsuti puhastatakse.
- Kogutud piimaproovid jahutatakse külmikutemperatuurini.
Proovide pakkimine, säilitamine ja saatmine
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Kui piimaproove ei ole võimalik uurida samal ega järgneval päeval, proovid külmutatakse (ca -18oC).
- NB! Vältida proovide soojenemist transportimisel!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: kuni 7 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 738 6120
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 09.12.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-40 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Roe või soolesisu. Parasiitide määramine* |
5DB-TJ-25 |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist lõpp-peremeeste proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
Vaheperemeestel
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Larvaalse ehhinokokoosi uurimine* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-42** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga. |
histoloogiline |
5DH-TJ-12** |
|
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine Periodic Acid Schiff (PAS) meetodil happeliste mukopolüsahhariidide visualiseerimiseks. |
5DH-TJ-15** |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
** meetod ei ole akrediteeritud
Kinnitav uuring
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Echinococcus granulosus ja multilocularis liigiline määramine |
multiplex PCR |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
Meetodi valikul lähtutakse uurimismaterjalist ja patoloogiatest.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Lõpp-peremehed (lihasööjad)
Lemmikloomadel (koer, kass) uuritakse koproproovi (rooja).
Proov peab olema värske, kogus võimalusel vähemal kahe tikutopsi suurune. Pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti või proovitopsi ja kilekotti ning jahutatakse ca 4°C juures.
Ulukloomadel (rebane, kährikkoer, hunt) uuritakse peensoole proovi.
Laborisse saadetakse kas kogu korjus või mõlemast otsast ligeeritud otstega soolestik, mis on korralikult lekkekindlalt pakitud.
NB! Kogu korjuse saatmine toimub MEmE projekti raames või eraldi kokkuleppel.
Vt. MEme proovivõtujuhend:
NB! Proovide võtmisel kasutada kindaid jt kaitsevahendeid, kuna tegemist on nakkusohtliku materjaliga.
Vaheperemehed
Veterinaarkontrolli käigus võetud tapasaaduste proov (siseorganid) saadetakse larvaalse ehhinokokoosi suhtes laborisse mikroskoopilisele ja histoloogilise uurimisele.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti.
- Koproproovid jahutatakse ca 4°C juures.
- Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
- Koproproovid on uurimiskõlbulikud 4°C juures kuni 5 päeva.
- Lõpp-peremeeste (rebased jt. karnivoorid) jahutatud korjused ja ligeeritud soolestik saadetakse külmkehadega termokastis 24 h jooksul. Proove võib külmutada -18o C ning saata külmutatuna esimesel võimalusel.
- Organproove ja tsüsti sisu säilitatakse ca 4°C juures ning saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Kui prooviks on korjus, lepib proovide võtja patoloogia laboriga kokku (välja arvatud MEmE uurimisprojekti proovid 2020. aastal).
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. MEmE projekti korral palume kasutada selleks koostatud vormi. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev, kellaaeg ja info proovide säilitamise kohta enne laborisse jõudmist.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral lõpp-peremeestel (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
• Parasitoloogiline uuring: Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: kokkuleppel
• Roe või soolesisu: 1–2 päeva
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: 1–2 päeva*
Histoloogiline uuring: kuni 10 tööpäeva
Multiplex PCR: kuni 5 tööpäeva
*Vajadusel lisandub aeg kinnitavateks uuringuteks
ANALÜÜSIMEETODID
Proovivõtulahang
Parasitoloogiline uuring:
• Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: settimis- ja loputusmeetod
• Roe või soolesisu. Parasiitide määramine: roojaproovide uuring helmintoskoopiliselt (paelussilülid on määratavad lühikest aega, kuna lagunevad) ja flotatatsioonimeetod.
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: organproovide helmintoskoopia ja mikroskoopiline uuring.
Histoloogiline uuring: koeproovide töötlemine ja värvingud koemuutuste visualiseerimiseks.
Multipleks PCR: multipleks polümeraas-ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond. Üldinfo telefonil 7 386 120 (ka MEmE projekti info), patoloogia labor: 7 386 123
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 15.09.2020
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium spp |
BAKT |
5DB-TJ-2 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt külv ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb, cpb2, etx, iap, cpe |
Real-time PCR |
5MA-TJ-93* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjused ja organproovid: vt. juhend
Post-mortem proovid:
- proovid sooltest (ligeeritud mõlemast otsast)
- soolesisu proovitopsis
- soolelümfisõlmed
- limaskesta kaaped (magu, sool) transportsöötmes (Amies või Eswab)
- muutuste korral neerud, kopsud, aju
Müosiidi puhul: koeproovid 4 cm3 mõõtmetega
Nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab)
NB! Proovid võtta võimalikult kiiresti pärast looma surma.
Elupuhuselt
- roojaproov steriilses proovitopsis
- tampooniproov pärasoolest transportsöötmes(Amies või Eswab)
- lihaskahjustuste korral nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab) –
NB! Ilma transportsöötmeta (organproove, soolesisu) saadetavatel proovidel jäetakse esmasesse pakendisse/ proovitopsi võimalikult vähe õhuruumi.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Proovid pakendatakse enne lõplikku pakkimist veel täiendavasse pakendisse.
Kaaskirjavormid leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Tampooniproovide korral märkida kindlasti ära täpne piirkond, kust proov on võetud. Oluline on kaaskirjal kirjeldada kliinilist pilti ja anamneesi andmeid ning lisada muu asjakohane info.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti külmkehadega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor)
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Koostatud: 01.10.2020
Koostanud: Age Kärssin
Lisainfo:
Kuna C. perfringens esineb soojaverelistel normaalses soolemikroflooras, siis vaid selle tuvastamine ei oma diagnostilist väärtust.
|
Tüüp |
Peamised haigused |
Peamised toksiinid |
Geenid |
Märkused |
|
A |
|
alfa (CPA) |
cpa |
C. perfringens kinnitamine, kuna sel on ainsa Clostridium liigina cpa geen; kuna esineb kõigil soojavereliste isolaatidel, puudub spetsiifilisem diagnostiline väärtus; |
|
B |
|
alfa (CPA) |
cpa |
cpb ja etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi, patoloogiliste muutuste ja bakterioloogilise leiuga |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
epsilon |
etx |
|||
|
C |
|
alfa (CPA) |
cpa |
Tüüp C isolaadid võivad toota veel CPE, CPB, CPB2 jt. toksiine. |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
D |
|
alfa (CPA) |
cpa |
etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi ja patoloogiliste muutustega |
|
epsilon (ETX) |
etx |
|||
|
E |
|
alfa (CPA) |
cpa |
puuduvad üldaktsepteeritvad diagnostilised kriteeriumid; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
iota (ITX) |
iap*** |
|||
|
- |
|
cpe (CPE) - enterotoksiin |
cpe |
võimalik gastroenteriitide põhjustaja mitmetel imetajate liikidel; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
- |
On leitud:
|
CPB2 |
cpb2**** |
*esineb ka NetB toksiin (ei määrata), kaasuvad sageli ka CPE, CPB ja CPB2
** esineb ka NetF toksiin (ei määrata)
*** Iota toksiin (ITX) koosneb kahest komponendist Ia (kodeerib iap geen) ja Ib (kodeerib ibp-geen). Analüüsimeetodi puhul määratakse iap geeni.
**** CPB2 puudub vaatamata nimetusele oluline homoloogia CPB-ga. Täiskasvanud hobustel seostatakse CPB2 ekspresseerumist antibiootikumiraviga, on leitud, et gentamütsiiniravi ja surmlõppega tüfokoliidi vahel esineb seos.
Haiguste tutvustused:
Veiste genitaalne kampülobakterioos
Proovide võtmine ja transport Campylobacter fetus uuringu jaoks
Proovivõtuvahendid väljastab labor vastavalt tellija soovile.
Campylobacter fetus analüüsi tuleb alustada hiljemalt 24 tundi pärast proovi võtmist. Proov, mille proovivõtu ja analüüsi alustamise vahe on suurem kui 24 tundi, lükatakse tagasi.
Proovivõtuvahendid, mida labor väljastab:
- Katsuti PBSiga (tampooniprooviks 4 ml; loputusvedelikuks 20-30 ml)
- Katsuti Lander transportsöötmega (säilib maksimaalselt 10 päeva pärast väljastamist. Enne kasutamist hoiustada jahedas.)
- Streriilne proovivõtutampoon
Tampooniproovi võtmine
- Niisuta tampooni PBSi lahuses
- Võta uuritavalt loomalt tupe või prepuutsiumi tampooniproov
- Aseta tampooniproov Lander söötmesse
- Murra/lõika ära väljaulatuv puidust tampoonivars
- Sule katsuti kork lekkekindlalt ja märgista katsuti
- Hoiusta ja transpordi proov TOATEMPERATUURIL (ca 20°C). Ära lisa külmakehasid!
Proov tupe või prepuutsiumi loputusvedelikust
- Vii PBS eesnahaõõnde või tuppe
- Suspendeeri vedelikku süstlasse ja tagasi 4-5 korda
- Tühjenda loputusvedelik tuubi
- Kasta tampoon loputusvedelikku
- Aseta tampooniproov Lander söötmesse
- Murra/lõika ära väljaulatuv puidust tampoonivars
- Sule katsuti kork lekkekindlalt ja märgista katsuti
- Hoiusta ja transpordi proovi TOATEMPERATUURIL (ca 20°C). Ära lisa külmakehasid!
Proovide võtmine ja transport Tritrichomonas foetus uuringu jaoks
Proovivõtuvahendid, mida labor väljastab:
- Katsuti PBSiga
- Streriilne proovivõtutampoon
Tampooniproovi võtmine
- Niisuta tampooni PBSi lahuses
- Võta uuritavalt loomalt tupe või prepuutsiumi tampooniproov
- Aseta tampooniproov PBSi lahusesse
- Murra/lõika ära väljaulatuv puidust tampoonivars
- Sule katsuti kork lekkekindlalt ja märgista katsuti
- Hoiusta ja transpordi proovi TOATEMPERATUURIL (ca 20°C). Ära lisa külmakehasid!
Proovid saata: Tartu Fr. R. Kreutzwaldi 30, LABRISe bakterioloogia-patoloogia osakonda
Küsimuste korral helistage LABRISe bakterioloogia-patoloogia osakonda:
Telefon 73 86 120, 73 86 139
Haiguste tutvustused:
Chlamydia psittaci infektsioon
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Chlamydiaceae spp määramine |
Real-time PCR |
|
5MA-TJ-11* |
Molekulaaranalüüs |
|
Chlamydia abortus määramine |
|
|||
|
C. psittaci määramine |
|
|||
|
C. pecorum määramine |
|
|||
|
C. suis määramine |
|
|||
|
C. felis määramine |
|
*meetod ei ole akrediteeritud
Iga tekitaja jaoks määratakse eraldi analüüsiga
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Haigestunud loomade ja proovide käsitlemisel kasutada ettevaatusabinõusid (isikukaitsevahendid, eriline tähelepanu proovide lekkekindlal pakkimisel, bioohutusnõuete täitmine) zoonootilise ohu tõttu!
Real-time PCR:
- Abordi korral võetakse aborteerunud loote lootekestad, platsenta, viimaste puudumisel loote maks, kops. Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
- Tampooniproovid silma- ja ninasekreedist, emaslooma tupenõrest (võib võtta ka inna ajal). Proovi võtmiseks eemaldada vajadusel ühe tampooniga lima ja eritised ning koguda proov teise tampooniga, nii et proovis oleks epiteelirakke. Proovivõtmise tampooniks ei sobi puuvillakiuga tampoonid!
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse+4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures;
- Organ- ja/või tampooniproovid toimetatakse laborisse 4–6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24 h pärast proovi võtmist).
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Kaaskirjal peaks olema kirjas, millisele Chlamydia liigile uurida (kuna igal analüüsil on eraldi hind). Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 28.11.2019
Haiguse tutvustus:
Lammaste katarraalne palavik (LKP) ehk sinikeel (Bluetongue)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Bluetongue`i viiruse RNA tuvastamine |
real-time RT-PCR |
|
5MA-TJ-43 |
Molekulaaranalüüs |
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Bluetongue`i viiruse vastaste antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-44 5DV-TJ-57 |
Viroloogia-seroloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse RNA tuvastamine real-time PCR meetodil:
- Hüübimata täisveri, lilla korgiga (EDTA lisandiga) vaakumkatsutis. Pärast vereproovi võtmist liigutatakse katsutit 8-10 korda, et antikoagulant verega korralikult seguneks.
Viiruse vastaste antikehade uuring ELISA testiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovivõtutaara
- Vaakumkatsuteid võib saada ka Tartust LABRISe laboratooriumist (helista viroloogia-seroloogia osakonda, telefon 7 386 111).
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 14.11.2019
Haiguste tutvustused:
Leptospiroos koertel ja kassidel
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Leptospiroosi tekitajate antikehade määramine vereseerumis mikroaglutinatsioonireaktsiooniga (MAR) |
MAR |
5DS-TJ-13 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Leptospira hardjo vastaste antikehade määramine veiste vereseerumis ja piimas |
ELISA |
5DS-TJ-12 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Leptospiroosi tekitajate antikehade uuring komplemendisidumise reaktsiooniga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Leptospira hardjo vastaste antikehade uuring veistel
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Piimaproov- proovi kogus vähemal 5 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
MAR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
MAR: mikroaglutinatsioonireaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV
- Viroloogia-seroloogia osakond, telefon 7 386 111 või 7 386 106
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 16.09.2019
Haiguse tutvustus:
Mycoplasma bovis'e infektsioon veistel
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Mycoplasma spp. isoleerimine |
bakterioloogiline uuring |
|
5DB-TJ-35* |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Mycoplasma bovis`e DNA tuvastamine |
real-time PCR |
5MA-TJ-78* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
** ainult Mycoplasma bovis`e DNA tuvastamine
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Mycoplasma bovis vastaste antikehade määramine |
ELISA |
|
5DS-TJ-36* |
Viroloogia-seroloogia |
* meetod akrediteerimata
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks vajaminevaid viskoosist tampoone (Mycoplasma bovis`e PCR uuringuks) ja tampoone koos vedelsöötmega (mükoplasmade bakterioloogiliseks kultiveerimiseks) väljastatakse Tartu laborist.
Proovide võtmine
Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt.
Nõreproovid võetakse selleks ettenähtud tampoonidega.
Organproovid (lahangumaterjal) võetakse muutustega ja visuaalselt normaalse koe piirilt võimalikult kiiresti looma surma järgselt. Ei pea võtma tervet kopsu, proov võiks koosneda vähemalt tikutoosi suurustest koetükkidest (mitmest erinevast).
PCR uuringuteks võib lahangul avada surnud looma trahhea ning võtta kuiva tampooniga tampooniproove trahheast (vältides nekrootilisi alasid), samuti võib kopsu sisselõikelt võtta kuiva tampooniga proovi kopsu muutunud ja muutusteta koe piirilt.
Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Piimaproov võetakse puhtasse anumasse. Proovi kogus vähemalt 3 ml.
Proovide pakkimine, säilitamine ja saatmine
- Trahhea- bronhiaal lavaaž, sünoviaalvedelik, piimaproovid ja nõrede tampooniproovid toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse proove +4…+6 °C juures maksimaalselt 2 päeva. NÕREPROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Organproovid toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse proove +4…+6 °C juures maksimaalselt 2 päeva või pikemaajaliselt -20 °C juures.
- Iga organ pakitakse eraldi (ristsaastumise vältimiseks).
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: kuni 7-14 tööpäeva
real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: tekitaja isoleerimine
real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 738 6120
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 12.12.2019
Haiguste tutvustus:
Rooja ja soolesisu parasitoloogilised uuringud
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Objekt |
Metoodika |
Osakond |
|
Parasitoloogiline uuring |
Natiivpreparaat |
vegetatiivsed ainuraksed |
5DB-TJ-25 5DB-TJ-40** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Flotatsioonimeetod |
(imi-), pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Settimismeetod |
imiussimunad |
|||
|
Flotatsioonimeetod + settimismeetod (kombineeritud meetod) |
imi-, pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Helmintoskoopia (ja parasitoskoopia) |
paelussilülid, ümarussid, vastsed (sh. putukavastsed) |
|||
|
Väljarändemeetod e. larvoskoopiline meetod |
kopsuussivastsed |
|||
|
McMaster meetod |
imi-, pael- ja ümarussimunade ning koktsiidide ootsüstide arvukus |
5DB-TJ-63* |
||
|
Tritrichomonas foetus kassil |
Kultiveerimine ja mikroskoopia |
Tritrichomonas foetus |
5DB-TJ-30 |
|
|
Cryptosporidium spp. ootsüstide määramine |
Immunofluorestsentsmeetod |
Cryptosporidium ootsüstid |
5DB-TJ-3* |
|
|
Giardia tsüstide määramine |
Giardia tsüstide |
5DB-TJ-11* |
||
|
Sigadel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) antigeeni määramine |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veistel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, koronaviiruse, E. coli F5 antigeeni määramine veistel |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
|
|
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis määramine |
Real-time PCR |
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
** Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Proov võetakse plastkonteinerisse või kilekotti.
Produktiivloomad
- Üksikult või lõas peetavatelt loomadelt võetakse võimaluse korral rektaalselt individuaalproovid (minimaalselt 10 g).
- Rühmiti peetavatel loomadel võetakse rühmaproovid (minimaalselt 50 g).
- Väljarändemeetodil uurimisel on proovi kogus võimalusel ca 20 g.
- Vasikatel ja põrsastel Cryptosporidium spp. antigeeni määramiseks võtta ca 30 g proov.
Väikeloomad
- Roe kogutakse defekatsiooni järgselt (võimalusel ca 5 g).
ERANDID
Kassil Tritrichomonas foetus uuring: roojaproov peab olema väga värske, tekitaja on tundlik keskkonnamõjudele ning sureb kiiresti temperatuuril alla 15 °C või üle 40 °C. proov peab laborise jõudma mõne tunni jooksul. Teine variant on küsida laboratooriumist proovi võtmiseks spetsiaalne sööde.
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel: prooviks võib olla terve korjus või peensool, mis on ligeeritud mõlemast otsast. Uurimismaterjal peab olema tihedalt pakitud plastikkotti ja saadetud laborisse nii kiiresti kui võimalik, vajadusel jääga. Kui materjal pole külmutatud või formaliiniga fikseeritud (NB! Fiksaatoreid (nt. formaliin), ei soovitata kasutada, formaliin ei tapa ka parasiidi mune), võib parasiit autolüüsuda 24 h jooksul.
Cryptosporidium spp uuring (AgELISA) sigadel ja veistel: uuritakse vaid individuaalproove.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovi pakend märgistatakse loetavalt ja veekindlalt.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Proovid jahutatakse 2–4°C juures. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse 2-4 °C juures, kuid proovide laborisse jõudmiseni ei tohiks kuluda üle 24 tunni. PROOVE MITTE KÜLMUTADA! Vt. ERANDID
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega termokastis lühima võimaliku aja jooksul Vt. ERANDID
- Väljarändemeetodil uurimiseks võetakse proove laboris vastu esmaspäevast neljapäevani.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on muu vajaliku info hulgas ära märkida proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
o Kui proove on enam kui 3, esitatakse loomade nimekiri eraldi blanketil loomade nimekiri.
o Märgitakse kindlasti ka soovitud uurimismeetod või uuritav parasiitide grupp, ei piisa kui on märgitud ainult „parasitoloogiline“
o Mitme proovi puhul märgitakse kaaskirjale, kas uuringut soovitakse üksikproovidena või koondproovidena. Koondproovide puhul märgitakse kaaskirjal ära koondproovi kuuluvate proovide numbrid.
ANALÜÜSIMEETODID LOOMALIIGITI JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Loomaliik |
Flotat-siooni-meetod |
McMas-ter meetod |
Settimis-meetod |
Kombi-neeritud meetod |
Väljarän-de meetod |
Helminto-skoopia |
Natiiv-preparaat |
Immuno-fluorestsents-meetod |
|
Mäletsejalised* |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
|
Siga, metssiga* |
+ |
(+) |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Hobune** |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Karnivoorid*** |
+ |
+ |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Linnud |
+ |
+ |
+ |
+ |
||||
|
Merisiga |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Küülik, jänes |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Analüüsimise aeg |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
(+) – tavaliselt ei tehta, vaid erinäidustusel
* lisaks agELISA (ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks) -Cryptosporidium spp. (kuni 5 päeva)
** lisaks uuritakse maokiinivastsete suhtes (1-2 päeva)
*** lisaks real-time PCR (reaalaja polümeraas-ahereaktsioon) - Echinococcus granulosus ja E. multilocularis (kuni 5 päeva)
*** kultiveerimine ja mikroskoopia - Tritrichomonas foetus kassil (kuni 7 päeva)
McMaster meetod – kvantitatiivne uuring parasiidimunade ja oostsüstside määramiseks
AgELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 7 386 123 (patoloogia labor) või telefon 7 386 120 (bakterioloogia labor)
Koostatud: Age Kärssin
Koostanud: 20.12.2019
ANALÜÜSIMEETODID
| Tekitaja uuringud | Meetod | Uurimismaterjal | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|---|
| Paratuberkuloosi tekitaja Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis määramine | bakterioloogiline uuring* |
|
5DB-TJ-44 | Bakterioloogia-patoloogia |
| histoloogiline uuring | 5DB-TJ-17 |
* isolaadi liigi määramine PCR meetodil allhankena EMÜ mükobakteriooside laboratooriumis
| Antikeha uuringud | Meetod | Uurimismaterjal | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|---|
| Paratuberkuloosi tekitaja Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis antikehade määramine | ELISA |
|
5DS-TJ-25 | Viroloogia-seroloogia |
| ELISA |
|
5DS-TJ-48 | Viroloogia-seroloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Loomaliigid: veised, väikemäletsejad
Bakterioloogiliseks uuringuks tekitaja tuvastamiseks
Elupuhuselt:
- pärasoolest võetud roojaproov (ca 40-50 g).
Bakterioloogiliseks ja histoloogiliseks uuringuks tekitaja tuvastamiseks
Surma järgselt:
- soole osad (ca 10-15 cm): niudesoole kaudaalsest osast, niude- ja umbsoole ülemineku piirkonnast. Soole osad ligeeritakse mõlemast otsast. Kui muutused esinevad soolte muudes osades, võtta proovid vastavast kohast;
- mesenteriaalsed lümfisõlmed;
- koetükid maksast ja põrnast.
Proovide võtmine seroloogiliseks uuringuks antikehade määramiseks
- Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Bakterioloogiliseks uuringuks saadetavad proovid toimetatakse laborisse jahutatult külmkehadega termokastis. Kui materjali ei ole võimalik 24 h jooksul laboratooriumisse toimetada, tuleks see külmutada.
- Histoloogilise uuringu jaoks vt. proovivõtujuhend – Põllumajandusloomade korjuste ja loomadelt võetud organmaterjali uurimine
- Vereproovid toimetatakse laborisse võimalikult kiiresti, vt. proovivõtujuhendid – Vereproovide võtmine seroloogilisteks uuringuteks.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: kuni 6 kuud
ELISA: kuni 5 tööpäeva
Histoloogiline uuring: kuni 10 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine
Histoloogilise uuring: koelõikude uurimine muutuste hindamiseks; erivärving happekindlate bakterite visualiseerimiseks
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 738 6120
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6106 või 738 6111
Koostanud: Triin Tedersoo
Koostatud: 18.01.2021
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil
ANALÜÜSIMEETODID
| Uuring | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp | bakterioloogiline | EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) | Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
| Salmonella spp. | real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
| Tekitaja | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp. serotüpeerimine | Serotüpeerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
| S. Enteritidis | 5MA-TJ-70 |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- Proovid võtab koolitatud proovivõtja
- Proovide arv sõltub karja suurusest, proovide valim peaks olema hoone suhtes representatiivne.
- Värskeid proove on tavaliselt lihtsam koguda vahetult pärast loomade söötmist, kuna söötmine stimuleerib defekatsiooni.
Proovivõtuvahendid
- ühekordsed kindad (rektaalkindad);
- ühekordsed kindad (vinüül-, lateks- või nitriilkindad);
- ühekordsed spaatlid või plastist supilusikad;
- proovianumad (minimaalselt 120 ml lekkekindlalt suletava kaanega plastikust proovipurgid);
- suuremad kilekotid (ca 5 l), soovitavalt sulguriga;
- desovahendina 70% etanool või etanooliga niisutatud salvrätid;
- etiketid või veekindel marker;
- kaaskirja blankett;
- jäätmekott.
Individuaalproovide võtmine – võetakse veistelt pärasoolest või kohe pärast defekatsiooni.
- Iga loom jaoks uut rektaalkinnast. Proov võetakse otse pärasoolest.
- Defekatsiooni järgselt kogutakse proov põrandalt, vältides proovi võtmist põrandaga kokku puutunud pinnalt.
- Kindalt võetakse spaatli või plastlusikaga proov ning pannakse proovianumasse, seejärel visatakse lusikas prügikotti.
- Kokku võetakse vähemalt 25 grammi materjali. Proovianum täidetakse kuni 2/3 mahust. Anum suletakse tihedalt kaanega.
- Kui proovianum proovi võtmisel väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proov märgistatakse selgelt loetava järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit (täpsem info proovi kohta on kaaskirjal).
- Iga järgmise looma jaoks kasutatakse uusi ühekordseid proovivõtuvahendeid.
Liit-koproproovide võtmine (aedikuproovid noorloomadelt)
Liit-koproproovid (või loomulikult segunenud väljaheiteproovid) - võetakse rühmana aedikutes peetavatelt loomadelt vanuse- või pidamisrühmade kaupa kui individuaalproovi pole võimalik võtta.
- Ühe lusikaga võetakse üks liitproov. Koproproovid kogutakse põrandalt erinevatest kohtadest nii, et proov esindab aedikus olevaid loomi.
- Kui väljaheidete hunnikud on eristatavad, võetakse spaatli või ühekordse lusikaga proov paljudest erinevatest hunnikutest. Eelistada värsket, veel sooja ning põrandaga kokku puutumata osa väljaheitest.
- Kui roe on loomulikult segunenud, siis võetakse proov põrandalt vähemalt viiest erinevast kohast (vastavalt proovivõtuskeemile ning aediku suurusele võib see arv olla suurem).
- Ühte proovianumasse võib koguda 5–10 enam-vähem sama suurusega koproproovi osa (a´5 g). Proovi suurus on vähemalt 25 g, anum täidetakse kuni 2/3 mahust.
- Kui proovianum väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proovid märgistatakse selgelt loetavate järjekorranumbritega, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit.
- Iga uue liitproovi võtmiseks vahetatakse kindaid ja võetakse uus spaatel/lusikas.
Alternatiivideks on sokiproovid, lapiga võetud põrandaproovid ja tolmuproovid. (Haigustunnuste korral vasikatel ka tampooniproovid.)
Proovide pakkimine ja märgistus
Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Väliselt puhtad, korralikult suletud ja korrektselt märgistatud konteinerid pakitakse kilekotti, soovivalt on lisada sinna absorbeerivat materjali (näiteks paberkäterätikud).
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Aedikutest võetud liitproovid: märgi ära, mitmest aedikust on proovid võetud ning märgista proovid aedikute kaupa nii, et neid on võimalik eristada.
Märgi ära uurimise viis: kas labor uurib iga võetud proovi eraldi või koondproovina (ning millised proovid võib koondada).
Kui kaaskiri pole üheselt arusaadav, põhjustab see viivitust uuringu alustamisel (vajadus küsida täiendavat informatsiooni).
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul.
Vt. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
- LABRIS Tallinn. Info telefonil 603 5821 või 603 5812
- LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Schmallenbergi viiruse RNA tuvastamine |
real-time RT-PCR |
|
5MA-TJ-29* |
Molekulaaranalüüs |
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Schmallenbergi viiruse vastaste antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-60* |
Viroloogia-seroloogia |
*meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse RNA tuvastamine real-time RT-PCR meetodil:
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Hüübimata täisveri, lilla korgiga (EDTA lisandiga) vaakumkatsutis. Pärast vereproovi võtmist liigutatakse katsutit 8-10 korda, et antikoagulant verega korralikult seguneks.
- Ajukude, nabanöör või amnioni vedelik surnultsündinud või deformeerunud lootelt.
Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
Viiruse vastaste antikehade uuring ELISA testiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovivõtutaara
- Vaakumkatsuteid võib saada ka LABRISe laboratooriumist (helista viroloogia-seroloogia osakonda, telefon 7 386 111).
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Surnultsünnid või deformeerunud looted, ajukude, nabanöör või amnioni vedelik toimetatakse laborisse 4-6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24h pärast proovi võtmist). Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse proove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 18.11.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Aeroobne külv |
BAKT |
5DB-TJ-34* |
Bakterioloogia-patoloogia |
* meetod ei ole akrediteeritud
Täiendava uuringuna võib määrata isoleeritud tüve antibiootikumitundlikkuse
Antibiootikumitundlikkuse määramine
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Korjus ja organid, koeproovid organitest (juhend) (LINK LISADA!!!)
• Tampooniproovid transportsöötmes: Eswab või Amies sööde.
Proovivõtutaara
Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitmekordset pakendit
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Iga looma proovid pakitakse eraldi kottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
• Korjus ja organproovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C . Tampooniproovid peaksid olema laboris 48 h jooksul PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• On soovitav, et proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: 2-4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: mikrobioloogiline külv, tekitaja tuvastamine ja isoleerimine.
Isoleeritud tekitaja tuvastamine toimub biokeemiliste testidega, kommertsiaalsete identifitseerimissüsteemide abil või MALDI-TOF MS meetodil. Kui on asjakohane, siis määratakse grupp Lancefield klassifikatsiooni järgi.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 7 386 120
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 25.09.2020
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse antigeeni määramine (serotüüp -O, A, C, ASIA1, SAT1, SAT2) |
ELISA |
|
5DV-TJ-87 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse määramine patoloogilisest materjalist |
RT-PCR |
|
5MA-TJ-17* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi O-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-35 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse mittestruktuurse valgu (SSTV-NS) vastaste antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-53 |
||
|
Suu- ja sõrataudi A-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-78 |
||
|
Suu- ja sõrataudi ASIA1 serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-79 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse A-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-88 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse O-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-89 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse SAT-2 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-90 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse ASIA1 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-91 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Villide epiteel, vähemalt 1 g s.o. 2x2 cm (postmargi-suurune) purunemata ville katvat või äsjapurunenud villide epiteelkude. transportimiseks tuleb epiteeliproovid paigutada spetsiaalsesse transportlahusesse (PBS)
ning hoida jahedas.
• Villide sisu - võetakse ühekordse süstla ja nõelaga steriilsesse katsutisse.
• Vereproov viroloogiliseks uurimiseks. Täisveri viiruse isoleerimiseks. Stabiliseerimiseks kogutakse vereproovid (~5ml) steriilsesse EDTAd sisaldavasse katsutisse.
• Vereproov seroloogiliseks uurimiseks. Vereproovid antikehade tuvastamiseks. Veri (~10ml) kogutakse
steriilsetesse katsutitesse. Konservanti ei lisata.
Hukkunud loomalt lisaks süda.
Proovivõtuks kasutatavad instrumendid ja epiteelkude ei tohi sattuda otsesesse kontakti desinfektandiga, sest see inaktiveerib viiruse kiiresti. Oluline, et proovid võetaks haiguse ägedas staadiumis võimalikult kohe pärast esimeste kliiniliste tunnuste ilmnemist.
Kui proovide võtmine viiruse tuvastamiseks või viiruse isoleerimine on võimatu, siis saadetakse laborisse seerumiproovid paranenud loomadelt spetsiifiliste antikehade leidmiseks ja nende kvantitatiivseks hindamiseks.
Vereproovid võetakse kliiniliselt haigetelt loomadelt ja samas hoones paiknevatelt väliselt tervetelt loomadelt.
Antikehade tiitri tõusu määramiseks on vajalik paarisseerumite testimine.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut konteinerit.
• Nii sisemine kui välimine konteiner sulgeda teibiga ja seejärel väljastpoolt desinfitseerida.
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Selline pakend pannakse eraldi karpi, milles on külmkehad.
• Proovid hoida nii jahedas kui võimalik, MITTE LASTA KÜLMUDA.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Teavitada laborit proovide saatmisest. Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
RT- PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
RT-PCR: pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 05.07.2021
Haiguste tutvustused:
Hirvlaste krooniline kurtumustõbi (Chronic Wasting Disease- CWD)
Skreipi ehk lammaste ja kitsede TSE
Veiste spongiformne entsefalopaatia (BSE, "hullu lehma tõbi")
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Transmissiivse spongiformse entsefalopaatia (TSE) tekitaja kvalitatiivne määramine |
ELISA |
5DV-TJ-51 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Transmissiivsete Spongiformsete entsefalopaatiate (TSE) uurimine immunohistokeemilisel meetodil |
IHC |
5DH-TJ-10 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiline uuring |
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga |
5DH-TJ-12* |
*meetod ei ole akrediteeritud
Esmalt teostatakse analüüsid TSE tekitaja kvalitatiivseks määramiseks (EIA) piklikajust ja/või ajukoest. Haiguse kahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse korral tehakse uuring histoloogilisel ja immunohistokeemilisel meetodil.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Transmissiivse spongiformse entsefalopaatia (TSE) tekitaja kvalitatiivne määramine.
- Piklikaju ja/või ajukude
Transmissiivsete Spongiformsete entsefalopaatiate (TSE) uurimine immunohistokeemilisel meetodil.
- Aju: obex (ajutüvi) ja väikeaju
- Pea- ja kaelapiirkonna lümfisõlmed
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlasse konteinerisse koos looma ID- märgisega. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
ELISA: kuni 5 tööpäeva
IHC: kuni 5 tööpäeva
Histoloogia: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüümse immunosorptsioonanalüüs
IHC: immunohistokeemiline uuring
Histoloogiline uuring
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Bakterioloogia- patoloogia osakond. Info telefonil 738 6123
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 19.09.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Veiste enzootilise leukoosi viiruse vastaste antikehade määramine vereseerumis |
AGID |
|
5DS-TJ-1 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veiste enzootilise leukoosi viiruse vastaste antikehade määramine vereseerumis ja piimas |
ELISA |
|
5DS-TJ-2 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
- Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutisse (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Piimaproov võetakse puhtasse säilitusaine tabletiga anumasse. Proovi kogus vähemalt 7 ml.
Proovid võetakse võimalikult puhtalt.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise kuupäev.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
AGID: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
AGID: agar-geel immuundifusiooni meetod (agar gel immunodiffusion / AGID/ IDR test).
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6106
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 28.07.2020
Haiguste tutvustused:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Veiste respiratoorsete infektsioonide kompleksuuring- Mannheimia haemolytica, Pasteurella multocida, Histophilus somni, Mycoplasma bovis, koronaviirus (BCoV), paragripp-3 viirus (BPI-3), respiratoor-süntsütiaalviirus (BRSV) ** |
multiplex real-time PCR |
|
5MA-TJ-92* |
Molekulaaranalüüs |
|
Veiste respiratoorsete viirushaiguste kompleksuuring- infektsioosne rinotrahheiit (IBR) ja viirusdiarröa (BVD) |
multiplex real-time RT-PCR |
5MA-TJ-48* |
||
|
Veiste respiratoorse süntsütiaalviiruse (BRSV) määramine |
real-time RT-PCR |
5MA-TJ-45* |
||
|
Mycoplasma bovis määramine |
real-time RT-PCR |
5MA-TJ-78* |
||
| Veiste viirusdiarröa viiruse (BVDV) määramine koondproovist reaalaja RT-PCR | real-time RT-PCR |
|
MA-TJ-102* | |
|
Aeroobne/ Mikroaeroobne külv |
bakterioloogiline uuring |
|
5MA-TJ-34* |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Mycoplasma spp. isoleerimine |
bakterioloogiline uuring |
|
5MA-TJ-35* |
|
|
Veiste viirusdiarröa (BVD) viiruse antigeeni määramine |
agELISA |
|
5DV-TJ-1 |
Viroloogia-seroloogia |
* meetod akrediteerimata
** meetod pole verifitseeritud organmaterjali uurimiseks
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Mycoplasma bovis vastaste antikehade määramine |
ELISA |
|
5DS-TJ-36* |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veiste paragripp 3 (BPI-3) viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-18 |
||
|
Veiste respiratoor-süntsütiaal viiruse (BRSV) antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-19 |
||
|
Veiste infektsioosse rinotrahheiidi (IBR) viiruse gB antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-17 |
||
|
Veiste koronaviiruse (BCoV) vastaste antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-26 |
||
|
Veiste viirusdiarröa (BVD) viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-2 |
||
|
IBR vaktsiini tõhususe kontroll (gE antikehade määramine) |
ELISA |
|
5DV-TJ-20* |
* meetod akrediteerimata
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
- ninanõre tampooniproov
- trahhea- bronhiaal lavaaž;
- organmaterjal surma järgselt: kopsud ja trahhea
- vereproov
- piimaproov
Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt.
Ninanõre
Nõreproovid tuleks võtta selleks ettenähtud tampoonidega haiguse algusstaadiumis Veised eritavad viirust enamasti 3-5 päeva haiguse alguses, mil ninanõre on veel läbipaistev või piimjas ja ei ole lisandunud mädatekitajaid. Proove võib võtta ka loomadelt, kellel haigusele omased kliinilised tunnused puuduvad, kuid on palavik (>39,5°C). Proove pole mõtet võtta roheka või pruunika ninaeritisega loomadelt, kes on tõenäoliselt haigestunud enam kui 5 päeva tagasi ning keda on ravitud (bakterioloogiline uuring).
Organproovid (lahangumaterjal) võetakse muutustega ja visuaalselt normaalse koe piirilt võimalikult kiiresti looma surma järgselt. Ei pea võtma tervet kopsu, proov võiks koosneda vähemalt tikutoosi suurustest koetükkidest (mitmest erinevast).
PCR uuringuteks võib lahangul avada surnud looma trahhea ning võtta kuiva tampooniga tampooniproove trahheast (vältides nekrootilisi alasid), samuti võib kopsu sisselõikelt võtta kuiva tampooniga proovi kopsu muutunud ja muutusteta koe piirilt.
Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Piimaproov võetakse puhtasse anumasse. Proovi kogus vähemalt 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
PCR: kuni 5 tööpäeva
Bakterioloogiline uuring: 3-7 tööpäeva (Mycoplasma spp. isoleerimine kuni 2 nädalat)
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Multiplex real-time RT-PCR: reaalaja multipleks pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
Bakterioloogiline uuring: tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 738 6120
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 14.10.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Moraxella spp isoleerimine |
bakterioloogiline uuring |
|
5DB-TJ-34* |
Bakterioloogia-patoloogia |
* meetod akrediteerimata
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine
Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt.
Moraxella spp isoleerimise edukus sõltub proovi võtmise tehnikast ja õigeaegsest laborisse
toimetamisest.
- Proov võetakse sarvkesta pinnalt või silmanurgast steriilse vatitampooniga.
- Vältida tampooni määrdumist mädaga.
- Tampoon pannakse katseklaasi, mis sisaldab destilleeritud steriilset vett. Vajadusel lõigata tampooni vars lühemaks.
NB! Kommertsiaalsed transportsöötmed (Amies sööde söega, Stuarti sööde jne) ei sobi proovide võtmiseks ja transportimiseks.
Proovide pakkimine, säilitamine ja saatmine
- Proovid toimetatakse laborisse 2 tunni jooksul.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: kuni 7 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 738 6120
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 10.12.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Neospora caninum vastaste antikehade määramine veiste vereseerumis |
ELISA |
5DS-TJ-31* |
Viroloogia-seroloogia |
* meetod akrediteerimata
- Karja tervise uuringud
- Püsiiniftiseeritud loomade karjast välja viimine.
- Abortide esinemisel võtta seerumid emasloomadelt – uurida ka teisi aborditekitajaid.
- Parim aeg antikehade määramiseks on aktiivse infektsiooni ajal - tiinuse ajal või poegimise/abordi järgselt. Haigestumiste esinemisel uurida mitme looma proove.
- Positiivne uuringutulemus ei näita otseselt, et abordi põhjustajaks on Neospora caninum, kuid näitab haiguse esinemist karjas.
Kui antikehade leiu korral soovitakse Neospora caninum’i DNA määramist (tehakse allhanke korras), siis suhelda proovivõtu ja saatmise osas eelnevalt laboriga.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- vereproov
Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt
Proovide võtmine
Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml. Veendutakse, et kork on korralikult suletud
Proovide pakkimine, säilitamine ja saatmine
Iga proov märgistatakse loetavalt. Proovid saadetakse laboratooriumisse esimesel võimalusel. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6106
Koostanud: Age Kärssin
Koostatud: 14.08.2020
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium spp |
BAKT |
5DB-TJ-2 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt külv ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb, cpb2, etx, iap, cpe |
Real-time PCR |
5MA-TJ-93* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjused ja organproovid: vt. juhend
Post-mortem proovid:
- proovid sooltest (ligeeritud mõlemast otsast)
- soolesisu proovitopsis
- soolelümfisõlmed
- limaskesta kaaped (magu, sool) transportsöötmes (Amies või Eswab)
- muutuste korral neerud, kopsud, aju
Müosiidi puhul: koeproovid 4 cm3 mõõtmetega
Nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab)
NB! Proovid võtta võimalikult kiiresti pärast looma surma.
Elupuhuselt
- roojaproov steriilses proovitopsis
- tampooniproov pärasoolest transportsöötmes(Amies või Eswab)
- lihaskahjustuste korral nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab) –
NB! Ilma transportsöötmeta (organproove, soolesisu) saadetavatel proovidel jäetakse esmasesse pakendisse/ proovitopsi võimalikult vähe õhuruumi.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Proovid pakendatakse enne lõplikku pakkimist veel täiendavasse pakendisse.
Kaaskirjavormid leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Tampooniproovide korral märkida kindlasti ära täpne piirkond, kust proov on võetud. Oluline on kaaskirjal kirjeldada kliinilist pilti ja anamneesi andmeid ning lisada muu asjakohane info.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti külmkehadega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor)
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Koostatud: 01.10.2020
Koostanud: Age Kärssin
Lisainfo:
Kuna C. perfringens esineb soojaverelistel normaalses soolemikroflooras, siis vaid selle tuvastamine ei oma diagnostilist väärtust.
|
Tüüp |
Peamised haigused |
Peamised toksiinid |
Geenid |
Märkused |
|
A |
|
alfa (CPA) |
cpa |
C. perfringens kinnitamine, kuna sel on ainsa Clostridium liigina cpa geen; kuna esineb kõigil soojavereliste isolaatidel, puudub spetsiifilisem diagnostiline väärtus; |
|
B |
|
alfa (CPA) |
cpa |
cpb ja etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi, patoloogiliste muutuste ja bakterioloogilise leiuga |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
epsilon |
etx |
|||
|
C |
|
alfa (CPA) |
cpa |
Tüüp C isolaadid võivad toota veel CPE, CPB, CPB2 jt. toksiine. |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
D |
|
alfa (CPA) |
cpa |
etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi ja patoloogiliste muutustega |
|
epsilon (ETX) |
etx |
|||
|
E |
|
alfa (CPA) |
cpa |
puuduvad üldaktsepteeritvad diagnostilised kriteeriumid; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
iota (ITX) |
iap*** |
|||
|
- |
|
cpe (CPE) - enterotoksiin |
cpe |
võimalik gastroenteriitide põhjustaja mitmetel imetajate liikidel; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
- |
On leitud:
|
CPB2 |
cpb2**** |
*esineb ka NetB toksiin (ei määrata), kaasuvad sageli ka CPE, CPB ja CPB2
** esineb ka NetF toksiin (ei määrata)
*** Iota toksiin (ITX) koosneb kahest komponendist Ia (kodeerib iap geen) ja Ib (kodeerib ibp-geen). Analüüsimeetodi puhul määratakse iap geeni.
**** CPB2 puudub vaatamata nimetusele oluline homoloogia CPB-ga. Täiskasvanud hobustel seostatakse CPB2 ekspresseerumist antibiootikumiraviga, on leitud, et gentamütsiiniravi ja surmlõppega tüfokoliidi vahel esineb seos.
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Pasteurellaceae määramine patoloogilises materjalis |
BAKT |
5DB-TJ-5 |
Bakterioloogia-patoloogia |
Täiendava uuringuna võib määrata isoleeritud tüve antibiootikumitundlikkuse
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
- Korjus ja organid, koeproovid organitest
- Tampooniproovid transportsöötmes vastavalt muutuste lokalisatsioonile (pleura, perikard, kõhukelme, maks, põrn, liigesed, ajukelme): Eswab või Amies sööde söega.
Proovivõtutaara
Proovivõtutampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitmekordset pakendit
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Korjus ja organproovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C . Tampooniproovid peaksid olema laboris 48 h jooksul PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- On soovitav, et proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: 2-4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: mikrobioloogiline külv, tekitaja tuvastamine ja isoleerimine.
Isoleeritud tekitaja tuvastamine toimub biokeemiliste testidega, kommertsiaalsete identifitseerimissüsteemide abil või MALDI-TOF MS meetodil.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 7 386 120
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud:18.09.2020
Haiguste tutvustused:
Chlamydia psittaci infektsioon
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Chlamydiaceae spp määramine |
Real-time PCR |
|
5MA-TJ-11* |
Molekulaaranalüüs |
|
Chlamydia abortus määramine |
|
|||
|
C. psittaci määramine |
|
|||
|
C. pecorum määramine |
|
|||
|
C. suis määramine |
|
|||
|
C. felis määramine |
|
*meetod ei ole akrediteeritud
Iga tekitaja jaoks määratakse eraldi analüüsiga
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Haigestunud loomade ja proovide käsitlemisel kasutada ettevaatusabinõusid (isikukaitsevahendid, eriline tähelepanu proovide lekkekindlal pakkimisel, bioohutusnõuete täitmine) zoonootilise ohu tõttu!
Real-time PCR:
- Abordi korral võetakse aborteerunud loote lootekestad, platsenta, viimaste puudumisel loote maks, kops. Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
- Tampooniproovid silma- ja ninasekreedist, emaslooma tupenõrest (võib võtta ka inna ajal). Proovi võtmiseks eemaldada vajadusel ühe tampooniga lima ja eritised ning koguda proov teise tampooniga, nii et proovis oleks epiteelirakke. Proovivõtmise tampooniks ei sobi puuvillakiuga tampoonid!
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse+4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures;
- Organ- ja/või tampooniproovid toimetatakse laborisse 4–6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24 h pärast proovi võtmist).
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Kaaskirjal peaks olema kirjas, millisele Chlamydia liigile uurida (kuna igal analüüsil on eraldi hind). Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 28.11.2019
Haiguste tutvustused:
Leptospiroos koertel ja kassidel
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Leptospiroosi tekitajate antikehade määramine vereseerumis mikroaglutinatsioonireaktsiooniga (MAR) |
MAR |
5DS-TJ-13 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Leptospira hardjo vastaste antikehade määramine veiste vereseerumis ja piimas |
ELISA |
5DS-TJ-12 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Leptospiroosi tekitajate antikehade uuring komplemendisidumise reaktsiooniga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Leptospira hardjo vastaste antikehade uuring veistel
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Piimaproov- proovi kogus vähemal 5 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
MAR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
MAR: mikroaglutinatsioonireaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV
- Viroloogia-seroloogia osakond, telefon 7 386 111 või 7 386 106
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 16.09.2019
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil
ANALÜÜSIMEETODID
| Uuring | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp | bakterioloogiline | EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) | Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
| Salmonella spp. | real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
| Tekitaja | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp. serotüpeerimine | Serotüpeerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
| S. Enteritidis | 5MA-TJ-70 |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- Proovid võtab koolitatud proovivõtja
- Pesu ja desinfitseerimise järgsel proovivõtul järgitakse: Loomakasvatushoonest Salmonella analüüsiks pinnaproovide võtmine puhastamise ja desinfitseerimise kontrolliks
- Karjast võetavate proovide arv sõltub karja suurusest.
- Värskeid proove on tavaliselt lihtsam koguda vahetult pärast loomade söötmist, kuna söötmine stimuleerib defekatsiooni.
Proovivõtuvahendid
- ühekordsed kindad (vinüül-, lateks- või nitriilkindad);
- ühekordsed spaatlid või plastist supilusikad;
- proovianumad (minimaalselt 120 ml lekkekindlalt suletava kaanega plastikust proovipurgid);
- suuremad kilekotid (ca 5 l), soovitavalt sulguriga;
- desovahendina 70% etanool või etanooliga niisutatud salvrätid;
- etiketid või veekindel marker;
- kaaskirja blankett;
- jäätmekott.
Individuaalproovide võtmine – võetakse aretussigadelt pärasoolest või põrandalt kohe pärast defekatsiooni.
- Iga loom jaoks uut rektaalkinnast. Proov võetakse otse pärasoolest.
- Defekatsiooni järgselt kogutakse proov põrandalt, vältides proovi võtmist põrandaga kokku puutunud pinnalt.
Kindalt võetakse spaatli või plastlusikaga proov ning pannakse proovianumasse. Kokku võetakse vähemalt 25 grammi materjali. Proovianum täidetakse kuni 2/3 mahust. Anum suletakse tihedalt kaanega.
Kui proovianum proovi võtmisel väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
Proov märgistatakse selgelt loetava järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit (täpsem info proovi kohta on kaaskirjal).
Iga järgmise looma jaoks kasutatakse uusi ühekordseid proovivõtuvahendeid.
Liit-koproproovide võtmine
Liit-koproproovid (või loomulikult segunenud väljaheiteproovid) - võetakse rühmana sulgudes peetavatelt sigadelt vanuse- või pidamisrühmade kaupa.
Koproproovid kogutakse põrandalt erinevatest kohtadest nii, et proov esindab sulus olevaid loomi.
Kui väljaheidete hunnikud on eristatavad, võetakse spaatli või ühekordse lusikaga proov paljudest hunnikutest.
Kui roe on loomulikult segunenud, siis võetakse proov põrandalt vähemalt viiest erinevast kohast (vastavalt proovivõtuskeemile ning sulu suurusele võib see arv olla suurem).
Ühte proovianumasse võib koguda 5–10 enam-vähem sama suurusega koproproovi osa (a´5 g). Proovi suurus on vähemalt 25 g, anum täidetakse kuni 2/3 mahust.
Kui proovianum väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
Proov märgistatakse selgelt loetavate järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit.
Iga uue liitproovi võtmiseks vahetatakse kindaid ja võetakse uus spaatel/lusikas.
Proovide pakkimine ja märgistus
Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Väliselt puhtad, korralikult suletud ja korrektselt märgistatud konteinerid pakitakse kilekotti, soovivalt on lisada sinna absorbeerivat materjali (näiteks paberkäterätikud).
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Sulust võetud liitproovid: märgi ära, mitmest sulust on proovid võetud ning märgista proovid sulgude kaupa nii, et neid on võimalik eristada.
Märgi ära uurimise viis: kas labor uurib iga võetud proovi eraldi või koondproovina (ning millised proovid võib koondada).
Kui kaaskiri pole üheselt arusaadav, põhjustab see viivitust uuringu alustamisel (vajadus küsida täiendavat informatsiooni).
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul.
Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
• LABRIS Tallinn. Info telefonil 603 5821 või 603 5812
• LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse antigeeni määramine (serotüüp -O, A, C, ASIA1, SAT1, SAT2) |
ELISA |
|
5DV-TJ-87 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse määramine patoloogilisest materjalist |
RT-PCR |
|
5MA-TJ-17* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi O-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-35 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse mittestruktuurse valgu (SSTV-NS) vastaste antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-53 |
||
|
Suu- ja sõrataudi A-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-78 |
||
|
Suu- ja sõrataudi ASIA1 serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-79 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse A-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-88 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse O-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-89 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse SAT-2 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-90 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse ASIA1 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-91 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Villide epiteel, vähemalt 1 g s.o. 2x2 cm (postmargi-suurune) purunemata ville katvat või äsjapurunenud villide epiteelkude. transportimiseks tuleb epiteeliproovid paigutada spetsiaalsesse transportlahusesse (PBS)
ning hoida jahedas.
• Villide sisu - võetakse ühekordse süstla ja nõelaga steriilsesse katsutisse.
• Vereproov viroloogiliseks uurimiseks. Täisveri viiruse isoleerimiseks. Stabiliseerimiseks kogutakse vereproovid (~5ml) steriilsesse EDTAd sisaldavasse katsutisse.
• Vereproov seroloogiliseks uurimiseks. Vereproovid antikehade tuvastamiseks. Veri (~10ml) kogutakse
steriilsetesse katsutitesse. Konservanti ei lisata.
Hukkunud loomalt lisaks süda.
Proovivõtuks kasutatavad instrumendid ja epiteelkude ei tohi sattuda otsesesse kontakti desinfektandiga, sest see inaktiveerib viiruse kiiresti. Oluline, et proovid võetaks haiguse ägedas staadiumis võimalikult kohe pärast esimeste kliiniliste tunnuste ilmnemist.
Kui proovide võtmine viiruse tuvastamiseks või viiruse isoleerimine on võimatu, siis saadetakse laborisse seerumiproovid paranenud loomadelt spetsiifiliste antikehade leidmiseks ja nende kvantitatiivseks hindamiseks.
Vereproovid võetakse kliiniliselt haigetelt loomadelt ja samas hoones paiknevatelt väliselt tervetelt loomadelt.
Antikehade tiitri tõusu määramiseks on vajalik paarisseerumite testimine.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut konteinerit.
• Nii sisemine kui välimine konteiner sulgeda teibiga ja seejärel väljastpoolt desinfitseerida.
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Selline pakend pannakse eraldi karpi, milles on külmkehad.
• Proovid hoida nii jahedas kui võimalik, MITTE LASTA KÜLMUDA.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Teavitada laborit proovide saatmisest. Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
RT- PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
RT-PCR: pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 05.07.2021
Haiguste tutvustus:
Rooja ja soolesisu parasitoloogilised uuringud
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Objekt |
Metoodika |
Osakond |
|
Parasitoloogiline uuring |
Natiivpreparaat |
vegetatiivsed ainuraksed |
5DB-TJ-25 5DB-TJ-40** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Flotatsioonimeetod |
(imi-), pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Settimismeetod |
imiussimunad |
|||
|
Flotatsioonimeetod + settimismeetod (kombineeritud meetod) |
imi-, pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Helmintoskoopia (ja parasitoskoopia) |
paelussilülid, ümarussid, vastsed (sh. putukavastsed) |
|||
|
Väljarändemeetod e. larvoskoopiline meetod |
kopsuussivastsed |
|||
|
McMaster meetod |
imi-, pael- ja ümarussimunade ning koktsiidide ootsüstide arvukus |
5DB-TJ-63* |
||
|
Tritrichomonas foetus kassil |
Kultiveerimine ja mikroskoopia |
Tritrichomonas foetus |
5DB-TJ-30 |
|
|
Cryptosporidium spp. ootsüstide määramine |
Immunofluorestsentsmeetod |
Cryptosporidium ootsüstid |
5DB-TJ-3* |
|
|
Giardia tsüstide määramine |
Giardia tsüstide |
5DB-TJ-11* |
||
|
Sigadel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) antigeeni määramine |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veistel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, koronaviiruse, E. coli F5 antigeeni määramine veistel |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
|
|
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis määramine |
Real-time PCR |
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
** Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Proov võetakse plastkonteinerisse või kilekotti.
Produktiivloomad
- Üksikult või lõas peetavatelt loomadelt võetakse võimaluse korral rektaalselt individuaalproovid (minimaalselt 10 g).
- Rühmiti peetavatel loomadel võetakse rühmaproovid (minimaalselt 50 g).
- Väljarändemeetodil uurimisel on proovi kogus võimalusel ca 20 g.
- Vasikatel ja põrsastel Cryptosporidium spp. antigeeni määramiseks võtta ca 30 g proov.
Väikeloomad
- Roe kogutakse defekatsiooni järgselt (võimalusel ca 5 g).
ERANDID
Kassil Tritrichomonas foetus uuring: roojaproov peab olema väga värske, tekitaja on tundlik keskkonnamõjudele ning sureb kiiresti temperatuuril alla 15 °C või üle 40 °C. proov peab laborise jõudma mõne tunni jooksul. Teine variant on küsida laboratooriumist proovi võtmiseks spetsiaalne sööde.
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel: prooviks võib olla terve korjus või peensool, mis on ligeeritud mõlemast otsast. Uurimismaterjal peab olema tihedalt pakitud plastikkotti ja saadetud laborisse nii kiiresti kui võimalik, vajadusel jääga. Kui materjal pole külmutatud või formaliiniga fikseeritud (NB! Fiksaatoreid (nt. formaliin), ei soovitata kasutada, formaliin ei tapa ka parasiidi mune), võib parasiit autolüüsuda 24 h jooksul.
Cryptosporidium spp uuring (AgELISA) sigadel ja veistel: uuritakse vaid individuaalproove.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovi pakend märgistatakse loetavalt ja veekindlalt.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Proovid jahutatakse 2–4°C juures. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse 2-4 °C juures, kuid proovide laborisse jõudmiseni ei tohiks kuluda üle 24 tunni. PROOVE MITTE KÜLMUTADA! Vt. ERANDID
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega termokastis lühima võimaliku aja jooksul Vt. ERANDID
- Väljarändemeetodil uurimiseks võetakse proove laboris vastu esmaspäevast neljapäevani.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on muu vajaliku info hulgas ära märkida proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
o Kui proove on enam kui 3, esitatakse loomade nimekiri eraldi blanketil loomade nimekiri.
o Märgitakse kindlasti ka soovitud uurimismeetod või uuritav parasiitide grupp, ei piisa kui on märgitud ainult „parasitoloogiline“
o Mitme proovi puhul märgitakse kaaskirjale, kas uuringut soovitakse üksikproovidena või koondproovidena. Koondproovide puhul märgitakse kaaskirjal ära koondproovi kuuluvate proovide numbrid.
ANALÜÜSIMEETODID LOOMALIIGITI JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Loomaliik |
Flotat-siooni-meetod |
McMas-ter meetod |
Settimis-meetod |
Kombi-neeritud meetod |
Väljarän-de meetod |
Helminto-skoopia |
Natiiv-preparaat |
Immuno-fluorestsents-meetod |
|
Mäletsejalised* |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
|
Siga, metssiga* |
+ |
(+) |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Hobune** |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Karnivoorid*** |
+ |
+ |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Linnud |
+ |
+ |
+ |
+ |
||||
|
Merisiga |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Küülik, jänes |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Analüüsimise aeg |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
(+) – tavaliselt ei tehta, vaid erinäidustusel
* lisaks agELISA (ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks) -Cryptosporidium spp. (kuni 5 päeva)
** lisaks uuritakse maokiinivastsete suhtes (1-2 päeva)
*** lisaks real-time PCR (reaalaja polümeraas-ahereaktsioon) - Echinococcus granulosus ja E. multilocularis (kuni 5 päeva)
*** kultiveerimine ja mikroskoopia - Tritrichomonas foetus kassil (kuni 7 päeva)
McMaster meetod – kvantitatiivne uuring parasiidimunade ja oostsüstside määramiseks
AgELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 7 386 123 (patoloogia labor) või telefon 7 386 120 (bakterioloogia labor)
Koostatud: Age Kärssin
Koostanud: 20.12.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Viiruse DNA tuvastamine |
Real-time PCR |
MA-TJ-47 |
Molekulaaranalüüs |
|
Viiruse DNA tuvastamine |
Real-time PCR (Fernandez-Pinero) |
MA-TJ-57 |
|
|
Viiruse vastased antikehad |
ELISA (IDEXX) |
VS-TJ-18 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Viiruse vastased antikehad |
ELISA (IDVET) |
VS-TJ-20 |
|
|
Viiruse vastased antikehad (kinnitav) |
IPT |
VS-TJ-19 |
Analüüsid SAKV täpsemaks iseloomustamiseks
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika LABRISes |
Osakond |
|
Viiruse genoomi molekulaarne identifitseerimine |
Sekveneerimine |
MA-TJ-76* |
Molekulaaranalüüs / EURL (CISA-INIA)** |
|
Viiruse isoleerimine ja hemadsorptsiooni (HAD) test |
Viiruse isoleerimine rakukultuuris |
- |
EURL (CISA-INIA)** |
* meetod akrediteerimata; **allhange
Analüüsid viiruse DNA tuvastamiseks (PCR) teostatakse kõigist uuritavatest maatriksitest nii kodu- kui metssigadel. Kahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse korral teostatakse viiruse tuvastamine vajadusel ka teise PCR meetodiga. Viiruse vastaste antikehade tuvastamine ELISA meetodil viiakse läbi kliendi tellimusel. Kui analüüsitulemus ELISA testiga on kahtlane või positiivne teostatakse alati kinnitav analüüs IPT testiga. Viiruse isoleerimist rakukultuuris, hemadsorptsiooni (HAD) testi, viiruse erinevate geneetiliste markerite määramist ning viiruse kogu genoomi iseloomustamist teostatakse vajadusel nt haiguse epidemioloogia selgitamiseks.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PS! Haigustekitaja võimaliku leviku minimeerimiseks LABRIS piirkondlikud laboratooriumid SAK proove edasisaatmiseks Tartu laboratooriumisse ei vahenda.
Proove laborisse vahendavad PTA piirkondlikud esindused.
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid laboratoorsete analüüside läbiviimiseks võtab veterinaararst, Põllumajandus- ja Toiduameti (PTA) ametnik või nende poolt volitatud isik (nt looma omanik, jahimees), kes tagab proovide nõuetekohase pakkimise ja transpordi laboratooriumisse ning kaaskirja nõuetekohase täitmise.
Proovid elusalt loomadelt või kütitud loomalt
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovid surnud loomadelt
- Organmaterjal - põrn, neer, tonsillid ja lümfisõlmed. Suure looma puhul võib tuua pool neeru ja 1/3 põrna. Kui korjus on lagunenud või nimetatud organid puuduvad, siis võetakse uuringuks reieluu, millest laboratoorselt uuritakse luuüdi.
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Võetakse kodusigade puhangu või selle kahtluse puhul.
PS! Kui seafarmis on tegemist reaalse SAK kahtlusega, siis võetakse proovid vähemalt viielt võimalikult värskelt surnud või haigustunnustega loomalt. Väikefarmide ja kodumajapidamiste puhul võib proovide arv olla väiksem.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. VEREPROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Organ- ning reieluu proove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos prooviga saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavat infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRIS kodulehelt kaaskirjad alt (metssigade uuringuteks, kodusigade uuringuteks).
- Kodusigade puhul peab kaaskirjal olema selgelt loetav uuringu põhjus (nt transport, haigestumine, surnud vm). Loomade haigestumise või suremuse puhul peab kaaskirjal olema info ilmnenud kliiniliste sümptomite, patoloogiliste muutuste ja haigestumise ulatuse kohta.
PS! Juhul, kui tegemist on reaalse haiguskahtlusega kodusigade farmis, siis proovi võtja informeerib laborit proovi(de) saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: 1-2 tööpäeva
ELISA: 1-2 tööpäev
IPT: 1-2 tööpäev
Viiruse isoleerimine rakukultuuris: 1-2 kuud
Sekveneerimine: 1-2 kuud
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
IPT: immuunoperoksüdaastest
VI: viiruse isoleerimine rakukultuuris
Sekveneerimine: Sanger sekveneerimine
TÄIENDAV INFO analüüsimise kohta
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
Koostatud: Imbi Nurmoja
Koostanud: 20.11.2025
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid laboratoorsete uuringute läbiviimiseks võtab veterinaararst, veterinaarjärelevalveametnik või nende poolt volitatud isik, kes tagab proovide nõuetekohase pakkimise ja transpordi laboratooriumisse ning kaaskirja nõuetekohase täitmise.
Proovid elusloomadelt
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovid surnud loomadelt
- Organmaterjal - põrn, neer, tonsillid (ehk kurgumandlid) ja lümfisõlmed. Suure looma puhul võib tuua pool neeru ja 1/3 põrna.
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. VEREPROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Organ- ning reieluu proove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos prooviga saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavat infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt (metssigade uuringuteks, kodusigade uuringuteks).
- Kaaskirjal peab olema selgelt loetav uuringu põhjus (nt transport, haigestumine, surnud vm). Loomade haigestumise või suremuse puhul peab kaaskirjal olema infot ilmnenud kliiniliste sümptomite, patoloogiliste muutuste ja haigestumise ulatuse kohta.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time RT- PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: 1-2 tööpäev
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT- PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 19.12.2019
ANALÜÜSIMEETODID
* meetod akrediteerimata
Bakterioloogilisel uurimisel tehakse külvid tekitaja isoleerimiseks. Isoleeritud tüve iseloomustatakse seroloogiliste ja biokeemiliste testidega ning kinnitatakse Brucella spp. PCR meetodil. Liigiliseks määramiseks kasutatakse vajadusel allhanget.
Seroloogilisel uurimisel uuritakse esmalt RBR meetodil, kui esinevad kahtlased või positiivsed reaktsioonid, siis tehakse ELISA ja kinnitava analüüsina KSR.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PS! LABRISe piirkondlikud laboratooriumid korjuseid ja organproove Tartu laboratooriumisse ei vahenda.
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Tuleb arvestada, et tegemist on ohtliku zoonootilise haigustekitajaga!
Proovid laboratoorsete uuringute läbiviimiseks võtab veterinaararst, veterinaarjärelevalveametnik või nende poolt volitatud isik, kes tagab proovide nõuetekohase pakkimise ja transpordi laboratooriumisse ning kaaskirja nõuetekohase täitmise.
Proovid tuleb loomadelt võtta enne ravi algust. Proovide valik sõltub avaldunud kliinilised tunnustest.
Kui farmis on tegemist haiguskahtlusega, siis võetakse võimalusel proovid vähemalt viielt haigustunnustega loomalt.
Proovid elusloomadelt
- Tupenõre – tampooniproov võetakse sobivasse transportsöötmesse
- Abordi korral looted ja platsenta (või loote maosisu põrn ja kops)
- Piim
- Sperma
- Artriidi või hügroomi korral vedelik (punktaat)
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Koeproovid surnud loomadelt
- Lümfisõlmed (pea piirkonnast, piimanäärme ja genitaalide piirkonnast)
- Põrn
- Tiinel või vastpoeginud emisel emakas ja udar.
- Kuldil munandid, munandimanused, lisasugunäärmed
- Maks, neerud ja muutunud koed
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse võimalikult operatiivselt.
- Vereproove hoitakse +4…+6 °C juures. VEREPROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Tampooniproove, organproove ja abordi materjaliga proove hoitakse laborisse jõudmiseni +4…+6 °C juures. Kui proovid ei jõua laborisse 12 h jooksul, siis need proovid külmutatakse.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos prooviga saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavat infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt (kaaskiri sigade proovide uurimiseks).
- Kaaskirjal peab olema selgelt loetav uuringu põhjus. Loomade haigestumise või suremuse puhul peab kaaskirjal olema infot ilmnenud kliiniliste sümptomite, patoloogiliste muutuste ja haigestumise ulatuse kohta.
PS! Juhul, kui tegemist on reaalse haiguskahtlusega, siis proovi võtja informeerib laborit proovi(de) saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
BAKT: kuni 14 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: immunoensüümmeetod
RBR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
BAKT: bakterioloogiline uuring (tekitaja kultiveerimine, isoleerimine ja samastamine)
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
RBR: Rose Bengali antigeenitest (aglutinatsioonireaktsioon)
ELISA: immunoensüümmeetod
KSR: komplemendi sidumise reaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 738 6120
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Koostatud: 01.11.2019
Haiguste tutvustused:
ANALÜÜSIMEETODID
* meetod ei ole akrediteeritud
* meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruste antigeenide tuvastamiseks
- Koproproov haiguse ägedas staadiumis rektaalselt või kohe pärast defekatsiooni, proovi kogus ca 30 g.
PED viiruse vastaste antikehade määramiseks
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Koproproovid jahutatakse 2-4°C juures.
- Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures, mitte üle 24 tunni. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefoni 7 386 111 või 50 66 687
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 04.12.2019
ANALÜÜSIMEETODID
* akrediteerimata meetod
** kui soovitakse bakterioloogilist uuringut Pasteurella multocida ja Bordetella bronchiseptica suhtes, siis märkida kaaskirjal ära haigus või haigustekitajad. Uuringu käigus isoleeritakse tekitajad ja tuvastatakse need koloonia morfoloogia, biokeemiliste ID testide ja/või MALDI-TOF meetodil.
*** kui soovitakse testida ainult toksilise P. multocida olemasolu, tehakse esmalt külvid selektiivsele agarile, toksigeensus kinnitatakse PCR meetodil.
Histoloogiline uuring tehakse ainult haiguskahtlusel (kliinilise haigestumise ja/või patoloogiliste muutuste korral).
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Tuleb arvestada, et B. bronchiseptica ja P. multocida võivad olla zoonootilised!
Elusloomadelt
- Tampooniproov ninanõrest, kurgumandlitelt
Ühe vatipulgaga võetakse proov mõlemast ninaõõnest või kurgumandlitelt ning pannakse transportsöötmesse (Amies sööde, eSwab vedela Amies söötmega). eSwabi kasutamisel murtakse/lõigatakse vatipulga vars enne söötmesse panemist lühemaks.
Koeproovid surnud loomadelt
- Kurgumandlid (tekitaja määramiseks)
- Pea (saadetakse ainult haiguskahtlusel, konsulteerida täpsema proovivõtu osas patoloogidega, tel. 7386123)
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse võimalikult operatiivselt.
- Proove hoitakse laborisse jõudmiseni +4…+6 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos prooviga saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavat infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt (kaaskiri sigade proovide uurimiseks).
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
HIST: 5–10 tööpäeva
BAKT: 2-5 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
HIST: histoloogiline uuring
BAKT: bakterioloogiline uuring
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Bakterioloogia labor. Info telefonil 738 6120
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Patoloogia labor. Info telefonil 738 6123
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Koostatud: 11.05.2020
Haiguste tutvustused:
ANALÜÜSIMEETODID
(lisaks võib kõhulahtisus esineda ka üldinfektsioonide ja mittenakkavate haiguste korral (nt. mürgistused)). Parasitooside uuringud on eraldi proovivõtujuhendis.
|
Analüüs |
Uurimismaterjal |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Aeroobne külv* |
organid, sooled, soolelümfisõlmed |
BAKT |
5DB-TJ-34** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Anaeroobne külv |
5DB-TJ-36** |
|||
|
Brachyspira hyodysenteriae ja B. pilosicoli |
tampooniproov |
5DB-TJ-48** |
||
|
Campylobacter jejuni/ C. coli |
5DB-TJ-9 |
|||
|
Clostridium spp |
organid, sooled, soolelümfisõlmed |
5DB-TJ-2 |
||
|
Lawsonia intracellularis |
proov soolest*** |
HIST**** |
5DH-TJ-21** |
|
|
Salmonella spp. |
roojaproov |
BAKT |
5DB-TJ-20 (EVS-EN ISO 6579-1:2017) |
|
|
Salmonella spp. |
Real-time PCR |
5MA-TJ-15 |
Molekulaaranalüüs |
|
|
Yersinia enterocolitica |
roojaproov, sooled |
BAKT |
5DB-TJ-46 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Rotaviirus, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) ja Cryptosporidium spp. |
roojaproov |
agELISA |
5DV-TJ-61** |
Viroloogia-seroloogia |
|
Sigade tsirkoviirus 2 |
*** |
Real-time PCR |
5MA-TJ-4** |
Molekulaaranalüüs |
|
Sigade tsirkoviirus 2 |
*** |
IHC**** |
5DH-TJ-21** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Sigade tsirkoviirus 2 |
vereseerum plasma |
ELISA |
5DV-TJ-58** |
Viroloogia-seroloogia |
|
Transmissiivne gastroenteriit (TGE) või sigade epideemiline diarröa (PED) |
roojaproov |
ag kiirtest |
5DV-TJ-93** |
|
|
Transmissiivne gastroenteriit (TGE) |
vereseerum plasma |
ELISA |
5DV-TJ-3 |
|
|
Sigade epideemiline diarröa (PED) |
5DV-TJ-84** |
* virulentsus ja/või toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt vastavalt tekitajale aeroobne või anaeroobne külv, ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
*** vt. detailid osas „Proovide võtmine, säilitamine ja saatmine“
**** uuringule eelneb nn. tavahistoloogia (hematoksüliin-eosiin värving)
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Uurimismaterjal |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
E. coli virulentsusfaktorid F4 (K88), F5 (K99), F18, 987P, F41, STb, STaP, LTB, Stx2e |
Isoleeritud kultuur |
Konv. PCR |
5MA-TJ-75* |
Molekulaaranalüüs |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb ja cpb2 |
Real-time PCR |
|||
|
Monofaasiline Salmonella Typhimurium ja S. Typhimurium |
5MA-TJ-70 |
|||
|
S. Enteritidis |
5MA-TJ-70 |
|||
|
Salmonella serotüpeerimine |
Serotüpeerimine |
5DB-TJ-64 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* akrediteerimata meetod
- Lisaks on bakteriaalse haigustekitaja esinemisel soovitav ravi planeerimiseks juurde tellida antimikroobsete ainete vastase tundlikkuse määramine.
- E. coli virulentsusmarkerite uuringut, Salmonella serotüpeerimist ning baktertekitajate antibiootikumitundlikkuse määramist on võimalik ka tellida varem isoleeritud ja tüvepangas säilitatud tüvedele.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Hulgihaigestumise korral võtta eraldi proovid 3-5 loomalt.
Korjuse ja organproovide võtmine ning patoloogilis- anatoomilised uuringud on eraldi juhendis.
Bakterioloogiliseks uurimiseks peab võtma proovid võtma enne antibakteriaalse ravi alustamist.
Viroloogiliseks uuringuks võetakse proov haiguse algstaadiumis.
Proov bakterioloogiliseks uuringuks ja molekulaaranalüüsiks:
- Roojaproov steriilses konteineris min 30 g.
Proov Campylobacter spp., Clostridium spp ning Brachyspira spp. uuringuks:
- Tampooniproov roojast Amies transportsöötmes.
Proov viroloogiliseks uuringuks (agELISA):
- Roojaproov steriilses konteineris min 30 g. Ainult individuaalproovid.
Proov Lawsonia intracellularis uuringuks
- Niudesoole distaalne osa ileotsekaalklapi piirkonnast ning käär- ja umbsoole proksimaalsest osast (Lawsonia intracellulare).
Proov sigade tsirkoviirus 2 tekitaja määramiseks
- Proovid ingvinaalsetest ja mesenteriaalsetest lümfisõlmedest ning põrnast, kopsust, maksast, lisaks kurgumandlitest, niudesoolest (Peyeri naastud), tüümusest, vereseerum.
Proov seroloogiliseks uuringuks (ELISA)
- Vereproov 3-5 ml.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Looma täpne vanus on väga oluline.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti jahutuselementidega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
HIST |
histoloogiline uuring |
Kuni 10 tööpäeva |
|
IHC |
immunohistokeemiline uuring |
|
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
|
ag kiirtest |
immunokromatograafiline kiirtest (antigeeni määramine) |
|
|
ELISA |
kaudne immunoensüümmeetod (antikehade määramine) |
|
|
Konv. PCR |
konventsionaalne multipleks polümeraas-ahereaktsioon |
|
|
Serotüpeerimine |
Salmonella serotüpeerimine Kauffmann-White Le Minor skeemi järgi |
1-3 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor) ja 7386 123 (patoloogia labor- patoloogilised ja histoloogilised uuringud)
Viroloogia-seroloogia osakond, kontakt tel. 7386 111
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Lisainfo:
Sigade haiguste puhul enamesinevad E. coli virulentsusgeenid
|
E. coli virulentsusfaktor |
Määratav geen |
Võib esineda |
||
|
Neonataalne diarröa |
Võõrutus-järgne diarröa |
Tursetõbi |
||
|
F4=K88 piilid |
faeG |
+ |
+ |
|
|
F5=K99 piilid |
fanA |
+ |
||
|
F6=987P piilid |
fasA |
+ |
||
|
F41 piilid |
fedA alaühik |
+ |
||
|
F18 (F18ab jaF18ac) piilid |
fedA |
- |
+ (F18ac) |
+ (F18ab) |
|
LTb (LTII) termolabiilne enterotoksiin, alaühik B |
eltB |
+ |
||
|
STaP (STI) termostabiilne enterotoksiin |
estA |
+ |
||
|
STb (STII) termostabiilne enterotoksiin |
estB |
+ |
||
|
Stx2e shigatoksiin (verotoksiin) |
stx2e alaühik A |
+ |
||
Clostridium perfingens toksiinigeenide leiu tõlgendamine
|
Clostridium perfringens toksiin |
Määratav geen |
Võib esineda |
Seostuv haigus |
|
Alfa-toksiin |
cpa |
Kõigil soojavereliste C. perfringens isolaatidel |
|
|
Beeta-toksiin |
cpb |
C. perfringens tüüp C |
Neonataalne hemorraagiline ja nekrootiline enteriit |
|
Beeta-2 toksiin |
cpb2 |
C. perfringens tüüp A |
Põrsaste neonataalne enteriit (nekrotiseeriv enteriit) |
Koostatud: 02.01.2020
Koostanud: Age Kärssin
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
*täpsustatud proovide võtmise juures. Korjuste saatmisel lisandub lahang või proovivõtulahang
**meetod ei ole akrediteeritud
**meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Koeproovid
Ühest karjast uuritakse vähemalt 3 sea proovid.
Proovid lümfoidorganitest, eelkõige ingvinaalsetest ja mesenteriaalsetest lümfisõlmedest ning põrnast, lisaks tonsillidest, niudesoolest (Peyeri naastud) ja tüümusest.
Pneumoonia korral uuritakse immunohistokeemiliselt ka kopsukudet koos parabronhiaalsete lümfisõlmedega.
Histoloogiliseks/immunohistokeemiliseks uuringuks võib proovid saata
• jahutatud värsked proovid vt. Põllumajandusloomade korjuste ja loomadelt võetud organmaterjali uurimine
• 10 % formaliinilahuses koeproovid, vt.
PCR uuringuks peavad koeproovid olema värsked või külmutatud.
Tampooniproov ninaõõnest võetakse kuiva tampooniga ja pannakse kuiva katsutisse.
Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutisse (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml. Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt. Veendutakse, et kork on korralikult suletud
Proovide pakkimine ja märgistus
Iga proov märgistatakse loetavalt.
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA! Erandiks on koeproovid, millest soovitakse PCR analüüsi.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
Palume laborit ette informeerida. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
HIST: kuni 10 tööpäeva
IHC: kuni 10 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
HIST: histoloogiline uuring
IHC: immunohistokeemiline uuring
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 7 386 123
• Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 7 386 121
Koostatud: 11.09.2020
Koostanud: Age Kärssin
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Aeroobne külv |
BAKT |
5DB-TJ-34* |
Bakterioloogia-patoloogia |
* meetod ei ole akrediteeritud
Täiendava uuringuna võib määrata isoleeritud tüve antibiootikumitundlikkuse
Antibiootikumitundlikkuse määramine
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Korjus ja organid, koeproovid organitest (juhend)
• Tampooniproovid transportsöötmes: Eswab või Amies sööde.
Proovivõtutaara
Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitmekordset pakendit
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Iga looma proovid pakitakse eraldi kottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
• Korjus ja organproovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C . Tampooniproovid peaksid olema laboris 48 h jooksul PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• On soovitav, et proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: 2-4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: mikrobioloogiline külv, tekitaja tuvastamine ja isoleerimine.
Isoleeritud tekitaja tuvastamine toimub biokeemiliste testidega, kommertsiaalsete identifitseerimissüsteemide abil või MALDI-TOF MS meetodil. Kui on asjakohane, siis määratakse grupp Lancefield klassifikatsiooni järgi.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 7 386 120
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 25.09.2020
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium spp |
BAKT |
5DB-TJ-2 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt külv ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb, cpb2, etx, iap, cpe |
Real-time PCR |
5MA-TJ-93* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjused ja organproovid: vt. juhend
Post-mortem proovid:
- proovid sooltest (ligeeritud mõlemast otsast)
- soolesisu proovitopsis
- soolelümfisõlmed
- limaskesta kaaped (magu, sool) transportsöötmes (Amies või Eswab)
- muutuste korral neerud, kopsud, aju
Müosiidi puhul: koeproovid 4 cm3 mõõtmetega
Nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab)
NB! Proovid võtta võimalikult kiiresti pärast looma surma.
Elupuhuselt
- roojaproov steriilses proovitopsis
- tampooniproov pärasoolest transportsöötmes(Amies või Eswab)
- lihaskahjustuste korral nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab) –
NB! Ilma transportsöötmeta (organproove, soolesisu) saadetavatel proovidel jäetakse esmasesse pakendisse/ proovitopsi võimalikult vähe õhuruumi.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Proovid pakendatakse enne lõplikku pakkimist veel täiendavasse pakendisse.
Kaaskirjavormid leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Tampooniproovide korral märkida kindlasti ära täpne piirkond, kust proov on võetud. Oluline on kaaskirjal kirjeldada kliinilist pilti ja anamneesi andmeid ning lisada muu asjakohane info.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti külmkehadega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor)
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Koostatud: 01.10.2020
Koostanud: Age Kärssin
Lisainfo:
Kuna C. perfringens esineb soojaverelistel normaalses soolemikroflooras, siis vaid selle tuvastamine ei oma diagnostilist väärtust.
|
Tüüp |
Peamised haigused |
Peamised toksiinid |
Geenid |
Märkused |
|
A |
|
alfa (CPA) |
cpa |
C. perfringens kinnitamine, kuna sel on ainsa Clostridium liigina cpa geen; kuna esineb kõigil soojavereliste isolaatidel, puudub spetsiifilisem diagnostiline väärtus; |
|
B |
|
alfa (CPA) |
cpa |
cpb ja etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi, patoloogiliste muutuste ja bakterioloogilise leiuga |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
epsilon |
etx |
|||
|
C |
|
alfa (CPA) |
cpa |
Tüüp C isolaadid võivad toota veel CPE, CPB, CPB2 jt. toksiine. |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
D |
|
alfa (CPA) |
cpa |
etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi ja patoloogiliste muutustega |
|
epsilon (ETX) |
etx |
|||
|
E |
|
alfa (CPA) |
cpa |
puuduvad üldaktsepteeritvad diagnostilised kriteeriumid; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
iota (ITX) |
iap*** |
|||
|
- |
|
cpe (CPE) - enterotoksiin |
cpe |
võimalik gastroenteriitide põhjustaja mitmetel imetajate liikidel; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
- |
On leitud:
|
CPB2 |
cpb2**** |
*esineb ka NetB toksiin (ei määrata), kaasuvad sageli ka CPE, CPB ja CPB2
** esineb ka NetF toksiin (ei määrata)
*** Iota toksiin (ITX) koosneb kahest komponendist Ia (kodeerib iap geen) ja Ib (kodeerib ibp-geen). Analüüsimeetodi puhul määratakse iap geeni.
**** CPB2 puudub vaatamata nimetusele oluline homoloogia CPB-ga. Täiskasvanud hobustel seostatakse CPB2 ekspresseerumist antibiootikumiraviga, on leitud, et gentamütsiiniravi ja surmlõppega tüfokoliidi vahel esineb seos.
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-40 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Roe või soolesisu. Parasiitide määramine* |
5DB-TJ-25 |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist lõpp-peremeeste proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
Vaheperemeestel
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Larvaalse ehhinokokoosi uurimine* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-42** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga. |
histoloogiline |
5DH-TJ-12** |
|
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine Periodic Acid Schiff (PAS) meetodil happeliste mukopolüsahhariidide visualiseerimiseks. |
5DH-TJ-15** |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
** meetod ei ole akrediteeritud
Kinnitav uuring
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Echinococcus granulosus ja multilocularis liigiline määramine |
multiplex PCR |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
Meetodi valikul lähtutakse uurimismaterjalist ja patoloogiatest.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Lõpp-peremehed (lihasööjad)
Lemmikloomadel (koer, kass) uuritakse koproproovi (rooja).
Proov peab olema värske, kogus võimalusel vähemal kahe tikutopsi suurune. Pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti või proovitopsi ja kilekotti ning jahutatakse ca 4°C juures.
Ulukloomadel (rebane, kährikkoer, hunt) uuritakse peensoole proovi.
Laborisse saadetakse kas kogu korjus või mõlemast otsast ligeeritud otstega soolestik, mis on korralikult lekkekindlalt pakitud.
NB! Kogu korjuse saatmine toimub MEmE projekti raames või eraldi kokkuleppel.
Vt juhendit:
NB! Proovide võtmisel kasutada kindaid jt kaitsevahendeid, kuna tegemist on nakkusohtliku materjaliga.
Vaheperemehed
Veterinaarkontrolli käigus võetud tapasaaduste proov (siseorganid) saadetakse larvaalse ehhinokokoosi suhtes laborisse mikroskoopilisele ja histoloogilise uurimisele.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti.
- Koproproovid jahutatakse ca 4°C juures.
- Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
- Koproproovid on uurimiskõlbulikud 4°C juures kuni 5 päeva.
- Lõpp-peremeeste (rebased jt. karnivoorid) jahutatud korjused ja ligeeritud soolestik saadetakse külmkehadega termokastis 24 h jooksul. Proove võib külmutada -18o C ning saata külmutatuna esimesel võimalusel.
- Organproove ja tsüsti sisu säilitatakse ca 4°C juures ning saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Kui prooviks on korjus, lepib proovide võtja patoloogia laboriga kokku (välja arvatud MEmE uurimisprojekti proovid 2020. aastal).
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. MEmE projekti korral palume kasutada selleks koostatud vormi. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev, kellaaeg ja info proovide säilitamise kohta enne laborisse jõudmist.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral lõpp-peremeestel (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
• Parasitoloogiline uuring: Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: kokkuleppel
• Roe või soolesisu: 1–2 päeva
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: 1–2 päeva*
Histoloogiline uuring: kuni 10 tööpäeva
Multiplex PCR: kuni 5 tööpäeva
*Vajadusel lisandub aeg kinnitavateks uuringuteks
ANALÜÜSIMEETODID
Proovivõtulahang
Parasitoloogiline uuring:
• Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: settimis- ja loputusmeetod
• Roe või soolesisu. Parasiitide määramine: roojaproovide uuring helmintoskoopiliselt (paelussilülid on määratavad lühikest aega, kuna lagunevad) ja flotatatsioonimeetod.
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: organproovide helmintoskoopia ja mikroskoopiline uuring.
Histoloogiline uuring: koeproovide töötlemine ja värvingud koemuutuste visualiseerimiseks.
Multipleks PCR: multipleks polümeraas-ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond. Üldinfo telefonil 7 386 120 (ka MEmE projekti info), patoloogia labor: 7 386 123
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 15.09.2020
Haiguste tutvustused:
Chlamydia psittaci infektsioon
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Chlamydiaceae spp määramine |
Real-time PCR |
|
5MA-TJ-11* |
Molekulaaranalüüs |
|
Chlamydia abortus määramine |
|
|||
|
C. psittaci määramine |
|
|||
|
C. pecorum määramine |
|
|||
|
C. suis määramine |
|
|||
|
C. felis määramine |
|
*meetod ei ole akrediteeritud
Iga tekitaja jaoks määratakse eraldi analüüsiga
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Haigestunud loomade ja proovide käsitlemisel kasutada ettevaatusabinõusid (isikukaitsevahendid, eriline tähelepanu proovide lekkekindlal pakkimisel, bioohutusnõuete täitmine) zoonootilise ohu tõttu!
Real-time PCR:
- Abordi korral võetakse aborteerunud loote lootekestad, platsenta, viimaste puudumisel loote maks, kops. Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
- Tampooniproovid silma- ja ninasekreedist, emaslooma tupenõrest (võib võtta ka inna ajal). Proovi võtmiseks eemaldada vajadusel ühe tampooniga lima ja eritised ning koguda proov teise tampooniga, nii et proovis oleks epiteelirakke. Proovivõtmise tampooniks ei sobi puuvillakiuga tampoonid!
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse+4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures;
- Organ- ja/või tampooniproovid toimetatakse laborisse 4–6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24 h pärast proovi võtmist).
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Kaaskirjal peaks olema kirjas, millisele Chlamydia liigile uurida (kuna igal analüüsil on eraldi hind). Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 28.11.2019
Haiguse tutvustus:
Lammaste katarraalne palavik (LKP) ehk sinikeel (Bluetongue)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Bluetongue`i viiruse RNA tuvastamine |
real-time RT-PCR |
|
5MA-TJ-43 |
Molekulaaranalüüs |
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Bluetongue`i viiruse vastaste antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-44 5DV-TJ-57 |
Viroloogia-seroloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse RNA tuvastamine real-time PCR meetodil:
- Hüübimata täisveri, lilla korgiga (EDTA lisandiga) vaakumkatsutis. Pärast vereproovi võtmist liigutatakse katsutit 8-10 korda, et antikoagulant verega korralikult seguneks.
Viiruse vastaste antikehade uuring ELISA testiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovivõtutaara
- Vaakumkatsuteid võib saada ka Tartust LABRISe laboratooriumist (helista viroloogia-seroloogia osakonda, telefon 7 386 111).
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 14.11.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Lammaste Maedi-Visna / kitsede artriit- entsefaliidi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DS-TJ44 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Lammaste Maedi-Visna viiruse antikehade määramine |
AGID |
5DS-TJ-27 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
- vereproov
Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt.
Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml. Veendutakse, et kork on korralikult suletud
Proovide pakkimine ja märgistus
- Iga proov märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
ELISA: kuni 5 tööpäeva
AGID: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
AGID: agar-geel immuundiffusiooni meetodi (agar gel immunodiffusion / AGID/ test), sünonüüm IDR (immuundifusiooni reaktsioon)
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6106
Koostatud: 25.05.2020
Koostanud: Triin Tedersoo
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Dichelobacter nodosus virulentse (aprV2) ja avirulentse (aprB2) vormi DNA määramine |
Multiplex real-time PCR |
5MA-TJ-91* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovivõtuvahendid
- Kuiv tampoon – sobib molekulaaranalüüsideks.
NB! Kui soovitakse lisaks tavalist bakterioloogiat (anaeroobide uuringut), siis selleks ei sobi
- Eswab tampoonid – sobib nii bakterioloogilisteks kui ka molekulaaranalüütilisteks uuringuteks
Proovivõtuvahendeid saab tellida ka LABRISe laboritest.
Proovi võtmine
- Molekulaaranalüüsideks (ainult D. nodosus) on parem võtta proovid kuivade tampoonidega.
- Valitakse loomad, kellel sümptomid on hiljuti avaldunud. Proovid võetakse ühe looma mitmelt jalalt (ühel loomal on sageli tabandunud enam kui üks jalg) ja/või mitmelt loomalt.
- Proov võetakse sõrgade vahelise ala niiskelt nahalt. Valkjalt surnud koelt sõrgade vaheliselt alalt, või sõra/naha piirilt. Enne proovi võtmist eemaldatakse sõrgade vahelt suur mustus, tõmmates nahka puutumata sõravahe pöidlaga puhtaks
- Steriilse tampooniga hõõrutakse uuritavat piirkonda, pöörates proovivõtu ajal vatitampooni 360°. Ühe looma nelja jalalt võib võtta liitproovi ühe proovivõtutampooniga. Selleks pööratakse igalt jalalt proovi võttes tampooni nii, et oleks kaetud 90 kraadine sektor. Võib ühelt loomalt võtta igal jalalt eraldi proovitampooniga võtta ning panna ühte proovikatsutisse (koondproovina uurimiseks).
- Igalt järgmiselt loomalt proove võttes vahetatakse või desinfitseeritakse kindaid.
- Pärast proovivõtmist asetatakse tampoon vastavasse katsutisse, murtakse või lõigatakse varre lühemaks ja suletakse katsuti korralikult korgiga.
Kui soovitakse täiendavalt bakterioloogilist uuringut (teise anaeroobsete mikroobide tuvastamiseks), siis tuleb proovid võtta ka Amies või Eswab söötmesse. Tavabakterioloogiaga pole D. nodosus esinemist võimalik tuvastada.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt.
Märkida ära ka proovivõtuviis (üksikproov, koondproov või liitproov) ja kas uuringut soovitakse koondproovidena (kuni viie tampooniproovi koond) või üksikproovidena.
Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri patoloogilise materjali uurimiseks, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
- Kuni laborisse saatmiseni on soovitav hoida 2 – 8°C.
- Proovid saadetakse 24 h jooksul laborisse.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Multiplex real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Multiplex real-time PCR: multipleks reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 738 6121
Koostatud: 20.11.2019
Koostanud: Age Kärssin
Haiguste tutvustused:
Leptospiroos koertel ja kassidel
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Leptospiroosi tekitajate antikehade määramine vereseerumis mikroaglutinatsioonireaktsiooniga (MAR) |
MAR |
5DS-TJ-13 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Leptospira hardjo vastaste antikehade määramine veiste vereseerumis ja piimas |
ELISA |
5DS-TJ-12 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Leptospiroosi tekitajate antikehade uuring komplemendisidumise reaktsiooniga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Leptospira hardjo vastaste antikehade uuring veistel
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Piimaproov- proovi kogus vähemal 5 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
MAR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
MAR: mikroaglutinatsioonireaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV
- Viroloogia-seroloogia osakond, telefon 7 386 111 või 7 386 106
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 16.09.2019
Haiguste tutvustus:
Rooja ja soolesisu parasitoloogilised uuringud
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Objekt |
Metoodika |
Osakond |
|
Parasitoloogiline uuring |
Natiivpreparaat |
vegetatiivsed ainuraksed |
5DB-TJ-25 5DB-TJ-40** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Flotatsioonimeetod |
(imi-), pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Settimismeetod |
imiussimunad |
|||
|
Flotatsioonimeetod + settimismeetod (kombineeritud meetod) |
imi-, pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Helmintoskoopia (ja parasitoskoopia) |
paelussilülid, ümarussid, vastsed (sh. putukavastsed) |
|||
|
Väljarändemeetod e. larvoskoopiline meetod |
kopsuussivastsed |
|||
|
McMaster meetod |
imi-, pael- ja ümarussimunade ning koktsiidide ootsüstide arvukus |
5DB-TJ-63* |
||
|
Tritrichomonas foetus kassil |
Kultiveerimine ja mikroskoopia |
Tritrichomonas foetus |
5DB-TJ-30 |
|
|
Cryptosporidium spp. ootsüstide määramine |
Immunofluorestsentsmeetod |
Cryptosporidium ootsüstid |
5DB-TJ-3* |
|
|
Giardia tsüstide määramine |
Giardia tsüstide |
5DB-TJ-11* |
||
|
Sigadel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) antigeeni määramine |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veistel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, koronaviiruse, E. coli F5 antigeeni määramine veistel |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
|
|
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis määramine |
Real-time PCR |
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
** Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Proov võetakse plastkonteinerisse või kilekotti.
Produktiivloomad
- Üksikult või lõas peetavatelt loomadelt võetakse võimaluse korral rektaalselt individuaalproovid (minimaalselt 10 g).
- Rühmiti peetavatel loomadel võetakse rühmaproovid (minimaalselt 50 g).
- Väljarändemeetodil uurimisel on proovi kogus võimalusel ca 20 g.
- Vasikatel ja põrsastel Cryptosporidium spp. antigeeni määramiseks võtta ca 30 g proov.
Väikeloomad
- Roe kogutakse defekatsiooni järgselt (võimalusel ca 5 g).
ERANDID
Kassil Tritrichomonas foetus uuring: roojaproov peab olema väga värske, tekitaja on tundlik keskkonnamõjudele ning sureb kiiresti temperatuuril alla 15 °C või üle 40 °C. proov peab laborise jõudma mõne tunni jooksul. Teine variant on küsida laboratooriumist proovi võtmiseks spetsiaalne sööde.
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel: prooviks võib olla terve korjus või peensool, mis on ligeeritud mõlemast otsast. Uurimismaterjal peab olema tihedalt pakitud plastikkotti ja saadetud laborisse nii kiiresti kui võimalik, vajadusel jääga. Kui materjal pole külmutatud või formaliiniga fikseeritud (NB! Fiksaatoreid (nt. formaliin), ei soovitata kasutada, formaliin ei tapa ka parasiidi mune), võib parasiit autolüüsuda 24 h jooksul.
Cryptosporidium spp uuring (AgELISA) sigadel ja veistel: uuritakse vaid individuaalproove.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovi pakend märgistatakse loetavalt ja veekindlalt.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Proovid jahutatakse 2–4°C juures. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse 2-4 °C juures, kuid proovide laborisse jõudmiseni ei tohiks kuluda üle 24 tunni. PROOVE MITTE KÜLMUTADA! Vt. ERANDID
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega termokastis lühima võimaliku aja jooksul Vt. ERANDID
- Väljarändemeetodil uurimiseks võetakse proove laboris vastu esmaspäevast neljapäevani.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on muu vajaliku info hulgas ära märkida proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
o Kui proove on enam kui 3, esitatakse loomade nimekiri eraldi blanketil loomade nimekiri.
o Märgitakse kindlasti ka soovitud uurimismeetod või uuritav parasiitide grupp, ei piisa kui on märgitud ainult „parasitoloogiline“
o Mitme proovi puhul märgitakse kaaskirjale, kas uuringut soovitakse üksikproovidena või koondproovidena. Koondproovide puhul märgitakse kaaskirjal ära koondproovi kuuluvate proovide numbrid.
ANALÜÜSIMEETODID LOOMALIIGITI JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Loomaliik |
Flotat-siooni-meetod |
McMas-ter meetod |
Settimis-meetod |
Kombi-neeritud meetod |
Väljarän-de meetod |
Helminto-skoopia |
Natiiv-preparaat |
Immuno-fluorestsents-meetod |
|
Mäletsejalised* |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
|
Siga, metssiga* |
+ |
(+) |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Hobune** |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Karnivoorid*** |
+ |
+ |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Linnud |
+ |
+ |
+ |
+ |
||||
|
Merisiga |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Küülik, jänes |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Analüüsimise aeg |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
(+) – tavaliselt ei tehta, vaid erinäidustusel
* lisaks agELISA (ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks) -Cryptosporidium spp. (kuni 5 päeva)
** lisaks uuritakse maokiinivastsete suhtes (1-2 päeva)
*** lisaks real-time PCR (reaalaja polümeraas-ahereaktsioon) - Echinococcus granulosus ja E. multilocularis (kuni 5 päeva)
*** kultiveerimine ja mikroskoopia - Tritrichomonas foetus kassil (kuni 7 päeva)
McMaster meetod – kvantitatiivne uuring parasiidimunade ja oostsüstside määramiseks
AgELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 7 386 123 (patoloogia labor) või telefon 7 386 120 (bakterioloogia labor)
Koostatud: Age Kärssin
Koostanud: 20.12.2019
ANALÜÜSIMEETODID
| Tekitaja uuringud | Meetod | Uurimismaterjal | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|---|
| Paratuberkuloosi tekitaja Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis määramine | bakterioloogiline uuring* |
|
5DB-TJ-44 | Bakterioloogia-patoloogia |
| histoloogiline uuring | 5DB-TJ-17 |
* isolaadi liigi määramine PCR meetodil allhankena EMÜ mükobakteriooside laboratooriumis
| Antikeha uuringud | Meetod | Uurimismaterjal | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|---|
| Paratuberkuloosi tekitaja Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis antikehade määramine | ELISA |
|
5DS-TJ-25 | Viroloogia-seroloogia |
| ELISA |
|
5DS-TJ-48 | Viroloogia-seroloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Loomaliigid: veised, väikemäletsejad
Bakterioloogiliseks uuringuks tekitaja tuvastamiseks
Elupuhuselt:
- pärasoolest võetud roojaproov (ca 40-50 g).
Bakterioloogiliseks ja histoloogiliseks uuringuks tekitaja tuvastamiseks
Surma järgselt:
- soole osad (ca 10-15 cm): niudesoole kaudaalsest osast, niude- ja umbsoole ülemineku piirkonnast. Soole osad ligeeritakse mõlemast otsast. Kui muutused esinevad soolte muudes osades, võtta proovid vastavast kohast;
- mesenteriaalsed lümfisõlmed;
- koetükid maksast ja põrnast.
Proovide võtmine seroloogiliseks uuringuks antikehade määramiseks
- Vereproov võetakse punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Bakterioloogiliseks uuringuks saadetavad proovid toimetatakse laborisse jahutatult külmkehadega termokastis. Kui materjali ei ole võimalik 24 h jooksul laboratooriumisse toimetada, tuleks see külmutada.
- Histoloogilise uuringu jaoks vt. proovivõtujuhendid – Põllumajandusloomade korjuste ja loomadelt võetud organmaterjali uurimine
- Vereproovid toimetatakse laborisse võimalikult kiiresti, vt. proovivõtujuhendid – Vereproovide võtmine seroloogilisteks uuringuteks.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: kuni 6 kuud
ELISA: kuni 5 tööpäeva
Histoloogiline uuring: kuni 10 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine
Histoloogilise uuring: koelõikude uurimine muutuste hindamiseks; erivärving happekindlate bakterite visualiseerimiseks
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 738 6120
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6106 või 738 6111
Koostanud: Triin Tedersoo
Koostatud: 18.01.2021
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil
ANALÜÜSIMEETODID
| Uuring | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp | bakterioloogiline | EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) | Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
| Salmonella spp. | real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
| Tekitaja | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp. serotüpeerimine | Serotüpeerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
| S. Enteritidis | 5MA-TJ-70 |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- Proovid võtab koolitatud proovivõtja
- Proovide arv sõltub karja suurusest, proovide valim peaks olema hoone suhtes representatiivne.
- Värskeid proove on tavaliselt lihtsam koguda vahetult pärast loomade söötmist, kuna söötmine stimuleerib defekatsiooni.
Proovivõtuvahendid
- ühekordsed kindad (rektaalkindad);
- ühekordsed kindad (vinüül-, lateks- või nitriilkindad);
- ühekordsed spaatlid või plastist supilusikad;
- proovianumad (minimaalselt 120 ml lekkekindlalt suletava kaanega plastikust proovipurgid);
- suuremad kilekotid (ca 5 l), soovitavalt sulguriga;
- desovahendina 70% etanool või etanooliga niisutatud salvrätid;
- etiketid või veekindel marker;
- kaaskirja blankett;
- jäätmekott.
Individuaalproovide võtmine – võetakse pärasoolest või kohe pärast defekatsiooni.
- Iga loom jaoks uut rektaalkinnast. Proov võetakse otse pärasoolest.
- Defekatsiooni järgselt kogutakse proov põrandalt, vältides proovi võtmist põrandaga kokku puutunud pinnalt.
- Kindalt võetakse spaatli või plastlusikaga proov ning pannakse proovianumasse. Kokku võetakse vähemalt 10 grammi materjali. Proovianum täidetakse kuni 2/3 mahust. Anum suletakse tihedalt kaanega.
- Kui proovianum proovi võtmisel väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proov märgistatakse selgelt loetava järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit (täpsem info proovi kohta on kaaskirjal).
- Iga järgmise looma jaoks kasutatakse uusi ühekordseid proovivõtuvahendeid.
Liit-koproproovide võtmine (aedikuproovid noorloomadelt)
Liit-koproproovid (või loomulikult segunenud väljaheiteproovid) - võetakse rühmana aedikus peetavatelt loomadelt vanuse- või pidamisrühmade kaupa kui individuaalproovi pole võimalik võtta.
- Ühe lusikaga võetakse üks liitproov.
- Koproproovid kogutakse põrandalt erinevatest kohtadest nii, et proov esindab aedikus olevaid loomi.
- Kui väljaheidete hunnikud on eristatavad, võetakse spaatli või ühekordse lusikaga proov paljudest erinevatest hunnikutest. Eelistada värsket, veel sooja ning põrandaga kokku puutumata osa väljaheitest.
- Kui roe on loomulikult segunenud, siis võetakse proov põrandalt vähemalt viiest erinevast kohast (vastavalt proovivõtuskeemile ning aediku suurusele võib see arv olla suurem).
- Ühte proovianumasse võib koguda 5–10 enam-vähem sama suurusega koproproovi osa (a´5 g). Proovi suurus on vähemalt 25 g, anum täidetakse kuni 2/3 mahust.
- Kui proovianum väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proovid märgistatakse selgelt loetavate järjekorranumbritega, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit.
- Iga uue liitproovi võtmiseks vahetatakse kindaid ja võetakse uus spaatel/lusikas.
Proovide pakkimine ja märgistus
Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Väliselt puhtad, korralikult suletud ja korrektselt märgistatud konteinerid pakitakse kilekotti, soovivalt on lisada sinna absorbeerivat materjali (näiteks paberkäterätikud).
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Aedikutest võetud liitproovid: märgi ära, mitmest sulust on proovid võetud ning märgista proovid aedikute kaupa nii, et neid on võimalik eristada.
Märgi ära uurimise viis: kas labor uurib iga võetud proovi eraldi või koondproovina (ning millised proovid võib koondada).
Kui kaaskiri pole üheselt arusaadav, põhjustab see viivitust uuringu alustamisel.
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul.
Vt. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
- LABRIS Tallinn. Info telefonil 603 5821 või 603 5812
- LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Schmallenbergi viiruse RNA tuvastamine |
real-time RT-PCR |
|
5MA-TJ-29* |
Molekulaaranalüüs |
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Schmallenbergi viiruse vastaste antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-60* |
Viroloogia-seroloogia |
*meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse RNA tuvastamine real-time RT-PCR meetodil:
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Hüübimata täisveri, lilla korgiga (EDTA lisandiga) vaakumkatsutis. Pärast vereproovi võtmist liigutatakse katsutit 8-10 korda, et antikoagulant verega korralikult seguneks.
- Ajukude, nabanöör või amnioni vedelik surnultsündinud või deformeerunud lootelt.
Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
Viiruse vastaste antikehade uuring ELISA testiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovivõtutaara
- Vaakumkatsuteid võib saada ka LABRISe laboratooriumist (helista viroloogia-seroloogia osakonda, telefon 7 386 111).
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Surnultsünnid või deformeerunud looted, ajukude, nabanöör või amnioni vedelik toimetatakse laborisse 4-6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24h pärast proovi võtmist). Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse proove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 18.11.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Aeroobne külv |
BAKT |
5DB-TJ-34* |
Bakterioloogia-patoloogia |
* meetod ei ole akrediteeritud
Täiendava uuringuna võib määrata isoleeritud tüve antibiootikumitundlikkuse
Antibiootikumitundlikkuse määramine
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Korjus ja organid, koeproovid organitest (juhend)
• Tampooniproovid transportsöötmes: Eswab või Amies sööde.
Proovivõtutaara
Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitmekordset pakendit
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Iga looma proovid pakitakse eraldi kottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
• Korjus ja organproovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C . Tampooniproovid peaksid olema laboris 48 h jooksul PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• On soovitav, et proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: 2-4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: mikrobioloogiline külv, tekitaja tuvastamine ja isoleerimine.
Isoleeritud tekitaja tuvastamine toimub biokeemiliste testidega, kommertsiaalsete identifitseerimissüsteemide abil või MALDI-TOF MS meetodil. Kui on asjakohane, siis määratakse grupp Lancefield klassifikatsiooni järgi.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 7 386 120
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 25.09.2020
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse antigeeni määramine (serotüüp -O, A, C, ASIA1, SAT1, SAT2) |
ELISA |
|
5DV-TJ-87 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse määramine patoloogilisest materjalist |
RT-PCR |
|
5MA-TJ-17* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi O-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-35 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse mittestruktuurse valgu (SSTV-NS) vastaste antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-53 |
||
|
Suu- ja sõrataudi A-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-78 |
||
|
Suu- ja sõrataudi ASIA1 serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-79 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse A-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-88 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse O-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-89 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse SAT-2 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-90 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse ASIA1 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-91 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Villide epiteel, vähemalt 1 g s.o. 2x2 cm (postmargi-suurune) purunemata ville katvat või äsjapurunenud villide epiteelkude. transportimiseks tuleb epiteeliproovid paigutada spetsiaalsesse transportlahusesse (PBS)
ning hoida jahedas.
• Villide sisu - võetakse ühekordse süstla ja nõelaga steriilsesse katsutisse.
• Vereproov viroloogiliseks uurimiseks. Täisveri viiruse isoleerimiseks. Stabiliseerimiseks kogutakse vereproovid (~5ml) steriilsesse EDTAd sisaldavasse katsutisse.
• Vereproov seroloogiliseks uurimiseks. Vereproovid antikehade tuvastamiseks. Veri (~10ml) kogutakse
steriilsetesse katsutitesse. Konservanti ei lisata.
Hukkunud loomalt lisaks süda.
Proovivõtuks kasutatavad instrumendid ja epiteelkude ei tohi sattuda otsesesse kontakti desinfektandiga, sest see inaktiveerib viiruse kiiresti. Oluline, et proovid võetaks haiguse ägedas staadiumis võimalikult kohe pärast esimeste kliiniliste tunnuste ilmnemist.
Kui proovide võtmine viiruse tuvastamiseks või viiruse isoleerimine on võimatu, siis saadetakse laborisse seerumiproovid paranenud loomadelt spetsiifiliste antikehade leidmiseks ja nende kvantitatiivseks hindamiseks.
Vereproovid võetakse kliiniliselt haigetelt loomadelt ja samas hoones paiknevatelt väliselt tervetelt loomadelt.
Antikehade tiitri tõusu määramiseks on vajalik paarisseerumite testimine.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut konteinerit.
• Nii sisemine kui välimine konteiner sulgeda teibiga ja seejärel väljastpoolt desinfitseerida.
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Selline pakend pannakse eraldi karpi, milles on külmkehad.
• Proovid hoida nii jahedas kui võimalik, MITTE LASTA KÜLMUDA.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Teavitada laborit proovide saatmisest. Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
RT- PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
RT-PCR: pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 05.07.2021
Haiguste tutvustused:
Hirvlaste krooniline kurtumustõbi (Chronic Wasting Disease- CWD)
Skreipi ehk lammaste ja kitsede TSE
Veiste spongiformne entsefalopaatia (BSE, "hullu lehma tõbi")
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Transmissiivse spongiformse entsefalopaatia (TSE) tekitaja kvalitatiivne määramine |
ELISA |
5DV-TJ-51 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Transmissiivsete Spongiformsete entsefalopaatiate (TSE) uurimine immunohistokeemilisel meetodil |
IHC |
5DH-TJ-10 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiline uuring |
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga |
5DH-TJ-12* |
*meetod ei ole akrediteeritud
Esmalt teostatakse analüüsid TSE tekitaja kvalitatiivseks määramiseks (EIA) piklikajust ja/või ajukoest. Haiguse kahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse korral tehakse uuring histoloogilisel ja immunohistokeemilisel meetodil.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Transmissiivse spongiformse entsefalopaatia (TSE) tekitaja kvalitatiivne määramine.
- Piklikaju ja/või ajukude
Transmissiivsete Spongiformsete entsefalopaatiate (TSE) uurimine immunohistokeemilisel meetodil.
- Aju: obex (ajutüvi) ja väikeaju
- Pea- ja kaelapiirkonna lümfisõlmed
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlasse konteinerisse koos looma ID- märgisega. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
ELISA: kuni 5 tööpäeva
IHC: kuni 5 tööpäeva
Histoloogia: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüümse immunosorptsioonanalüüs
IHC: immunohistokeemiline uuring
Histoloogiline uuring
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Bakterioloogia- patoloogia osakond. Info telefonil 738 6123
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 19.09.2019
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium spp |
BAKT |
5DB-TJ-2 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt külv ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb, cpb2, etx, iap, cpe |
Real-time PCR |
5MA-TJ-93* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjused ja organproovid: vt. juhend
Post-mortem proovid:
- proovid sooltest (ligeeritud mõlemast otsast)
- soolesisu proovitopsis
- soolelümfisõlmed
- limaskesta kaaped (magu, sool) transportsöötmes (Amies või Eswab)
- muutuste korral neerud, kopsud, aju
Müosiidi puhul: koeproovid 4 cm3 mõõtmetega
Nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab)
NB! Proovid võtta võimalikult kiiresti pärast looma surma.
Elupuhuselt
- roojaproov steriilses proovitopsis
- tampooniproov pärasoolest transportsöötmes(Amies või Eswab)
- lihaskahjustuste korral nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab) –
NB! Ilma transportsöötmeta (organproove, soolesisu) saadetavatel proovidel jäetakse esmasesse pakendisse/ proovitopsi võimalikult vähe õhuruumi.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Proovid pakendatakse enne lõplikku pakkimist veel täiendavasse pakendisse.
Kaaskirjavormid leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Tampooniproovide korral märkida kindlasti ära täpne piirkond, kust proov on võetud. Oluline on kaaskirjal kirjeldada kliinilist pilti ja anamneesi andmeid ning lisada muu asjakohane info.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti külmkehadega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor)
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Koostatud: 01.10.2020
Koostanud: Age Kärssin
Lisainfo:
Kuna C. perfringens esineb soojaverelistel normaalses soolemikroflooras, siis vaid selle tuvastamine ei oma diagnostilist väärtust.
|
Tüüp |
Peamised haigused |
Peamised toksiinid |
Geenid |
Märkused |
|
A |
|
alfa (CPA) |
cpa |
C. perfringens kinnitamine, kuna sel on ainsa Clostridium liigina cpa geen; kuna esineb kõigil soojavereliste isolaatidel, puudub spetsiifilisem diagnostiline väärtus; |
|
B |
|
alfa (CPA) |
cpa |
cpb ja etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi, patoloogiliste muutuste ja bakterioloogilise leiuga |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
epsilon |
etx |
|||
|
C |
|
alfa (CPA) |
cpa |
Tüüp C isolaadid võivad toota veel CPE, CPB, CPB2 jt. toksiine. |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
D |
|
alfa (CPA) |
cpa |
etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi ja patoloogiliste muutustega |
|
epsilon (ETX) |
etx |
|||
|
E |
|
alfa (CPA) |
cpa |
puuduvad üldaktsepteeritvad diagnostilised kriteeriumid; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
iota (ITX) |
iap*** |
|||
|
- |
|
cpe (CPE) - enterotoksiin |
cpe |
võimalik gastroenteriitide põhjustaja mitmetel imetajate liikidel; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
- |
On leitud:
|
CPB2 |
cpb2**** |
*esineb ka NetB toksiin (ei määrata), kaasuvad sageli ka CPE, CPB ja CPB2
** esineb ka NetF toksiin (ei määrata)
*** Iota toksiin (ITX) koosneb kahest komponendist Ia (kodeerib iap geen) ja Ib (kodeerib ibp-geen). Analüüsimeetodi puhul määratakse iap geeni.
**** CPB2 puudub vaatamata nimetusele oluline homoloogia CPB-ga. Täiskasvanud hobustel seostatakse CPB2 ekspresseerumist antibiootikumiraviga, on leitud, et gentamütsiiniravi ja surmlõppega tüfokoliidi vahel esineb seos.
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-40 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Roe või soolesisu. Parasiitide määramine* |
5DB-TJ-25 |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist lõpp-peremeeste proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
Vaheperemeestel
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Larvaalse ehhinokokoosi uurimine* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-42** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga. |
histoloogiline |
5DH-TJ-12** |
|
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine Periodic Acid Schiff (PAS) meetodil happeliste mukopolüsahhariidide visualiseerimiseks. |
5DH-TJ-15** |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
** meetod ei ole akrediteeritud
Kinnitav uuring
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Echinococcus granulosus ja multilocularis liigiline määramine |
multiplex PCR |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
Meetodi valikul lähtutakse uurimismaterjalist ja patoloogiatest.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Lõpp-peremehed (lihasööjad)
Lemmikloomadel (koer, kass) uuritakse koproproovi (rooja).
Proov peab olema värske, kogus võimalusel vähemal kahe tikutopsi suurune. Pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti või proovitopsi ja kilekotti ning jahutatakse ca 4°C juures.
Ulukloomadel (rebane, kährikkoer, hunt) uuritakse peensoole proovi.
Laborisse saadetakse kas kogu korjus või mõlemast otsast ligeeritud otstega soolestik, mis on korralikult lekkekindlalt pakitud.
NB! Kogu korjuse saatmine toimub MEmE projekti raames või eraldi kokkuleppel.
Vt. MEme proovivõtujuhend:
NB! Proovide võtmisel kasutada kindaid jt kaitsevahendeid, kuna tegemist on nakkusohtliku materjaliga.
Vaheperemehed
Veterinaarkontrolli käigus võetud tapasaaduste proov (siseorganid) saadetakse larvaalse ehhinokokoosi suhtes laborisse mikroskoopilisele ja histoloogilise uurimisele.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti.
- Koproproovid jahutatakse ca 4°C juures.
- Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
- Koproproovid on uurimiskõlbulikud 4°C juures kuni 5 päeva.
- Lõpp-peremeeste (rebased jt. karnivoorid) jahutatud korjused ja ligeeritud soolestik saadetakse külmkehadega termokastis 24 h jooksul. Proove võib külmutada -18o C ning saata külmutatuna esimesel võimalusel.
- Organproove ja tsüsti sisu säilitatakse ca 4°C juures ning saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Kui prooviks on korjus, lepib proovide võtja patoloogia laboriga kokku (välja arvatud MEmE uurimisprojekti proovid 2020. aastal).
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. MEmE projekti korral palume kasutada selleks koostatud vormi. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev, kellaaeg ja info proovide säilitamise kohta enne laborisse jõudmist.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral lõpp-peremeestel (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
• Parasitoloogiline uuring: Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: kokkuleppel
• Roe või soolesisu: 1–2 päeva
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: 1–2 päeva*
Histoloogiline uuring: kuni 10 tööpäeva
Multiplex PCR: kuni 5 tööpäeva
*Vajadusel lisandub aeg kinnitavateks uuringuteks
ANALÜÜSIMEETODID
Proovivõtulahang
Parasitoloogiline uuring:
• Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: settimis- ja loputusmeetod
• Roe või soolesisu. Parasiitide määramine: roojaproovide uuring helmintoskoopiliselt (paelussilülid on määratavad lühikest aega, kuna lagunevad) ja flotatatsioonimeetod.
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: organproovide helmintoskoopia ja mikroskoopiline uuring.
Histoloogiline uuring: koeproovide töötlemine ja värvingud koemuutuste visualiseerimiseks.
Multipleks PCR: multipleks polümeraas-ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond. Üldinfo telefonil 7 386 120 (ka MEmE projekti info), patoloogia labor: 7 386 123
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 15.09.2020
Haiguse tutvustus:
Hobuste gripp
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Viiruse RNA tuvastamine |
Real-time RT-PCR |
5MA-TJ-67* |
Molekulaaranalüüs |
|
Hobuste gripp A I ja II |
HAI |
4DV-STJ-19* |
Viroloogia-seroloogia |
*meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse RNA tuvastamine real-time RT-PCR meetodil:
- ninanõre tampooniproov;
- organmaterjal surma järgselt: kops
Viiruse vastaste antikehade uuring HAI testiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Patoloogilise materjali võtmisel molekulaarseks uuringuks:
- Ninanõre tampooniproove võetakse haiguse alguses, mil nõre on veel katarraalse iseloomuga ja ei ole lisandunud mädatekitajaid. Nõreproovid tuleks võtta selleks ettenähtud tampoonidega.
- Organproovid võetakse muutusteta ning patoloogiliste muutustega koe piirialalt. Kõige parem on saata laboratooriumisse uuritavad organid tervelt.
- Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove, nõreproove ja trahhea- bronhiaal lavaaži proove +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Organproove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
HAI: kuni 10 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
HAI: hemaglutinatsiooni inhibeerimise reaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 23.07.2019
Haiguse tutvustus:
Hobuste infektsioosne aneemia ehk hobuste nakkav kehvveresus
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Hobuste infektsioosse aneemia viiruse vastaste antikehade määramine |
|
5DS-TJ-33 |
Viroloogia-seroloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse vastaste antikehade uuring AGID testiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
AGID: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
AGID: agar-geel immuundiffusiooni meetodil (agar gel immunodiffusion / AGID/ test).
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 25.07.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Bakteriolooogiline uuring |
Tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine |
5DB-TJ-59 |
Bakterioloogia- patoloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Taylorella equigenitalis:
- leitav 3-7 nädalat peale mära haigestumist;
- tundlik hapniku ja kuivamise suhtes.
Täkul tuleb koguda kolm erinevat proovi kolmest erinevast piirkonnast
Proov nr. 1 Sugutiluku juurest Proov nr. 2 Kusitisuudmelt
https://ahdc.vet.cornell.edu/docs/CEM-Culturing_Contagious_Equine_Metritis.pdf
Proov nr. 3 Kusitisopisest
https://ahdc.vet.cornell.edu/docs/CEM-Culturing_Contagious_Equine_Metritis.pdf
Joonis 1. Skeem
www.evira.fi
1. Sugutilukk (glans penis)
2. Kusitisuue (ostium urethrae)
3. Kusitisopis (diverticulum urethrae)
Märal tuleb koguda kolm erinevat proovi kolmest erinevast piirkonnast
Proovivõtukohad märal 1-3
http://www.infovets.com/books/equine/E/E123.htm
1. Häbemepilu (pudendum femininum)
2. Kõdistiauk (fossa clitoridis)
3. Kõdistiurge (sinus clitoridis)
Joonis 2. Skeem
www.evira.fi
Igalt loomalt kogutakse kolm proovi, kasutades Amies söega transportsöötmeid. Vajaminevad transportsöötmed saab LABRIS Tartu laborist.
Amies söega transportsööde
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid peab võtma loomaarst ja paigaldama 10 minuti jooksul transportsöötmesse (Amies söega) ja toimetama laborisse 24 tunni jooksul külmkehadega termokastis. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib LABRIS Tartu bakterioloogia-patoloogia osakonda (telefon 7 386 120) proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: kuni 5 tööpäeva.
ANALÜÜSIMEETODID
Taylorella equigenitalis isoleerimine ja identifitseerimine.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 738 6120
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 24.07.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
EHV-1/EHV-4 DNA tuvastamine |
real-time PCR |
5MA-TJ-44* |
Molekulaaranalüüs |
|
EHV-1 /EHV-4 viiruse vastased antikehad |
ELISA |
5DS-TJ-40* |
Viroloogia-seroloogia |
*meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse DNA määramine PCRga:
- ninanõre tampooniproov;
- aborteerunud loode (loote organid: maks, kops, neerupealised, lümforetikulaarkoed);
- organmaterjal surma järgselt närvinähtudega loomalt: peaaju, seljaaju.
Viiruse vastaste antikehade uuring ELISA testiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Patoloogilise materjali võtmisel molekulaarseks uuringuks:
- Ninanõre tampooniproove võetakse haiguse alguses, mil nõre on veel katarraalse iseloomuga ja ei ole lisandunud mädatekitajaid. Nõreproovid tuleb võtta selleks ettenähtud tampoonidega.
- Organproovid, aborteerunud loote organid (lahangumaterjal) võetakse muutusteta ning patoloogiliste muutustega koe piirialalt. Kõige parem on saata laboratooriumisse uuritavad organid tervelt.
- Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove ja nõreproove +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Organproove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäev
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Triin Tedersoo
Koostatud: 22.07.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Hobuste viirusarteriidi viiruse antikehade määramine |
VNT |
5DV -TJ71* |
Viroloogia-seroloogia |
*meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse vastaste antikehade uuring viiruse neutralisatsioonitestiga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
VNT: kuni 10 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
VNT: viiruse neutralisatsiooni test
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 25.07.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Trypanosoma Equiperdum vastaste antikehade määramine |
KSR (CFT) |
5DS-TJ-34 |
Viroloogia-seroloogia |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Tekitaja vastaste antikehade uuring komplemendisidumise reaktsiooniga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
KSR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
KSR (CFT, complement fixation test): komplemendisidumise reaktsioon
TÄIENDAV
- Viroloogia-seroloogia osakond, telefon 7 386 111 või 7 386 106
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 25.07.2019
Haiguste tutvustused:
Chlamydia psittaci infektsioon
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Chlamydiaceae spp määramine |
Real-time PCR |
|
5MA-TJ-11* |
Molekulaaranalüüs |
|
Chlamydia abortus määramine |
|
|||
|
C. psittaci määramine |
|
|||
|
C. pecorum määramine |
|
|||
|
C. suis määramine |
|
|||
|
C. felis määramine |
|
*meetod ei ole akrediteeritud
Iga tekitaja jaoks määratakse eraldi analüüsiga
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Haigestunud loomade ja proovide käsitlemisel kasutada ettevaatusabinõusid (isikukaitsevahendid, eriline tähelepanu proovide lekkekindlal pakkimisel, bioohutusnõuete täitmine) zoonootilise ohu tõttu!
Real-time PCR:
- Abordi korral võetakse aborteerunud loote lootekestad, platsenta, viimaste puudumisel loote maks, kops. Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
- Tampooniproovid silma- ja ninasekreedist, emaslooma tupenõrest (võib võtta ka inna ajal). Proovi võtmiseks eemaldada vajadusel ühe tampooniga lima ja eritised ning koguda proov teise tampooniga, nii et proovis oleks epiteelirakke. Proovivõtmise tampooniks ei sobi puuvillakiuga tampoonid!
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse+4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures;
- Organ- ja/või tampooniproovid toimetatakse laborisse 4–6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24 h pärast proovi võtmist).
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Kaaskirjal peaks olema kirjas, millisele Chlamydia liigile uurida (kuna igal analüüsil on eraldi hind). Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 28.11.2019
Haiguste tutvustused:
Leptospiroos koertel ja kassidel
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Leptospiroosi tekitajate antikehade määramine vereseerumis mikroaglutinatsioonireaktsiooniga (MAR) |
MAR |
5DS-TJ-13 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Leptospira hardjo vastaste antikehade määramine veiste vereseerumis ja piimas |
ELISA |
5DS-TJ-12 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Leptospiroosi tekitajate antikehade uuring komplemendisidumise reaktsiooniga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Leptospira hardjo vastaste antikehade uuring veistel
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Piimaproov- proovi kogus vähemal 5 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
MAR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
MAR: mikroaglutinatsioonireaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV
- Viroloogia-seroloogia osakond, telefon 7 386 111 või 7 386 106
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 16.09.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Burkholderia mallei vastaste antikehade määramine |
KSR (CFT) |
5DS-TJ-35 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Bakteriolooogiline uuring |
Tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine |
5DB-TJ-37* |
Bakterioloogia- patoloogia |
*meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Viiruse vastaste antikehade uuring komplemendisidumise reaktsiooniga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Bakterioloogiline uuring
- Tampooniproov nahal haavandunud sõlmekestelt;
- hobuse ninanõre tampooniproovist (loomal peab olema aktiivne limavoolus ja proovi võtmisel peab tampoon olema looma nina limaskestaga kontaktis vähemalt 20 sekundit).
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
KSR: kuni 5 tööpäeva
Bakterioloogiline uuring: kuni 4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
KSR (CFT, complement fixation test): komplemendisidumise reaktsioon
Burkholderia mallei isoleerimine ja identifitseerimine
TÄIENDAV
- Viroloogia-seroloogia osakond, telefon 7 386 111 või 7 386 106
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 7 386 120
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 25.07.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Streptococcus equissp ssp equi ja S. zooepidemicus DNA tuvastamine |
Multiplex PCR |
5MA-TJ-90* |
Molekulaaranalüüs |
|
Bakteriolooogiline uuring |
Tekitaja isoleerimine ja identifitseerimine |
5DB-TJ-34* |
Bakterioloogia- patoloogia |
*meetod ei ole akrediteeritud
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Tekitaja DNA määramine PCRga:
- puhaskultuurist agaril;
- lümfisõlme abstsessivedeliku tampooniproovist või aspiraadist (efektiivseim proovimaterjal haigelt loomalt);
- kuulmetõrve loputusvedelikust (guttural pouch wash);
- ninaneelu loputusvedelikust (nasopharyngeal lavage);
- hobuse ninaneelu-tampooniproovist;
- Hobuse ninanõre (rostraalne) tampooniproovist (loomal peab olema aktiivne limavoolus ja proovi võtmisel peab tampoon olema looma nina limaskestaga kontaktis vähemalt 20 sekundit).
Haiguse algfaasis oleva hobuse ninanõre proov võib anda tekitajale suhtes negatiivse tulemuse. Intranasaalselt vaktsiinide manustamisel hobustele tuleb arvestada, et ninanõre-PCR võib teatud nõle-vaktsiinide puhul positiivse vastuse anda ka kuni 30 päeva peale vaktsineerimist.
Bakterioloogiline uuring
- lümfisõlme abstsessivedeliku tampooniproovist või aspiraadist (efektiivseim proovimaterjal haigelt loomalt);
- kuulmetõrve loputusvedelikust (guttural pouch wash);
- ninaneelu loputusvedelikust (nasopharyngeal lavage);
- hobuse ninaneelu-tampooniproovist;
- Hobuse ninanõre (rostraalne) tampooniproovist (loomal peab olema aktiivne limavoolus ja proovi võtmisel peab tampoon olema looma nina limaskestaga kontaktis vähemalt 20 sekundit).
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul, kuid mitte hiljem kui 24h jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise
täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Multiplex PCR: kuni 5 tööpäeva
Bakterioloogiline uuring: 2-4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
Multiplex PCR: multipleks polümeraasi ahelreaktsioon
Streptococcus equi subsp. equi isoleerimine ja identifitseerimine
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond, telefon 738 6121
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 738 6120
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 24.07.2019
Haiguste tutvustus:
Rooja ja soolesisu parasitoloogilised uuringud
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Objekt |
Metoodika |
Osakond |
|
Parasitoloogiline uuring |
Natiivpreparaat |
vegetatiivsed ainuraksed |
5DB-TJ-25 5DB-TJ-40** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Flotatsioonimeetod |
(imi-), pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Settimismeetod |
imiussimunad |
|||
|
Flotatsioonimeetod + settimismeetod (kombineeritud meetod) |
imi-, pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Helmintoskoopia (ja parasitoskoopia) |
paelussilülid, ümarussid, vastsed (sh. putukavastsed) |
|||
|
Väljarändemeetod e. larvoskoopiline meetod |
kopsuussivastsed |
|||
|
McMaster meetod |
imi-, pael- ja ümarussimunade ning koktsiidide ootsüstide arvukus |
5DB-TJ-63* |
||
|
Tritrichomonas foetus kassil |
Kultiveerimine ja mikroskoopia |
Tritrichomonas foetus |
5DB-TJ-30 |
|
|
Cryptosporidium spp. ootsüstide määramine |
Immunofluorestsentsmeetod |
Cryptosporidium ootsüstid |
5DB-TJ-3* |
|
|
Giardia tsüstide määramine |
Giardia tsüstide |
5DB-TJ-11* |
||
|
Sigadel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) antigeeni määramine |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veistel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, koronaviiruse, E. coli F5 antigeeni määramine veistel |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
|
|
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis määramine |
Real-time PCR |
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
** Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Proov võetakse plastkonteinerisse või kilekotti.
Produktiivloomad
- Üksikult või lõas peetavatelt loomadelt võetakse võimaluse korral rektaalselt individuaalproovid (minimaalselt 10 g).
- Rühmiti peetavatel loomadel võetakse rühmaproovid (minimaalselt 50 g).
- Väljarändemeetodil uurimisel on proovi kogus võimalusel ca 20 g.
- Vasikatel ja põrsastel Cryptosporidium spp. antigeeni määramiseks võtta ca 30 g proov.
Väikeloomad
- Roe kogutakse defekatsiooni järgselt (võimalusel ca 5 g).
ERANDID
Kassil Tritrichomonas foetus uuring: roojaproov peab olema väga värske, tekitaja on tundlik keskkonnamõjudele ning sureb kiiresti temperatuuril alla 15 °C või üle 40 °C. proov peab laborise jõudma mõne tunni jooksul. Teine variant on küsida laboratooriumist proovi võtmiseks spetsiaalne sööde.
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel: prooviks võib olla terve korjus või peensool, mis on ligeeritud mõlemast otsast. Uurimismaterjal peab olema tihedalt pakitud plastikkotti ja saadetud laborisse nii kiiresti kui võimalik, vajadusel jääga. Kui materjal pole külmutatud või formaliiniga fikseeritud (NB! Fiksaatoreid (nt. formaliin), ei soovitata kasutada, formaliin ei tapa ka parasiidi mune), võib parasiit autolüüsuda 24 h jooksul.
Cryptosporidium spp uuring (AgELISA) sigadel ja veistel: uuritakse vaid individuaalproove.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovi pakend märgistatakse loetavalt ja veekindlalt.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Proovid jahutatakse 2–4°C juures. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse 2-4 °C juures, kuid proovide laborisse jõudmiseni ei tohiks kuluda üle 24 tunni. PROOVE MITTE KÜLMUTADA! Vt. ERANDID
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega termokastis lühima võimaliku aja jooksul Vt. ERANDID
- Väljarändemeetodil uurimiseks võetakse proove laboris vastu esmaspäevast neljapäevani.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on muu vajaliku info hulgas ära märkida proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
o Kui proove on enam kui 3, esitatakse loomade nimekiri eraldi blanketil loomade nimekiri.
o Märgitakse kindlasti ka soovitud uurimismeetod või uuritav parasiitide grupp, ei piisa kui on märgitud ainult „parasitoloogiline“
o Mitme proovi puhul märgitakse kaaskirjale, kas uuringut soovitakse üksikproovidena või koondproovidena. Koondproovide puhul märgitakse kaaskirjal ära koondproovi kuuluvate proovide numbrid.
ANALÜÜSIMEETODID LOOMALIIGITI JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Loomaliik |
Flotat-siooni-meetod |
McMas-ter meetod |
Settimis-meetod |
Kombi-neeritud meetod |
Väljarän-de meetod |
Helminto-skoopia |
Natiiv-preparaat |
Immuno-fluorestsents-meetod |
|
Mäletsejalised* |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
|
Siga, metssiga* |
+ |
(+) |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Hobune** |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Karnivoorid*** |
+ |
+ |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Linnud |
+ |
+ |
+ |
+ |
||||
|
Merisiga |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Küülik, jänes |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Analüüsimise aeg |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
(+) – tavaliselt ei tehta, vaid erinäidustusel
* lisaks agELISA (ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks) -Cryptosporidium spp. (kuni 5 päeva)
** lisaks uuritakse maokiinivastsete suhtes (1-2 päeva)
*** lisaks real-time PCR (reaalaja polümeraas-ahereaktsioon) - Echinococcus granulosus ja E. multilocularis (kuni 5 päeva)
*** kultiveerimine ja mikroskoopia - Tritrichomonas foetus kassil (kuni 7 päeva)
McMaster meetod – kvantitatiivne uuring parasiidimunade ja oostsüstside määramiseks
AgELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 7 386 123 (patoloogia labor) või telefon 7 386 120 (bakterioloogia labor)
Koostatud: Age Kärssin
Koostanud: 20.12.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Aeroobne külv |
BAKT |
5DB-TJ-34* |
Bakterioloogia-patoloogia |
* meetod ei ole akrediteeritud
Täiendava uuringuna võib määrata isoleeritud tüve antibiootikumitundlikkuse
Antibiootikumitundlikkuse määramine
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Korjus ja organid, koeproovid organitest (juhend)
• Tampooniproovid transportsöötmes: Eswab või Amies sööde.
Proovivõtutaara
Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitmekordset pakendit
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Iga looma proovid pakitakse eraldi kottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
• Korjus ja organproovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C . Tampooniproovid peaksid olema laboris 48 h jooksul PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• On soovitav, et proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: 2-4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: mikrobioloogiline külv, tekitaja tuvastamine ja isoleerimine.
Isoleeritud tekitaja tuvastamine toimub biokeemiliste testidega, kommertsiaalsete identifitseerimissüsteemide abil või MALDI-TOF MS meetodil. Kui on asjakohane, siis määratakse grupp Lancefield klassifikatsiooni järgi.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 7 386 120
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 25.09.2020
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium spp |
BAKT |
5DB-TJ-2 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt külv ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb, cpb2, etx, iap, cpe |
Real-time PCR |
5MA-TJ-93* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS TARTU - Fr. R. Kreutzwaldi 30
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjused ja organproovid: vt. juhend
Post-mortem proovid:
- proovid sooltest (ligeeritud mõlemast otsast)
- soolesisu proovitopsis
- soolelümfisõlmed
- limaskesta kaaped (magu, sool) transportsöötmes (Amies või Eswab)
- muutuste korral neerud, kopsud, aju
Müosiidi puhul: koeproovid 4 cm3 mõõtmetega
Nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab)
NB! Proovid võtta võimalikult kiiresti pärast looma surma.
Elupuhuselt
- roojaproov steriilses proovitopsis
- tampooniproov pärasoolest transportsöötmes(Amies või Eswab)
- lihaskahjustuste korral nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab) –
NB! Ilma transportsöötmeta (organproove, soolesisu) saadetavatel proovidel jäetakse esmasesse pakendisse/ proovitopsi võimalikult vähe õhuruumi.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Proovid pakendatakse enne lõplikku pakkimist veel täiendavasse pakendisse.
Kaaskirjavormid leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Tampooniproovide korral märkida kindlasti ära täpne piirkond, kust proov on võetud. Oluline on kaaskirjal kirjeldada kliinilist pilti ja anamneesi andmeid ning lisada muu asjakohane info.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti külmkehadega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor)
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Koostatud: 01.10.2020
Koostanud: Age Kärssin
Lisainfo:
Kuna C. perfringens esineb soojaverelistel normaalses soolemikroflooras, siis vaid selle tuvastamine ei oma diagnostilist väärtust.
|
Tüüp |
Peamised haigused |
Peamised toksiinid |
Geenid |
Märkused |
|
A |
|
alfa (CPA) |
cpa |
C. perfringens kinnitamine, kuna sel on ainsa Clostridium liigina cpa geen; kuna esineb kõigil soojavereliste isolaatidel, puudub spetsiifilisem diagnostiline väärtus; |
|
B |
|
alfa (CPA) |
cpa |
cpb ja etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi, patoloogiliste muutuste ja bakterioloogilise leiuga |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
epsilon |
etx |
|||
|
C |
|
alfa (CPA) |
cpa |
Tüüp C isolaadid võivad toota veel CPE, CPB, CPB2 jt. toksiine. |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
D |
|
alfa (CPA) |
cpa |
etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi ja patoloogiliste muutustega |
|
epsilon (ETX) |
etx |
|||
|
E |
|
alfa (CPA) |
cpa |
puuduvad üldaktsepteeritvad diagnostilised kriteeriumid; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
iota (ITX) |
iap*** |
|||
|
- |
|
cpe (CPE) - enterotoksiin |
cpe |
võimalik gastroenteriitide põhjustaja mitmetel imetajate liikidel; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
- |
On leitud:
|
CPB2 |
cpb2**** |
*esineb ka NetB toksiin (ei määrata), kaasuvad sageli ka CPE, CPB ja CPB2
** esineb ka NetF toksiin (ei määrata)
*** Iota toksiin (ITX) koosneb kahest komponendist Ia (kodeerib iap geen) ja Ib (kodeerib ibp-geen). Analüüsimeetodi puhul määratakse iap geeni.
**** CPB2 puudub vaatamata nimetusele oluline homoloogia CPB-ga. Täiskasvanud hobustel seostatakse CPB2 ekspresseerumist antibiootikumiraviga, on leitud, et gentamütsiiniravi ja surmlõppega tüfokoliidi vahel esineb seos.
Haiguste tutvustused:
Chlamydia psittaci infektsioon
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Chlamydiaceae spp määramine |
Real-time PCR |
|
5MA-TJ-11* |
Molekulaaranalüüs |
|
Chlamydia abortus määramine |
|
|||
|
C. psittaci määramine |
|
|||
|
C. pecorum määramine |
|
|||
|
C. suis määramine |
|
|||
|
C. felis määramine |
|
*meetod ei ole akrediteeritud
Iga tekitaja jaoks määratakse eraldi analüüsiga
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Haigestunud loomade ja proovide käsitlemisel kasutada ettevaatusabinõusid (isikukaitsevahendid, eriline tähelepanu proovide lekkekindlal pakkimisel, bioohutusnõuete täitmine) zoonootilise ohu tõttu!
Real-time PCR:
- Abordi korral võetakse aborteerunud loote lootekestad, platsenta, viimaste puudumisel loote maks, kops. Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
- Tampooniproovid silma- ja ninasekreedist, emaslooma tupenõrest (võib võtta ka inna ajal). Proovi võtmiseks eemaldada vajadusel ühe tampooniga lima ja eritised ning koguda proov teise tampooniga, nii et proovis oleks epiteelirakke. Proovivõtmise tampooniks ei sobi puuvillakiuga tampoonid!
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse+4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures;
- Organ- ja/või tampooniproovid toimetatakse laborisse 4–6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24 h pärast proovi võtmist).
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Kaaskirjal peaks olema kirjas, millisele Chlamydia liigile uurida (kuna igal analüüsil on eraldi hind). Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 28.11.2019
Haiguste tutvustus:
Rooja ja soolesisu parasitoloogilised uuringud
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Objekt |
Metoodika |
Osakond |
|
Parasitoloogiline uuring |
Natiivpreparaat |
vegetatiivsed ainuraksed |
5DB-TJ-25 5DB-TJ-40** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Flotatsioonimeetod |
(imi-), pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Settimismeetod |
imiussimunad |
|||
|
Flotatsioonimeetod + settimismeetod (kombineeritud meetod) |
imi-, pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Helmintoskoopia (ja parasitoskoopia) |
paelussilülid, ümarussid, vastsed (sh. putukavastsed) |
|||
|
Väljarändemeetod e. larvoskoopiline meetod |
kopsuussivastsed |
|||
|
McMaster meetod |
imi-, pael- ja ümarussimunade ning koktsiidide ootsüstide arvukus |
5DB-TJ-63* |
||
|
Tritrichomonas foetus kassil |
Kultiveerimine ja mikroskoopia |
Tritrichomonas foetus |
5DB-TJ-30 |
|
|
Cryptosporidium spp. ootsüstide määramine |
Immunofluorestsentsmeetod |
Cryptosporidium ootsüstid |
5DB-TJ-3* |
|
|
Giardia tsüstide määramine |
Giardia tsüstide |
5DB-TJ-11* |
||
|
Sigadel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) antigeeni määramine |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veistel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, koronaviiruse, E. coli F5 antigeeni määramine veistel |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
|
|
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis määramine |
Real-time PCR |
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
** Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Proov võetakse plastkonteinerisse või kilekotti.
Produktiivloomad
- Üksikult või lõas peetavatelt loomadelt võetakse võimaluse korral rektaalselt individuaalproovid (minimaalselt 10 g).
- Rühmiti peetavatel loomadel võetakse rühmaproovid (minimaalselt 50 g).
- Väljarändemeetodil uurimisel on proovi kogus võimalusel ca 20 g.
- Vasikatel ja põrsastel Cryptosporidium spp. antigeeni määramiseks võtta ca 30 g proov.
Väikeloomad
- Roe kogutakse defekatsiooni järgselt (võimalusel ca 5 g).
ERANDID
Kassil Tritrichomonas foetus uuring: roojaproov peab olema väga värske, tekitaja on tundlik keskkonnamõjudele ning sureb kiiresti temperatuuril alla 15 °C või üle 40 °C. proov peab laborise jõudma mõne tunni jooksul. Teine variant on küsida laboratooriumist proovi võtmiseks spetsiaalne sööde.
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel: prooviks võib olla terve korjus või peensool, mis on ligeeritud mõlemast otsast. Uurimismaterjal peab olema tihedalt pakitud plastikkotti ja saadetud laborisse nii kiiresti kui võimalik, vajadusel jääga. Kui materjal pole külmutatud või formaliiniga fikseeritud (NB! Fiksaatoreid (nt. formaliin), ei soovitata kasutada, formaliin ei tapa ka parasiidi mune), võib parasiit autolüüsuda 24 h jooksul.
Cryptosporidium spp uuring (AgELISA) sigadel ja veistel: uuritakse vaid individuaalproove.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovi pakend märgistatakse loetavalt ja veekindlalt.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Proovid jahutatakse 2–4°C juures. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse 2-4 °C juures, kuid proovide laborisse jõudmiseni ei tohiks kuluda üle 24 tunni. PROOVE MITTE KÜLMUTADA! Vt. ERANDID
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega termokastis lühima võimaliku aja jooksul Vt. ERANDID
- Väljarändemeetodil uurimiseks võetakse proove laboris vastu esmaspäevast neljapäevani.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on muu vajaliku info hulgas ära märkida proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
o Kui proove on enam kui 3, esitatakse loomade nimekiri eraldi blanketil loomade nimekiri.
o Märgitakse kindlasti ka soovitud uurimismeetod või uuritav parasiitide grupp, ei piisa kui on märgitud ainult „parasitoloogiline“
o Mitme proovi puhul märgitakse kaaskirjale, kas uuringut soovitakse üksikproovidena või koondproovidena. Koondproovide puhul märgitakse kaaskirjal ära koondproovi kuuluvate proovide numbrid.
ANALÜÜSIMEETODID LOOMALIIGITI JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Loomaliik |
Flotat-siooni-meetod |
McMas-ter meetod |
Settimis-meetod |
Kombi-neeritud meetod |
Väljarän-de meetod |
Helminto-skoopia |
Natiiv-preparaat |
Immuno-fluorestsents-meetod |
|
Mäletsejalised* |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
|
Siga, metssiga* |
+ |
(+) |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Hobune** |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Karnivoorid*** |
+ |
+ |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Linnud |
+ |
+ |
+ |
+ |
||||
|
Merisiga |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Küülik, jänes |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Analüüsimise aeg |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
(+) – tavaliselt ei tehta, vaid erinäidustusel
* lisaks agELISA (ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks) -Cryptosporidium spp. (kuni 5 päeva)
** lisaks uuritakse maokiinivastsete suhtes (1-2 päeva)
*** lisaks real-time PCR (reaalaja polümeraas-ahereaktsioon) - Echinococcus granulosus ja E. multilocularis (kuni 5 päeva)
*** kultiveerimine ja mikroskoopia - Tritrichomonas foetus kassil (kuni 7 päeva)
McMaster meetod – kvantitatiivne uuring parasiidimunade ja oostsüstside määramiseks
AgELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 7 386 123 (patoloogia labor) või telefon 7 386 120 (bakterioloogia labor)
Koostatud: Age Kärssin
Koostanud: 20.12.2019
Haiguste tutvustused:
Lindude gripp ehk klassikaline katk
Newcastle`i haigus ehk lindude Aasia katk
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Lindude gripi viiruse (M, H5, H7 ja/või N1 geenide) määramine |
Real-time RT-PCR |
|
5MA-TJ-63 |
Molekulaaranalüüs |
|
Lindude gripi, sigade gripi ja hobuste gripi M geeni määramine |
5MA-TJ-67* |
|||
|
Lindude gripi viiruse N8 geeni määramine |
5MA-TJ-71* |
|||
|
Lindude gripi viiruse N6 geeni määramine |
5MA-TJ-89* |
|||
|
Lindude paramüksoviirus-1 (APMV-1) ehk Newcastle haiguse viiruse L geeni määramine |
|
5MA-TJ-3 |
||
|
Lindude Newcastle viiruse patotüpiseerimine |
Konventsionaalne RT-PCR ja sekventsanalüüs |
|
5MA-TJ-10* |
|
|
Lindude gripi viiruse patotüpiseerimine |
|
5MA-TJ-12* |
||
|
Newcastle haiguse viiruse isoleerimine ning identifitseerimine |
Viiruse isoleerimine (VI) ja identifitseerimine |
|
5DV-TJ69 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Lindude gripi viiruse isoleerimine ning identifitseerimine |
5DV-TJ-70 |
* meetod akrediteerimata
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Lindude gripi viiruse vastaste antikehade määramine |
Hemaglutinatsiooni inhibitsiooni (HAI) testiga |
|
5DV- TJ65 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Lindude gripi viiruse vastaste antikehade määramise |
ELISA |
5DV- TJ66 |
||
|
Newcastle ´i haiguse viiruse vastaste antikehade määramine |
HAI |
5DV- TJ67 |
||
|
Newcastle ´i haiguse viiruse vastaste antikehade määramine |
ELISA |
5DV- TJ68 |
Analüüsimeetod viiruse tuvastamiseks (VI ja/või PCR) valitakse sõltuvalt uuringu eesmärgist. Haiguskahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse puhul teostatakse alati ka viiruse tuvastamise teise analüüsimeetodiga.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu - Fr. R. Kreutzwaldi 30
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine teostatakse võimalikult puhtalt.
Surmajärgselt võetavad proovid
- Trahhea tampooniproov, kloaagi tampooniproov
- Organproovid: ajukude, trahhea, kops, põrn, maks ja seedetrakt.
Elupuhuselt võetavad proovid
- Igalt uuritavalt linnult võetakse proov steriilse tampooniga ja pannakse katsutisse.
- Koondada võib viie linnu tampooniproovid ühte katsutisse.
- Trahhea tampooniproov, kloaagi tampooniproov või roojaproov.
- Tampooniproovid võtta steriilse tampooniga, panna katsutisse.
Proovivõtu tampoone väljastab LABRISe Tartu labor.
Proovide pakkimine
- Iga linnu proovid pakkida eraldi puhtasse taarasse (nt plastkott, võimalusel kasutada soonsulguriga (minigrip) või traadiga suletavat plastkotti).
- Sooled ja seedetrakti sisu pakkida eraldi taarasse, et välistada nende kokkupuudet siseorganitega.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Organproovid ja korjused toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse proove +4…+6 °C juures maksimaalselt 2 päeva või pikemaajaliselt -20 °C juures.
- Tampooniproovid toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse proove +4…+6 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
Konventsionaalne RT-PCR ja sekventsanalüüs: kuni 10 tööpäeva
VI ja identifitseerimine: kuni 21 päeva
HAI: kuni 14 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
Epideemia puhangu tingimustes võivad analüüside teostamise ajad pikeneda.
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
Konventsionaalne RT- PCR ja sekventsanalüüs: konventsionaalne pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon ja sekventsanalüüs
VI ja identifitseerimine: viiruse isoleerimine ja identifitseerimine
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
HAI: hemaglutinatsiooni inhibitsiooni test
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: 18.12.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Mareki haiguse viiruse DNA tuvastamine |
Real-time PCR |
5MA-TJ-88* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
Analüüsid viiruste täpsemaks iseloomustamiseks
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Mareki haiguse viiruse genoomi iseloomustamine |
Sekveneerimine |
5MA-TJ-88* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
Täiendav sekventsanalüüs teostatakse vajadusel isoleeritud/tuvastatud viiruse täpsemaks geneetiliseks iseloomustamiseks (s.h vaktsiini või virulentse tüve eristamine) ning epidemioloogia selgitamiseks.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu - Fr. R. Kreutzwaldi 30
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Surmajärgselt võetavad proovid
Hiljuti surnud või hukatud lind tervikuna, suled (vähemalt 5 tk värskelt tõmmatud kontuur- või lennusuled) või kasvajate olemasolul kasvaja kude. Eelmiste puudumisel on sobivaks alternatiiviks põrn.
Elupuhuselt võetavad proovid
Suled (vähemalt 5 tk värskelt tõmmatud kontuur- või lennusuled).
Proovide pakkimine
- Iga linnu proovid pakkida eraldi puhtasse taarasse (nt plastkott, võimalusel kasutada soonsulguriga (minigrip) või traadiga suletavat plastkotti), sulgeda korralikult ning markeerida.
- Põrna ja kasvajate proovid pakkida eraldi taarasse, et välistada nende kokkupuude siseorganitega.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskirjad, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjade alt.
Proovide laborisse saatmine
- Suleproovid toimetatakse laborisse 4-6 tunni jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse suleproove +4…+6 °C juures ning transporditakse need laborisse 24 tunni jooksul.
- Organ- ja kasvajaproovid ning korjused toimetatakse laborisse 4-6 tunni jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse organproove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures ning transporditakse need laborisse 24 tunni jooksul.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Konventsionaalne PCR: kuni 5 tööpäeva
Genotüpiseerimine sekveneerimise teel: kuni 2 nädalat
ANALÜÜSIMEETODID
Konventsionaalne PCR (polümeraasi ahelreaktsioon).
Vajadusel täiendava analüüsina genotüpiseerimine sekveneerimise teel.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111
Koostatud: 30.09.2020
Koostanud: Triin Tedersoo
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil ning EÜ määrustel 517/2011 (munakanad), 200/2010 (sugulinnud) ja 200/2012 (broilerid)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Salmonella spp |
Bakterioloogiline |
EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) |
Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
|
Salmonella spp |
real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
|
Tekitaja |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Salmonella spp. serotüpiseerimine |
Serotüpiseerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
|
S. Enteritidis |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
Proovivõtuvahendite (jalatsikatete/proovivõtusokkide, kangaslappide (käsnade) ja niisutusvedelike tellimiseks palume võtta ühendust uurimist teostava laboratooriumiga, samuti leppida kokku proovide saabumise aeg.
Proovivõtukava (prooviliigi valik, sagedus ja proovide arv) on enesekontrolliplaaniga vastavuses ning kooskõlastatud järelevalveasutusega. Proovid võtab koolitatud proovivõtja.
Proovide liik:
A. Sokiproovid - õrre- ja/või vabapidamisega lindlates.
B. Väljaheite liitproovid – puuridega lindlates; ka õrre- ja vabapidamisega lindlates ühe osana proovist
C. Kangaslapiproovid - kui võetakse proov kuivadelt pindadelt, peavad lapid olema sobiva lahjendiga niisutatud.
C.1. roojaproovid
C.2. tolmuproov
D. Tolmuproov
Pesu ja desinfitseerimise järgsel proovivõtul järgitakse eraldi juhendit.
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovivõtuks vajalike vahendite nimekirja leiab vastava proovi võtmise juhise juures.
Niisutusvedelikuna võib kasutada peptoon-soolalahust, puhverdatud peptoonvett või steriilset vett, nende puudumisel puhast joogivett.
Muud vahendid (hangib proovi võtja): vajalik kaitseriietus, tolmuproovi võtmisel ka tolmumask, ühekordsed kindad, puhtad ühekordsed lusikad või spaatlid proovide võtmiseks, kilekotid proovide pakkimiseks, veekindel marker, kaaskiri, kirjutusvahend, jäätmekott kasutatud vahenditele, soovitavalt jahutuselementidega termokast.
A. Sokiproovide võtmine
Vahendid
- Ühekordsed kilesaapad (jalatsikatted) ja proovivõtusokid (paaride arv vastavalt proovivõtukavale).
- Kui proovivõtusokid ei ole eelniisutatud, siis ka niisutusvedelik nende immutamiseks.
- Kilekotid, proovikonteiner.
Proovivõtutehnika
- Proovivõtualale jõudes pane jalga puhtad jalatsikatted ning kätte ühekordsed kindad ja alles seejärel tõmba jalga proovivõtusokid.
- Proovide võtmiseks peavad proovivõtusokid olema niisked. Selleks kasuta kas eelniisutatud proovivõtusokke või niisuta neid enne jalga panemist (pane proovivõtusokid niisutusvedelikku sisaldavasse konteinerisse/kilekotti või vala proovivõtualal jalga pandud proovivõtusokkidele niisutusvedelikku.
- Proovi võtmise alal kõndida väikeste sammudega etteantud pinnal erinevates piirkondades, kus on põrandal allapanu või on restpõrandad, millele on kogunenud roe või on jooturite ümbruses vedel väljaheide.
- Kõndimise trajektoor peab hõlmama nii allapanu kui ka võrkpõrandat (kui sellel kõndimine on ohutu).
- Proovivõtusokkide jalast eemaldamisel keera need teist pidi, et kogutud materjal ei pudeneks maha ning pane need konteinerisse/kilekotti.
- Pane jalga järgmised sokid ning jätka proovivõttu, võttes kogu hoone põrandapinnalt nõutud hulga proove.
- Kui proove võetakse mitmest hoonest, siis vahel vahetatakse ka kindaid ning jalatsikatteid.
- Kui kõik proovid on võetud, pannakse kõik proove sisaldavad kotid ühte täiendavasse kilekotti.
B. Väljaheite liitproovide võtmine
Vahendid (hangib proovivõtja)
- Ühekordsed lusikad või spaatlid proovide kogumiseks.
- Kilekotid, proovikonteiner.
Proovivõtutehnika
- Lintide või kaabitsatega süsteemi korral peavad proovivõtupäeval peavad need olema töötanud. Proovid võetakse pärast nende töötamise lõppu.
- Kogutakse vastavalt skeemidele värsket rooja ette nähtud proovivõtualalt vähemalt 2x150 grammi.
- Mitmekorruseliste puuridega süsteemi korral peab iga korruse väljaheitekogum olema proovis esindatud.
- Konteineri kasutamisel täita see kuni 2/3 anuma mahust.
- Kui kõik proovid on võetud, pannakse kõik proove sisaldavad kotid ühte täiendavasse kilekotti.
C. Kangaslappidega proovi võtmine
Vahendid
- Proovivõtuks ette nähtud kangaslapid, võivad olla kootud või mittekootud materjalist. (Kasutada võib ka abrasiivset käsna või proovivõtusokke käsitsi proovide võtmiseks).
- Niisutusvedelik, kui proovivõtuvahendid pole eelniisutatud.
- Kilekotid või proovikonteinerid (hangib proovivõtja)
C.1. Väljaheiteproovid
Proovivõtutehnika
Proovivõtupäeval peavad lindid ja kraabitsad olema töötanud. Proovid võetakse pärast nende töötamise lõppu.
- Enne proovivõttu pane kätte puhtad ühekordsed kindad.
- Võib kasutada nn. „pööratud koti tehnikat – kus uus ja puhas kilekott pannakse sellesse kätte, millega proov kogutakse.
- Iga niisutatud kangaslapiga hõõru aktiivselt üle valitud pinna (sõltuvalt tehnoloogiast kõigilt ligipääsetavatelt aladelt konveierlintide väljalaske otste piirkonnast, kraabitsatelt, väljaheidetega saastunud pindadelt).
- Kui kangaslapi pind on määrdunud, voldi kangas nii, et kogu selle pind saaks mõlemalt poolt kaetud lintidelt, kaabitsatelt või lintide puhastussüsteemidelt saadud väljaheidetega.
- Iga kangaslapiga võta proov minimaalselt 1 m2 (100x100 cm).
- Võta proovid võimalikult suurelt alalt kõikide juurdepääsetavate konveierlintide väljalaskeotsas.
- Kui proov on võetud, pööratakse kilekott ümber, nii et proovilapp jääb kotti ning kott suletakse.
- Korda protseduuri kuni vajalik arv proove on kogutud.
- Kui kõik proovid on võetud, pannakse kõik proove sisaldavad kotid ühte täiendavasse kilekotti.
C.2. Tolmuproov
Niisutatud kangaslappidega võetud tolmuproov (võib võtta samaaegselt sokiproovide võtmisega)
Proovivõtutehnika
- Kanna ühekordseid kindaid, soovitav on kanda tolmumaski.
- Iga tolmuproov peab koosnema proovivõtuskeemis ette nähtud arvust niisutatud kangaslapi proovist.
- Kangaslapp volditakse lahti ning hõõrutakse sellega sisustuse tolmuseid pindu hoone erinevates kohtades, kus on nähtavalt tolmu kogunenud. Kokku võetakse proov vähemalt 1 m2 (100x100 cm) pindalalt.
- Kogu lapp peaks olema mõlemalt poolt tolmuga kaetud.
- Pane kangaslapp ettevaatlikult kilekotti, see sule korralikult ning võta järgmised proovid.
- Kui kõik proovid on võetud, pane kõik proove sisaldavad kotid ühte (suuremasse) kilekotti.
D Konteinerisse kogutud tolmuproov
- 100 g tolmuproovi kogutakse kinnastatud käega (või harjakest kasutades) hoone mitmest kohast pindadelt, kus tolmu on näha (võib koguda samaaegselt sokiproovide võtmisega)
Proovide pakkimine ja märgistus
Puhtad ja korralikult suletud konteinerid/kilekotid pakitakse täiendavalt kilekotti, soovitavalt koos absorbeeriva materjaliga (näiteks paberkäterätik). Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Kaaskirjal märgi ära millised proovid uurida koondproovina.
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul. Täpsemat infot küsida laborist.
Vt. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
- LABRIS Tallinn. Info telefonil 5305 2553 või 5303 2797
- LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Fotod: Sodibox.
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Haiguste tutvustused:
Furunkuloos ja teised aeromonoosid
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Bakterioloogiline uuring |
Tekitaja isoleerimine söötmetel |
5DB-TJ-23 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Mükoloogiline uurimine |
Tekitaja isoleerimine selektiivsetel söötmetel |
5DB-TJ-33* |
|
|
Tekitaja tundlikkuse määramine antibakteriaalsete ainete suhtes |
Diskdifusiooni meetod |
5DB-TJ-4 |
*meetod ei ole akrediteeritud
Vastavalt kliendi soovile ning uuringu käigus tekkinud vajadusele, teostatakse ka mükoloogiline uuring. Analüüsimeetod tekitaja tundlikkuse määramine antibakteriaalsete ainete suhtes valitakse sõltuvalt kliendi soovist.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Minimaalne uurimiseks vajalik proovide arv sõltub kala kaalust:
- > 150 g - 5 kala;
- 5-150 g - 10 kala;
- < 5 g - 20 kala (maimu).
Proovideks valitakse erineva haigusstaatusega kalad:
- väliste haigustunnusteta näiliselt terved kalad;
- haiguskahtlusega kalad;
- nähtavate kliiniliste tunnustega kalad.
Kui haigestumine või haiguskahtlus on probleemiks mitmes veekogus/basseinis, võetakse proovid erinevatest veekogudest/basseinidest.
Eluskalade laborisse saatmiseks pannakse need kahekordsesse kilekotti või sobiva suurusega veekindlasse anumasse, milles on 1/3 vett ja 2/3 hapnikku (kala biomass ei tohi ületada 1/3 vee hulgast).
Igalt värskelt surmatud ja lahatud kalalt kogutakse kolm tampooniproovi, kasutades Amies transportsöötmeid:
- neerust
- lõpustelt
- kehapinnalt (haavandite olemasolu korral haavandi ja terve koe piirilt)
Vajaminevad transportsöötmed saab LABRIS Tartu laborist.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
- Eluskala puhul peavad proovid laborisse jõudma 12 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
- Amies proovivõtutampoonidega võetud proovid tuleb toimetada laborisse 24 tunni jooksul külmkehadega termokastis. Proovi temperatuur ei tohi tõusta üle 10°C PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Vähemalt kaks nädalat.
PS! Laborit teavitatakse ette proovide eeldatavast saabumisajast.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 738 6120
Koostatud: 17.06.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
Haiguse tutvustus:
Infektsioosne pankrease nekroos (IPN)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
IPN viiruse isoleerimine rakukultuuris |
Viiruse isoleerimine rakukultuuris (VI) |
5DV-TJ-72 |
Viroloogia-seroloogia |
|
IPN viiruse antigeeni tuvastamine antigeeni ELISA |
Ag ELISA |
5DV-TJ76 |
Viiruse antigeeni tuvastamist ELISA meetodil kasutatakse vajadusel viiruse isoleerimisel rakukultuuris, et määrata kultuuris tsütopaatiat põhjustanud viirus.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
Tartu laboratoorium - Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Minimaalne uurimiseks vajalik proovide arv sõltub kala kaalust:
- > 150 g - 5 kala;
- 5-150 g - 10 kala;
- < 5 g - 20 kala (maimu).
Proovideks valitakse erineva haigusstaatusega kalad:
- väliste haigustunnusteta näiliselt terved kalad;
- haiguskahtlusega kalad;
- nähtavate kliiniliste tunnustega kalad.
Kui haigestumine või haiguskahtlus on probleemiks mitmes veekogus/basseinis, võetakse proovid erinevatest veekogudest/basseinidest.
Eluskalade laborisse saatmiseks pannakse need kahekordsesse kilekotti või sobiva suurusega veekindlasse anumasse, milles on 1/3 vett ja 2/3 hapnikku (kala biomass ei tohi ületada 1/3 vee hulgast).
Jahutatult jääl või külmkehadega saatmiseks püütakse kalad ja pakitakse kilekotti või keeratakse pärgamentpaberisse ning jahutatakse piisava koguse jää või külmakehade abil.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskirjad, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjade alt.
Proovide laborisse saatmine
- Eluskala puhul peavad proovid laborisse jõudma 12 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
- Jahutatud proovid peaksid laborisse jõudma 6 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
Tellija poolt tagatakse külmaahel proovide transportimise ajal.
- Proovi temperatuur ei tohi tõusta üle 10°C (saadetise vastuvõtmisel peab transpordikastis veel jääd alles olema või vähemalt üks külmakeha peab olema osaliselt külmunud). PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Viiruse isoleerimine rakukultuuris: kuni kaks nädalat
PS! Laborit teavitatakse ette proovide eeldatavast saabumisajast.
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
VI: viiruse isoleerimine rakukultuuris
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111
Koostatud: 12.06.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Kalade parasiitide määramine ja identifitseerimine |
Kalade parasiitide määramine ja identifitseerimine |
5DB-TJ-26 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Anisakidae määramine kalade kudedest tehisseede meetodil |
Anisakidae sugukonna larvide määramine tehisseede meetodil |
5DB-TJ-60 |
Analüüsimeetod (kalade parasiitide määramine ja identifitseerimine ja/või Anisakidae määramine kalade kudedest tehisseede meetodil) valitakse sõltuvalt uuringu eesmärgist.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Minimaalne uurimiseks vajalik proovide arv sõltub kala kaalust:
- > 150 g - 5 kala;
- 5-150 g - 10 kala;
- < 5 g - 20 kala
Proovideks valitakse erineva haigusstaatusega kalad:
- väliste haigustunnusteta näiliselt terved kalad;
- haiguskahtlusega kalad;
- nähtavate kliiniliste tunnustega kalad.
Kui haigestumine või haiguskahtlus on probleemiks mitmes veekogus/basseinis, võetakse proovid erinevatest veekogudest/basseinidest.
Eluskalade laborisse saatmiseks pannakse need kahekordsesse kilekotti või sobiva suurusega veekindlasse anumasse, milles on 1/3 vett ja 2/3 hapnikku (kala biomass ei tohi ületada 1/3 vee hulgast).
Jahutatult jääl või külmkehadega saatmiseks püütakse kalad ja pakitakse kilekotti või keeratakse pärgamentpaberisse ning jahutatakse piisava koguse jää või külmakehade abil.
Toidukala uurimiseks tuuakse proovid vastavalt juhendile või Codex Alimentariuses (CODEX STAN 165-1989) soovitatud proovivõtmise juhendile:
Uuritavate kalade arv, kui kala kaal on <1 kg Uuritavate kalade arv, kui kala kaal on 1-4,5 kg
|
Kalapartii suurus tk |
Proovide arv tk |
Kalapartii suurus tk |
Proovide arv tk |
||
|
- 4800 |
13 |
- 2400 |
13 |
||
|
4801- 24000 |
21 |
2401- 15 000 |
21 |
||
|
24001- 48 000 |
29 |
15 001- 24 000 |
29 |
||
|
48001- 84000 |
48 |
24001- 42 000 |
48 |
||
|
84001- 144 000 |
84 |
42001- 72 000 |
84 |
||
|
144 001- 240 000 |
126 |
72001- 120 000 |
126 |
||
|
240 000- |
200 |
120 001- |
200 |
Külmutatud kala blokid või kalafilee, kalahakkliha, segu fileest ja kalahakklihast (CODEX STAN 165-1989):
|
Partii suurus (blokkide arv) |
Proovi suurus (testitavate blokkide arv) |
Aktseteeritav defektsete proovide arv (c) |
|
< 15 |
2 |
0 |
|
16-50 |
3 |
0 |
|
51-150 |
5 |
1 |
|
51-500 |
8 |
1 |
|
501-3200 |
13 |
2 |
|
3201-35000 |
20 |
3 |
|
>35000 |
32 |
5 |
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
Püütud kalade korral värske, jääga 0° C lähedase temperatuurini jahutatud kala või kala siseorganid. Laborisse toomise ajaks ligeeritakse eemaldatud seedetrakt otstest.
Proovid peaksid laborisse jõudma 24 tunni jooksul pärast võtmist. Tellija poolt tagatakse külmaahel proovide transportimise ajal. Proovi temperatuur ei tohi tõusta üle 10°C (saadetise vastuvõtmisel peab transpordikastis veel jääd alles olema või vähemalt üks külmakeha peab olema osaliselt külmunud).
Külmutatud kala või parasiitidega tabandunud külmutatud koetükid ei tohi olla transportimise ajal sulanud. Kalatooted peavad laborisse jõudma sellises seisukorras, nagu olid proovi võtmisel, sh külmutatud kalatooted ei tohi transportimise ajal üles sulada.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Kuni nädal.
PS! Laborit teavitatakse ette proovide eeldatavast saabumisajast.
ANALÜÜSIMEETODID
Kalade parasiitide määramine ja identifitseerimine visuaalse vaatluse, läbivalgustamise, UV-valguses vaatlemise ning mikroskopeerimise teel.
Anisakidae sugukonna larvide määramine tehisseede meetodil.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 738 6123; 738 6120
Koostatud: 17.06.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
SVC viiruse isoleerimine rakukultuuris |
Viiruse isoleerimine rakukultuuris (VI) |
5DV-TJ-72 |
Viroloogia-seroloogia |
|
SVC viiruse antigeeni tuvastamine antigeeni ELISA |
Ag ELISA |
5DV-TJ75 |
Viiruse antigeeni tuvastamist ELISA meetodil kasutatakse vajadusel viiruse isoleerimisel rakukultuuris, et määrata kultuuris tsütopaatiat põhjustanud viirus.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Minimaalne uurimiseks vajalik proovide arv sõltub kala kaalust:
- > 150 g - 5 kala;
- 5-150 g - 10 kala;
- < 5 g - 20 kala (maimu).
Proovideks valitakse erineva haigusstaatusega kalad:
- väliste haigustunnusteta näiliselt terved kalad;
- haiguskahtlusega kalad;
- nähtavate kliiniliste tunnustega kalad.
Kui haigestumine või haiguskahtlus on probleemiks mitmes veekogus/basseinis, võetakse proovid erinevatest veekogudest/basseinidest.
Eluskalade laborisse saatmiseks pannakse need kahekordsesse kilekotti või sobiva suurusega veekindlasse anumasse, milles on 1/3 vett ja 2/3 hapnikku (kala biomass ei tohi ületada 1/3 vee hulgast).
Jahutatult jääl või külmkehadega saatmiseks püütakse kalad ja pakitakse kilekotti või keeratakse pärgamentpaberisse ning jahutatakse piisava koguse jää või külmakehade abil.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
- Eluskala puhul peavad proovid laborisse jõudma 12 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
- Jahutatud proovid peaksid laborisse jõudma 6 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
Tellija poolt tagatakse külmaahel proovide transportimise ajal.
- Proovi temperatuur ei tohi tõusta üle 10°C (saadetise vastuvõtmisel peab transpordikastis veel jääd alles olema või vähemalt üks külmakeha peab olema osaliselt külmunud). PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Viiruse isoleerimine rakukultuuris: kuni kaks nädalat
PS! Laborit teavitatakse ette proovide eeldatavast saabumisajast.
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
VI: viiruse isoleerimine rakukultuuris
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111
Koostatud: 12.06.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
KHV viiruse DNA tuvastamine |
Kvalitatiivne real-time PCR |
5MA-TJ-28 |
Molekulaaranalüüs |
Analüüsid viiruste täpsemaks iseloomustamiseks
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika LABRISes |
Osakond |
|
KHV viiruste genoomi iseloomustamine |
Sanger sekveneerimine |
5MA-TJ-25* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
Sekveneerimine teostatakse vajadusel isoleeritud/tuvastatud viiruse täpsemaks geneetiliseks iseloomustamiseks ning epidemioloogia selgitamiseks.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Minimaalne uurimiseks vajalik proovide arv sõltub kala kaalust:
- > 150 g - 5 kala;
- 5-150 g - 10 kala;
- < 5 g - 20 kala (maimu).
Proovideks valitakse erineva haigusstaatusega kalad:
- väliste haigustunnusteta näiliselt terved kalad;
- haiguskahtlusega kalad;
- nähtavate kliiniliste tunnustega kalad.
Kui haigestumine või haiguskahtlus on probleemiks mitmes veekogus/basseinis, võetakse proovid erinevatest veekogudest/basseinidest.
Eluskalade laborisse saatmiseks pannakse need kahekordsesse kilekotti või sobiva suurusega veekindlasse anumasse, milles on 1/3 vett ja 2/3 hapnikku (kala biomass ei tohi ületada 1/3 vee hulgast).
Jahutatult jääl või külmkehadega saatmiseks püütakse kalad ja pakitakse kilekotti või keeratakse pärgamentpaberisse ning jahutatakse piisava koguse jää või külmakehade abil.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
Eluskala puhul peavad proovid laborisse jõudma 12 tunni jooksul pärast proovi võtmist. Jahutatud proovid peaksid laborisse jõudma 6 tunni jooksul pärast proovi võtmist. Tellija poolt tagatakse külmaahel proovide transportimise ajal. Proovi temperatuur ei tohi tõusta üle 10°C (saadetise vastuvõtmisel peab transpordikastis veel jääd alles olema või vähemalt üks külmakeha peab olema osaliselt külmunud). PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Kvalitatiivne real-time PCR: 1-3 tööpäeva
Sanger sekveneerimine: kuni üks nädal
PS! Laborit teavitatakse ette proovide eeldatavast saabumisajast.
ANALÜÜSIMEETODID
Kvalitatiivne real-time PCR: kvalitatiivne reaal-aja polümeraasi ahelreaktsioon
Sekveneerimine: Sanger sekveneerimine
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111
Koostatud: 12.06.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
Haiguste tutvustus:
Lõhilaste infektsioosne aneemia (ISA)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
ISA viiruse RNA tuvastamine |
Kvalitatiivne real-time RT-PCR |
5MA-TJ-21* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
Analüüsid viiruste täpsemaks iseloomustamiseks
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika LABRISes |
Osakond |
|
ISA viiruste genoomi iseloomustamine |
Sanger sekveneerimine |
5MA-TJ-27* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
Sekveneerimine teostatakse vajadusel isoleeritud/tuvastatud viiruse täpsemaks geneetiliseks iseloomustamiseks ning epidemioloogia selgitamiseks.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
Tartu laboratoorium - Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Minimaalne uurimiseks vajalik proovide arv sõltub kala kaalust:
- > 150 g - 5 kala;
- 5-150 g - 10 kala;
- < 5 g - 20 kala (maimu).
Proovideks valitakse erineva haigusstaatusega kalad:
- väliste haigustunnusteta näiliselt terved kalad;
- haiguskahtlusega kalad;
- nähtavate kliiniliste tunnustega kalad.
Kui haigestumine või haiguskahtlus on probleemiks mitmes veekogus/basseinis, võetakse proovid erinevatest veekogudest/basseinidest.
Eluskalade laborisse saatmiseks pannakse need kahekordsesse kilekotti või sobiva suurusega veekindlasse anumasse, milles on 1/3 vett ja 2/3 hapnikku (kala biomass ei tohi ületada 1/3 vee hulgast).
Jahutatult jääl või külmkehadega saatmiseks püütakse kalad ja pakitakse kilekotti või keeratakse pärgamentpaberisse ning jahutatakse piisava koguse jää või külmakehade abil.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
- Eluskala puhul peavad proovid laborisse jõudma 12 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
- Jahutatud proovid peaksid laborisse jõudma 6 tunni jooksul pärast proovi võtmist. Tellija poolt tagatakse külmaahel proovide transportimise ajal. Proovi temperatuur ei tohi tõusta üle 10°C (saadetise vastuvõtmisel peab transpordikastis veel jääd alles olema või vähemalt üks külmakeha peab olema osaliselt külmunud). PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
- Kvalitatiivne real-time RT- PCR: 1-3 tööpäeva
- Sanger sekveneerimine: kuni üks nädal
PS! Laborit teavitatakse ette proovide eeldatavast saabumisajast.
ANALÜÜSIMEETODID
Kvalitatiivne real-time RT-PCR: kvalitatiivne reaal-aja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
Sekveneerimine: Sanger sekveneerimine
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111
Koostatud: 12.06.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
Haiguse tutvustused:
Viiruslik hemorraagiline septitseemia (VHS)
Kalade vereloomeorganite infektsioosne nekroos (IHN)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
VHS/IHN viiruse isoleerimine rakukultuuris |
Viiruse isoleerimine rakukultuuris (VI) |
5DV-TJ-72 |
Viroloogia-seroloogia |
|
VHS viiruse antigeeni tuvastamine antigeeni ELISA |
Ag ELISA |
5DV-TJ-92 |
Viroloogia-seroloogia |
|
IHN viiruse antigeeni tuvastamine antigeeni ELISA |
Ag ELISA |
5DV-TJ-92 |
Viroloogia-seroloogia |
|
IHN viiruse RNA tuvastamine |
Real-time RT-PCR |
5MA-TJ-84 |
Molekulaaranalüüs |
|
VHS viiruse RNA tuvastamine |
Real-time RT-PCR |
5MA-TJ-2 |
Molekulaaranalüüs |
Analüüsid viiruste täpsemaks iseloomustamiseks
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika LABRISes |
Osakond |
|
VHS ja IHN viiruste genoomi iseloomustamine |
sekveneerimine |
- |
Molekulaaranalüüs / EURL (DTU, Taani)* |
*allhange (EURL- Euroopa Liidu referentlaboratoorium kalade haiguste alal)
Analüüsimeetod viiruse tuvastamiseks (VI ja/või PCR) valitakse sõltuvalt uuringu eesmärgist. Haiguskahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse puhul teostatakse alati ka viiruse tuvastamise teise analüüsimeetodiga. Viiruse antigeeni tuvastamist ELISA meetodil kasutatakse vajadusel viiruse isoleerimisel rakukultuuris, et määrata kultuuris tsütopaatiat põhjustanud viirus. Sekveneerimine teostatakse vajadusel isoleeritud/tuvastatud viiruse täpsemaks geneetiliseks iseloomustamiseks (nt genotüübi määramine) ning epidemioloogia selgitamiseks.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Minimaalne uurimiseks vajalik proovide arv sõltub kala kaalust:
- > 150 g - 5 kala;
- 5-150 g - 10 kala;
- < 5 g - 20 kala (maimu).
Proovideks valitakse erineva haigusstaatusega kalad:
- väliste haigustunnusteta näiliselt terved kalad;
- haiguskahtlusega kalad;
- nähtavate kliiniliste tunnustega kalad.
Kui haigestumine või haiguskahtlus on probleemiks mitmes veekogus/basseinis, võetakse proovid erinevatest veekogudest/basseinidest.
Eluskalade laborisse saatmiseks pannakse need kahekordsesse kilekotti või sobiva suurusega veekindlasse anumasse, milles on 1/3 vett ja 2/3 hapnikku (kala biomass ei tohi ületada 1/3 vee hulgast).
Jahutatult jääl või külmkehadega saatmiseks püütakse kalad ja pakitakse kilekotti või keeratakse pärgamentpaberisse ning jahutatakse piisava koguse jää või külmakehade abil.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
- Eluskala puhul peavad proovid laborisse jõudma 12 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
- Jahutatud proovid peaksid laborisse jõudma 6 tunni jooksul pärast proovi võtmist.
- Tellija poolt tagatakse külmaahel proovide transportimise ajal. Proovi temperatuur ei tohi tõusta üle 10°C (saadetise vastuvõtmisel peab transpordikastis veel jääd alles olema või vähemalt üks külmakeha peab olema osaliselt külmunud). PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: 1-3 tööpäeva
Viiruse isoleerimine rakukultuuris: kuni kaks nädalat
Sekveneerimine: kuni üks nädal (allhanke puhul pikem)
PS! Laborit teavitatakse ette proovide eeldatavast saabumisajast.
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
VI: viiruse isoleerimine rakukultuuris
RT- PCR: pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon Sekveneerimine: Sanger sekveneerimine
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: 03.06.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium spp |
BAKT |
5DB-TJ-2 |
Bakterioloogia-patoloogia |
* toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt külv ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod
Täiendavad uuringud
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb, cpb2, etx, iap, cpe |
Real-time PCR |
5MA-TJ-93* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjused ja organproovid: vt. juhend
Post-mortem proovid:
- proovid sooltest (ligeeritud mõlemast otsast)
- soolesisu proovitopsis
- soolelümfisõlmed
- limaskesta kaaped (magu, sool) transportsöötmes (Amies või Eswab)
- muutuste korral neerud, kopsud, aju
Müosiidi puhul: koeproovid 4 cm3 mõõtmetega
Nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab)
NB! Proovid võtta võimalikult kiiresti pärast looma surma.
Elupuhuselt
- roojaproov steriilses proovitopsis
- tampooniproov pärasoolest transportsöötmes(Amies või Eswab)
- lihaskahjustuste korral nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab) –
NB! Ilma transportsöötmeta (organproove, soolesisu) saadetavatel proovidel jäetakse esmasesse pakendisse/ proovitopsi võimalikult vähe õhuruumi.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Proovid pakendatakse enne lõplikku pakkimist veel täiendavasse pakendisse.
Kaaskirjavormid leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Tampooniproovide korral märkida kindlasti ära täpne piirkond, kust proov on võetud. Oluline on kaaskirjal kirjeldada kliinilist pilti ja anamneesi andmeid ning lisada muu asjakohane info.
Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti külmkehadega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.
ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Meetod |
Kirjeldus |
Analüüsimise aeg (tööpäevi) |
|
BAKT |
bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine) |
3-7 tööpäeva |
|
Real-time PCR |
reaalaja polümeraas-ahereaktsioon |
Kuni 5 tööpäeva |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor)
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Koostatud: 01.10.2020
Koostanud: Age Kärssin
Lisainfo:
Kuna C. perfringens esineb soojaverelistel normaalses soolemikroflooras, siis vaid selle tuvastamine ei oma diagnostilist väärtust.
|
Tüüp |
Peamised haigused |
Peamised toksiinid |
Geenid |
Märkused |
|
A |
|
alfa (CPA) |
cpa |
C. perfringens kinnitamine, kuna sel on ainsa Clostridium liigina cpa geen; kuna esineb kõigil soojavereliste isolaatidel, puudub spetsiifilisem diagnostiline väärtus; |
|
B |
|
alfa (CPA) |
cpa |
cpb ja etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi, patoloogiliste muutuste ja bakterioloogilise leiuga |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
epsilon |
etx |
|||
|
C |
|
alfa (CPA) |
cpa |
Tüüp C isolaadid võivad toota veel CPE, CPB, CPB2 jt. toksiine. |
|
beta (CPB) |
cpb |
|||
|
D |
|
alfa (CPA) |
cpa |
etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi ja patoloogiliste muutustega |
|
epsilon (ETX) |
etx |
|||
|
E |
|
alfa (CPA) |
cpa |
puuduvad üldaktsepteeritvad diagnostilised kriteeriumid; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
iota (ITX) |
iap*** |
|||
|
- |
|
cpe (CPE) - enterotoksiin |
cpe |
võimalik gastroenteriitide põhjustaja mitmetel imetajate liikidel; võivad esineda ka tervetel loomadel |
|
- |
On leitud:
|
CPB2 |
cpb2**** |
*esineb ka NetB toksiin (ei määrata), kaasuvad sageli ka CPE, CPB ja CPB2
** esineb ka NetF toksiin (ei määrata)
*** Iota toksiin (ITX) koosneb kahest komponendist Ia (kodeerib iap geen) ja Ib (kodeerib ibp-geen). Analüüsimeetodi puhul määratakse iap geeni.
**** CPB2 puudub vaatamata nimetusele oluline homoloogia CPB-ga. Täiskasvanud hobustel seostatakse CPB2 ekspresseerumist antibiootikumiraviga, on leitud, et gentamütsiiniravi ja surmlõppega tüfokoliidi vahel esineb seos.
Haiguse tutvustus:
Ehhinokokk-paelussid (LINK LISADA)!!!
ANALÜÜSIMEETODID
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-40 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Roe või soolesisu. Parasiitide määramine* |
5DB-TJ-25 |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist lõpp-peremeeste proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
Vaheperemeestel
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Larvaalse ehhinokokoosi uurimine* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-42** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga. |
histoloogiline |
5DH-TJ-12** |
|
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine Periodic Acid Schiff (PAS) meetodil happeliste mukopolüsahhariidide visualiseerimiseks. |
5DH-TJ-15** |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
** meetod ei ole akrediteeritud
Kinnitav uuring
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Echinococcus granulosus ja multilocularis liigiline määramine |
multiplex PCR |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
Meetodi valikul lähtutakse uurimismaterjalist ja patoloogiatest.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Lõpp-peremehed (lihasööjad)
Lemmikloomadel (koer, kass) uuritakse koproproovi (rooja).
Proov peab olema värske, kogus võimalusel vähemal kahe tikutopsi suurune. Pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti või proovitopsi ja kilekotti ning jahutatakse ca 4°C juures.
Ulukloomadel (rebane, kährikkoer, hunt) uuritakse peensoole proovi.
Laborisse saadetakse kas kogu korjus või mõlemast otsast ligeeritud otstega soolestik, mis on korralikult lekkekindlalt pakitud.
NB! Kogu korjuse saatmine toimub MEmE projekti raames või eraldi kokkuleppel.
Vt. MEme proovivõtujuhend
NB! Proovide võtmisel kasutada kindaid jt kaitsevahendeid, kuna tegemist on nakkusohtliku materjaliga.
Vaheperemehed
Veterinaarkontrolli käigus võetud tapasaaduste proov (siseorganid) saadetakse larvaalse ehhinokokoosi suhtes laborisse mikroskoopilisele ja histoloogilise uurimisele.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti.
- Koproproovid jahutatakse ca 4°C juures.
- Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
- Koproproovid on uurimiskõlbulikud 4°C juures kuni 5 päeva.
- Lõpp-peremeeste (rebased jt. karnivoorid) jahutatud korjused ja ligeeritud soolestik saadetakse külmkehadega termokastis 24 h jooksul. Proove võib külmutada -18o C ning saata külmutatuna esimesel võimalusel.
- Organproove ja tsüsti sisu säilitatakse ca 4°C juures ning saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Kui prooviks on korjus, lepib proovide võtja patoloogia laboriga kokku (välja arvatud MEmE uurimisprojekti proovid 2020. aastal).
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. MEmE projekti korral palume kasutada selleks koostatud vormi. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev, kellaaeg ja info proovide säilitamise kohta enne laborisse jõudmist.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral lõpp-peremeestel (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
• Parasitoloogiline uuring: Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: kokkuleppel
• Roe või soolesisu: 1–2 päeva
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: 1–2 päeva*
Histoloogiline uuring: kuni 10 tööpäeva
Multiplex PCR: kuni 5 tööpäeva
*Vajadusel lisandub aeg kinnitavateks uuringuteks
ANALÜÜSIMEETODID
Proovivõtulahang
Parasitoloogiline uuring:
• Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: settimis- ja loputusmeetod
• Roe või soolesisu. Parasiitide määramine: roojaproovide uuring helmintoskoopiliselt (paelussilülid on määratavad lühikest aega, kuna lagunevad) ja flotatatsioonimeetod.
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: organproovide helmintoskoopia ja mikroskoopiline uuring.
Histoloogiline uuring: koeproovide töötlemine ja värvingud koemuutuste visualiseerimiseks.
Multipleks PCR: multipleks polümeraas-ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond. Üldinfo telefonil 7 386 120 (ka MEmE projekti info), patoloogia labor: 7 386 123
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 15.09.2020
Haiguste tutvustused:
Chlamydia psittaci infektsioon (LINK LISADA!!!!!)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Chlamydiaceae spp määramine |
Real-time PCR |
|
5MA-TJ-11* |
Molekulaaranalüüs |
|
Chlamydia abortus määramine |
|
|||
|
C. psittaci määramine |
|
|||
|
C. pecorum määramine |
|
|||
|
C. suis määramine |
|
|||
|
C. felis määramine |
|
*meetod ei ole akrediteeritud
Iga tekitaja jaoks määratakse eraldi analüüsiga
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Haigestunud loomade ja proovide käsitlemisel kasutada ettevaatusabinõusid (isikukaitsevahendid, eriline tähelepanu proovide lekkekindlal pakkimisel, bioohutusnõuete täitmine) zoonootilise ohu tõttu!
Real-time PCR:
- Abordi korral võetakse aborteerunud loote lootekestad, platsenta, viimaste puudumisel loote maks, kops. Kui uuritav loode on suuruselt väike, võib selle ka tervelt laborisse saata.
- Tampooniproovid silma- ja ninasekreedist, emaslooma tupenõrest (võib võtta ka inna ajal). Proovi võtmiseks eemaldada vajadusel ühe tampooniga lima ja eritised ning koguda proov teise tampooniga, nii et proovis oleks epiteelirakke. Proovivõtmise tampooniks ei sobi puuvillakiuga tampoonid!
Proovivõtutaara
- Proovivõtuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse+4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures;
- Organ- ja/või tampooniproovid toimetatakse laborisse 4–6 tunni jooksul (kuid mitte hiljem kui 24 h pärast proovi võtmist).
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Kaaskirjal peaks olema kirjas, millisele Chlamydia liigile uurida (kuna igal analüüsil on eraldi hind). Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 28.11.2019
Haiguste tutvustused:
Leptospiroos koertel ja kassidel
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Leptospiroosi tekitajate antikehade määramine vereseerumis mikroaglutinatsioonireaktsiooniga (MAR) |
MAR |
5DS-TJ-13 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Leptospira hardjo vastaste antikehade määramine veiste vereseerumis ja piimas |
ELISA |
5DS-TJ-12 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Leptospiroosi tekitajate antikehade uuring komplemendisidumise reaktsiooniga
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Leptospira hardjo vastaste antikehade uuring veistel
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
- Piimaproov- proovi kogus vähemal 5 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
MAR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
MAR: mikroaglutinatsioonireaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV
- Viroloogia-seroloogia osakond, telefon 7 386 111 või 7 386 106
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 16.09.2019
TAUST
Lindude grippi põhjustavad A-grupi gripiviiruse teatavad kõrge patogeensusega tüved (enamasti H5 ja H7). Üldjuhul on need viirused patogeensed ainult kodu- ja metslindudele põhjustades teatavatel juhtudel laialdast haigestumist ja suurt suremust. Samas on palju linnuliike kes küll viirust kannavad, kuid ei haigestu.
Maailma erinevates paikades on täheldatud üksikjuhtudel viiruse üleminekut imetajatele, peamiselt karnivooridele (rebane, saarmas, kaslased jt) ning mereimetajatele (hülged, delfiinid, pringel jt). Enamasti on olnud sellistel juhtudel nakatumise põhjuseks looma otsene kontakt nakatunud linnuga. Lindude A-grupi gripiviirusega (sh H5N1) nakatunud imetajad on enamasti leitud kas surnuna või on neil esinenud närvi- või hingamiselundkonna nähtudega kliinilist haigestumist. Juhtumid, kus lindude gripi viirus on kandunud üle imetajalt imetajale või nakatunud on inimene, on väga harvad.
Lindude gripi kahtluse imetajal võib püstitada juhtudel, kui see vastab kõigile järgmistele kriteeriumidele:
- Loomal on kliiniline haigestumine, mis kulgeb närvi- või hingamiselundkonna sümptomitega või tal olid need sümptomid enne surma.
- Haigestunud/surnud loom on pärit piirkonnast, kus on viimastel nädalatel esinenud lindude massilist suremust või on Põllumajandus- ja Toiduamet (PTA) kinnitanud lindude gripi esinemise.
- Haigestunud/surnud loomal oli kinnitatud või tõenäoline kontakt nakatunud või surnud linnuga. Kinnitatud või väga tõenäoline kontakt tähendab siinkohal linnu ründamist, surmamist, söömist või ka toore uluklinnuliha söömist.
Juhul kui kahtlustate lindude gripi esinemist imetajal on oluline võtta kiiresti ühendust Põllumajandus- ja Toiduametiga.
Imetajatelt proovide võtmine ja laborisse saatmine toimub läbi PTA regionaalsete esinduste.
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Lindude gripi viiruse (M, H5, H7 ja/või N1 geenide) määramine |
Real-time RT-PCR |
|
5MA-TJ-63 |
Molekulaar- analüüs |
|
A-grupi gripiviiruse M-geeni määramine |
5MA-TJ-67 |
|||
|
Lindude gripi viiruse N8 geeni määramine |
5MA-TJ-71 |
|||
|
Lindude gripi viiruse patotüpiseerimine |
Konventsionaalne RT-PCR ja sekventsanalüüs |
|
5MA-TJ-12 |
|
|
Lindude gripi viiruse isoleerimine ning identifitseerimine |
Viiruse isoleerimine (VI) ja identifitseerimine |
|
5DV-TJ-70 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Lindude gripi viiruse vastaste antikehade määramine |
Hemaglutinatsiooni inhibitsiooni (HAI) test |
|
5DV- TJ65 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Lindude gripi viiruse vastaste antikehade määramise |
ELISA |
5DV- TJ66 |
Analüüsimeetod viiruse tuvastamiseks (VI ja/või PCR) ja täiendavaks iseloomustamiseks valitakse sõltuvalt uuringu eesmärgist. Haiguskahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse puhul teostatakse alati ka viiruse tuvastamise teise analüüsimeetodiga.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Surmajärgselt võetavad proovid
- Hiljuti surnud looma korjus tervena (väike loom kuni 5 kg) või organproovid- ajukude ja/või kops.
Elupuhuselt võetavad proovid
- Kuiv tampooniproov ninast, ninaneelust või pärakust.
- Tampooniproovid võtta steriilse tampooniga ja panna katsutisse (mitte kasutada puuvilla tampoone!).
- Vereseerumi või plasma proov võetakse juhul kui soovitakse antikehade uuringut.
Uuringuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe laboratooriumid
(Tartu, Tallinn, Saaremaa) ning proovide vastuvõtt Rakveres
NB! Võimaliku keskkonnasaastuse tõttu EI SOBI proovimaterjaliks väljaheite- ja okseproovid, loomade karvad ja muud keskkonnast võetud tampooniproovid.
Proovide pakkimine
- Iga looma proovid pakitakse eraldi puhtasse taarasse (nt plastkott, võimalusel kasutada soonsulguriga (minigrip) või traadiga suletavat plastkotti).
- Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Organproovid ja korjused toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse neid +4…+6 °C juures maksimaalselt 2 päeva või pikemaajaliselt -20 °C juures.
- Tampooniproovid toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse neid +4…+6 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud kaaskiri, mille leiab LABRIS kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale uuritava looma täpne liik ning proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE MAKSIMAALNE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
Konventsionaalne RT-PCR ja sekventsanalüüs: kuni 10 tööpäeva
VI ja identifitseerimine: kuni 21 päeva
HAI: kuni 14 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
Konventsionaalne RT- PCR ja sekventsanalüüs: konventsionaalne pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon ja sekventsanalüüs
VI ja identifitseerimine: viiruse isoleerimine ja identifitseerimine
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
HAI: hemaglutinatsiooni inhibitsiooni test
TÄIENDAV TEAVE
- Molekulaaranalüüsi osakond- 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond- 738 6111 või 50 66 687
Koostatud: 11.07.2023
Koostanud: Imbi Nurmoja, 51 55 026
Haiguste tutvustus:
Rooja ja soolesisu parasitoloogilised uuringud
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Objekt |
Metoodika |
Osakond |
|
Parasitoloogiline uuring |
Natiivpreparaat |
vegetatiivsed ainuraksed |
5DB-TJ-25 5DB-TJ-40** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Flotatsioonimeetod |
(imi-), pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Settimismeetod |
imiussimunad |
|||
|
Flotatsioonimeetod + settimismeetod (kombineeritud meetod) |
imi-, pael- ja ümarussimunad ning koktsiidide ootsüstid |
|||
|
Helmintoskoopia (ja parasitoskoopia) |
paelussilülid, ümarussid, vastsed (sh. putukavastsed) |
|||
|
Väljarändemeetod e. larvoskoopiline meetod |
kopsuussivastsed |
|||
|
McMaster meetod |
imi-, pael- ja ümarussimunade ning koktsiidide ootsüstide arvukus |
5DB-TJ-63* |
||
|
Tritrichomonas foetus kassil |
Kultiveerimine ja mikroskoopia |
Tritrichomonas foetus |
5DB-TJ-30 |
|
|
Cryptosporidium spp. ootsüstide määramine |
Immunofluorestsentsmeetod |
Cryptosporidium ootsüstid |
5DB-TJ-3* |
|
|
Giardia tsüstide määramine |
Giardia tsüstide |
5DB-TJ-11* |
||
|
Sigadel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, E. coli F4 (K88) ja F5 (K99) antigeeni määramine |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
Viroloogia-seroloogia |
|
Veistel Cryptosporidium spp., rotaviiruse, koronaviiruse, E. coli F5 antigeeni määramine veistel |
AgELISA |
Cryptosporidium spp. |
5DV-TJ61* |
|
|
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis määramine |
Real-time PCR |
Echinococcus granulosus ja E. multilocularis |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
** Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
Proov võetakse plastkonteinerisse või kilekotti.
Produktiivloomad
- Üksikult või lõas peetavatelt loomadelt võetakse võimaluse korral rektaalselt individuaalproovid (minimaalselt 10 g).
- Rühmiti peetavatel loomadel võetakse rühmaproovid (minimaalselt 50 g).
- Väljarändemeetodil uurimisel on proovi kogus võimalusel ca 20 g.
- Vasikatel ja põrsastel Cryptosporidium spp. antigeeni määramiseks võtta ca 30 g proov.
Väikeloomad
- Roe kogutakse defekatsiooni järgselt (võimalusel ca 5 g).
ERANDID
Kassil Tritrichomonas foetus uuring: roojaproov peab olema väga värske, tekitaja on tundlik keskkonnamõjudele ning sureb kiiresti temperatuuril alla 15 °C või üle 40 °C. proov peab laborise jõudma mõne tunni jooksul. Teine variant on küsida laboratooriumist proovi võtmiseks spetsiaalne sööde.
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel: prooviks võib olla terve korjus või peensool, mis on ligeeritud mõlemast otsast. Uurimismaterjal peab olema tihedalt pakitud plastikkotti ja saadetud laborisse nii kiiresti kui võimalik, vajadusel jääga. Kui materjal pole külmutatud või formaliiniga fikseeritud (NB! Fiksaatoreid (nt. formaliin), ei soovitata kasutada, formaliin ei tapa ka parasiidi mune), võib parasiit autolüüsuda 24 h jooksul.
Cryptosporidium spp uuring (AgELISA) sigadel ja veistel: uuritakse vaid individuaalproove.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovi pakend märgistatakse loetavalt ja veekindlalt.
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Proovid jahutatakse 2–4°C juures. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse 2-4 °C juures, kuid proovide laborisse jõudmiseni ei tohiks kuluda üle 24 tunni. PROOVE MITTE KÜLMUTADA! Vt. ERANDID
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega termokastis lühima võimaliku aja jooksul Vt. ERANDID
- Väljarändemeetodil uurimiseks võetakse proove laboris vastu esmaspäevast neljapäevani.
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on muu vajaliku info hulgas ära märkida proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
o Kui proove on enam kui 3, esitatakse loomade nimekiri eraldi blanketil loomade nimekiri.
o Märgitakse kindlasti ka soovitud uurimismeetod või uuritav parasiitide grupp, ei piisa kui on märgitud ainult „parasitoloogiline“
o Mitme proovi puhul märgitakse kaaskirjale, kas uuringut soovitakse üksikproovidena või koondproovidena. Koondproovide puhul märgitakse kaaskirjal ära koondproovi kuuluvate proovide numbrid.
ANALÜÜSIMEETODID LOOMALIIGITI JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
|
Loomaliik |
Flotat-siooni-meetod |
McMas-ter meetod |
Settimis-meetod |
Kombi-neeritud meetod |
Väljarän-de meetod |
Helminto-skoopia |
Natiiv-preparaat |
Immuno-fluorestsents-meetod |
|
Mäletsejalised* |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
+ |
|
|
Siga, metssiga* |
+ |
(+) |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Hobune** |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Karnivoorid*** |
+ |
+ |
(+) |
+ |
+ |
+ |
||
|
Linnud |
+ |
+ |
+ |
+ |
||||
|
Merisiga |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Küülik, jänes |
+ |
+ |
+ |
|||||
|
Analüüsimise aeg |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
1-2 päeva |
(+) – tavaliselt ei tehta, vaid erinäidustusel
* lisaks agELISA (ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks) -Cryptosporidium spp. (kuni 5 päeva)
** lisaks uuritakse maokiinivastsete suhtes (1-2 päeva)
*** lisaks real-time PCR (reaalaja polümeraas-ahereaktsioon) - Echinococcus granulosus ja E. multilocularis (kuni 5 päeva)
*** kultiveerimine ja mikroskoopia - Tritrichomonas foetus kassil (kuni 7 päeva)
McMaster meetod – kvantitatiivne uuring parasiidimunade ja oostsüstside määramiseks
AgELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod tekitaja antigeeni määramiseks
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, telefon 7 386 123 (patoloogia labor) või telefon 7 386 120 (bakterioloogia labor)
Koostatud: Age Kärssin
Koostanud: 20.12.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Aeroobne külv |
BAKT |
5DB-TJ-34* |
Bakterioloogia-patoloogia |
* meetod ei ole akrediteeritud
Täiendava uuringuna võib määrata isoleeritud tüve antibiootikumitundlikkuse
Antibiootikumitundlikkuse määramine
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Korjus ja organid, koeproovid organitest (juhend)
• Tampooniproovid transportsöötmes: Eswab või Amies sööde.
Proovivõtutaara
Proovivõtuks vajaminevaid tampoone väljastavad kõik LABRISe piirkondlikud laborid.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitmekordset pakendit
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Iga looma proovid pakitakse eraldi kottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
• Korjus ja organproovid saadetakse laboratooriumisse külmkehadega lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C . Tampooniproovid peaksid olema laboris 48 h jooksul PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• On soovitav, et proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri,
mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline uuring: 2-4 päeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline uuring: mikrobioloogiline külv, tekitaja tuvastamine ja isoleerimine.
Isoleeritud tekitaja tuvastamine toimub biokeemiliste testidega, kommertsiaalsete identifitseerimissüsteemide abil või MALDI-TOF MS meetodil. Kui on asjakohane, siis määratakse grupp Lancefield klassifikatsiooni järgi.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond. Info telefonil 7 386 120
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 25.09.2020
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Materjal |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
AHM tekitaja Paenibacillus larvae isoleerimine. |
haue, vastsed, mesilased, langetis, vaha mesi, õietolm |
Bakterioloogiline külv ja samastamine |
5DB-TJ-14 |
Bakterioloogia-patoloogia |
Uuritakse P. larvae eluvõimeliste spooride (eoste) olemasolu proovis.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
- Haigustunnuste puhul võetakse haudme ja vastsete proov.
- Haiguskahtluse korral uuritakse ka P. larvae spooride olemasolu teistes uurimismaterjalides.
- Monitooringu eesmärgil võib ühest mesila mitmest perest võetud meeproove uurida ühe koondproovina. Selleks peab iga pere proovi võtma eraldi proovinõusse, laboris moodustatakse koondproov. Tekitaja esinemisel korral saab tellida eraldi uuringud (kui proovide kogused olid piisavad), vastav soov märkida tellimisel kohe kaaskirjale.
|
Uurimis-materjal |
Kogus (vähemalt) |
Kirjeldus |
|
Haudmekärg |
≥ 20 cm2 |
Võimalikult palju haigeid ja surnud vastseid sisaldav või värvi muutnud osa lõigatakse välja. Pakitakse paberisse/paberkotti ning pannakse puust või kartongist karpi. NB! Mitte võtta meekärge. |
|
Vastsed |
≥ 5 tk |
Haigustunnustega/surnud vastsed võetakse spaatli, vatitiku, mikropintsettide vms vahendi abil väikesesse kaanega suletavasse proovinõusse. |
|
Mesilased |
≥ 50 tk |
Kogutakse sobivasse kaanega suletavasse proovinõusse. Mesilased surmatakse sügavkülmutades (proovinõu pannakse sügavkülma) ja hoitakse kuni laborisse saatmiseni külmutatuna. |
|
Langetis |
≥ pool teeklaasi (100- 200 ml). |
Võetakse tavaliselt pärast puhastuslendu või mesilasperede esimesel läbivaatusel. Pakitakse pappkarpi, paberkotti või kaanega suletavasse karpi/proovinõusse. |
|
Mesi |
≥ 50 g |
Võetakse lusikaga haudme ja meekärje piirilt. Kogutakse proovinõusse või puhtasse purki. Veendutakse et proovianum on väliselt puhas ja kaas korralikult (lekkekindlalt) suletud. Transpordil laborisse peavad proovinõud jääma püstisesse asendisse. |
|
Õietolm |
≥t 20 g |
Kogutakse proovinõusse või puhtasse purki. Veendutakse et proovianum on väliselt puhas ja kaas korralikult (lekkekindlalt) suletud. |
|
Vaha/Vahakärg |
≥ 20 g |
Pakitakse paberisse/paberkotti. |
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri mesila proovide uurimiseks, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
Haudmekärg, vastsete proovid, langetis hoitakse laborisse saatmiseni jahedas või 2 – 8°C, mesilased hoitakse külmutatult, laborisse saadetakse jahedas (soovitavalt termokastis ja külmkehadega).
Mesi, õietolm ja vaha hoitakse toatemperatuuril või jahedas, saadetakse laborisse toatemperatuuril või jahedas.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
7-17 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
- Bakterioloogiline külv ja samastamine – analüüsi käigus külvatakse uurimismaterjal tardsöötmele, et tuvastada tekitaja spooride moodustatud kolooniaid, samastatakse biokeemilisi testidega või MALDI-TOF MS kasutades.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
bakterioloogia-patoloogia osakond. Kontakt tel. 738 6120
Koostatud: 16.10.2019
Koostanud: Age Kärssin
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Euroopa haudmemädaniku tekitaja Melissococcus plutonius määramine |
Bakterioloogiline külv ja samastamine |
5DB-TJ-51* |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Euroopa haudmemädaniku tekitaja Melissococcus plutonius määramine |
PCR |
5MA-TJ-97* |
Molekulaaranalüüs |
* akrediteerimata meetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
- Haigustunnuste puhul võetakse haudme ja/või vastsete proov.
- Suurem tõenäosus haigustekitajat tuvastada on haigustunnustega vastsete proovidest..
- Kuna ka muu mikrofloora mõjutab analüüsi tulemust, siis saadetakse proovid võimalikult operatiivselt laborisse.
|
Uurimismaterjal |
Kogus (vähemalt) |
Kirjeldus |
|
Haudmekärg |
≥ 20 cm2 |
Võimalikult palju haigeid ja surnud vastseid sisaldav või värvi muutnud osa lõigatakse välja. Pakitakse paberisse/paberkotti ning pannakse puust või kartongist karpi. NB! Mitte võtta meekärge. |
|
Vastsed |
≥ 5 tk |
Värskelt surnud vastsed võetakse spaatli, vatitiku, mikropintsettide vms vahendi abil ja pannakse väikesesse kaanega suletavasse proovinõusse. |
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
Haudmekärg muutunud vastsetega, vastsete proovid saadetakse võimalikult kiiresti termokastis külmkehadega laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2–8°C.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline külv ja samastamine: 7–9 tööpäeva
PCR: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline külv ja samastamine
PCR: konventsionaalne polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- bakterioloogia-patoloogia osakond, bakterioloogia labor, kontakt tel. 738 6120
- molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121
Koostatud: 29.03.2021
Koostanud: Age Kärssin
Haiguste tutvustused:
Mesilaste varroos / varroatoos
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Materjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Varroa lestade määramine |
Langetis, haue, mesilased |
5DB-TJ-13 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Varroa lestade arvuline määramine |
Mesilased |
5DB-TJ-13 |
|
|
Nosema spp. määramine |
5DB-TJ-13 |
||
|
Nosema spp. spooride arvuline määramine |
5DB-TJ-13 |
||
|
Acarapis woodi määramine |
5DB-TJ-13 |
||
|
Malpighamoeba mellificae määramine |
5DB-TJ-65* |
||
|
Kärje-, haudme- ja mesilaste kahjurid |
Putukad ja muud leiud mesilastarust |
5DB-TJ-39* |
* akrediteerimata
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
- Iga analüüsi jaoks võetakse just selleks uuringuks sobiv proov.
- Varroa lestade uuringuks
o Haudmeproovid: sobib paremini lesehaue - kui see pole saadaval, siis töömesilase haue.
o Mesilaste proovid (eraldi proov iga taru kohta): ülevaate saamiseks on soovitav koguda vähemalt 10% peredest.
- Akarapi(d)oosi uuringuks on proovi võtmiseks parim aeg varakevadel pärast talvitumist, kuna nakkustase varieerub aasta lõikes. Prooviks võetakse vanemaid töömesilasi, kliiniliste haigustunnustega (roomavad, lennuvõimetud kuni 3 meetri kaugusel tarust)
- Nosema uuringuks: vanemad töömesilased lennulaualt, vältida proovi võtmist noortelt mesilastelt.
- Analüüsideks ei sobi kaua surnuna olnud (enam kui 2-3 päeva) ja kuivanud mesilased.
|
Uurimis-materjal |
Kogus (vähemalt) |
Kirjeldus |
|
Haudmekärg |
≥ 20 cm2 |
Võimalikult palju haigeid ja surnud vastseid sisaldav või värvi muutnud osa lõigatakse välja. Pakitakse paberisse/paberkotti ning pannakse puust või kartongist karpi. NB! Mitte võtta meekärge. |
|
Mesilased** |
≥ 60 tk |
Kogutakse meeraamidelt sobivasse laia avaga kindlalt suletavasse proovinõusse. |
|
Mesilased (Varroa lestade arvuliseks määramiseks) |
200-250 tk pere kohta (ligi teeklaasi täis) |
Proov võetakse vähemalt kolme kaanetamata haudmega raami mõlemalt küljelt ning pannakse sobivasse laia avaga kindlalt suletava kaanega proovinõusse. Mesilased surmatakse sügavkülmutades (proovinõu pannakse vähemal 24 h -20°C juurde sügavkülma) ja hoitakse kuni laborisse saatmiseni külmutatuna. Alternatiivselt võib proovi hoida ka ca 4°C juures saatmiseni |
|
Langetis |
≥ pool teeklaasi (100- 200 ml). |
Võetakse tavaliselt pärast puhastuslendu või mesilasperede esimesel läbivaatusel. Pakitakse pappkarpi, paberkotti või kaanega suletavasse karpi/proovinõusse. |
|
Putukad |
x |
Kogutakse proovinõusse, mis pannakse vähemal 24 h -20°C juurde sügavkülma. |
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri mesila proovide uurimiseks, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt.
Proovide laborisse saatmine
Haudmekärg ning langetis hoitakse laborisse saatmiseni jahedas või ca 4°C, mesilased ja kahtlased putukad hoitakse külmutatult, laborisse saadetakse jahedas (soovitavalt termokastis ja külmkehadega).
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
1–2 tööpäeva.
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Tulemuse väljendamine |
|
Varroa lestade määramine |
Proovi eeltöötlus sõltuvalt materjalist. Makroskoopiline, vajadusel mikroskoopiline uuring |
Varroa … leiti / ei leitud |
|
Varroa lestade arvuline määramine |
Mesilaste eeltöötlus loputusmeetodil ja makroskoopiline uuring. Tüüpilise morfoloogiaga lestade loendamine |
Varroa lestade arv mesilaste kohta |
|
Nosema spp. määramine |
Mesilaste tagakeha suspensiooni mikroskoopiline uuring |
Nosema spp. leiti / ei leitud |
|
Nosema spp. spooride arvuline määramine |
Mesilaste tagakeha suspensiooni mikroskoopiline uuring loenduskambris ning spooride loendamine |
… spoori/mesilase kohta |
|
Acarapis woodi määramine |
Mesilase lahang ja trahheede mikroskoopiline uuring A. woodi lestade suhtes |
A. woodi leitud / ei leitud |
|
Malpighamoeba mellificae määramine. |
Mesilaste tagakeha suspensiooni mikroskoopiline uuring |
Malpighamoeba mellificae leiti / ei leitud |
|
Kärje-, haudme- ja mesilaste kahjurid. |
Kahjuri liigiline määramine/identifitseerimine |
/Tuvastatud kahjuri nimetus/ |
Arvuliste tulemuste tõlgendamine
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Patoloogia labor, tel. 738 6123
Koostatud: 04.10.2019
Koostanud: Age Kärssin
Haiguste tutvustused:
Mesilaste krooniline paralüüs (Bee Chronical Paralysis – CBP)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Mesilaste akuutse paralüüsi viiruse (ABPV) määramin |
Real-time RT-PCR |
5MA-TJ-32* |
Molekulaaranalüüs |
|
Mesilaste deformeerunud tiiva (DWV) viiruse määramine |
5MA-TJ-33* |
||
|
Mesilaste kroonilise paralüüsi viiruse (CBPV) määramine |
Real-time RT-qPCR (kvantitatiivne) |
5MA-TJ-81* |
* akrediteerimata meeetod
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovide võtmine ja pakkimine
|
Uurimismaterjal |
Haigus |
Kogus |
Kirjeldus |
|
Mesilased |
ABPV CBPV DWV |
≥ 50 tk |
Kogutakse sobivasse kaanega suletavasse proovinõusse. Mesilased surmatakse sügavkülmutades (proovinõu pannakse sügavkülma) ja hoitakse kuni laborisse saatmiseni külmutatuna. |
|
Vastsed |
ABPV DWV |
≥ 8 tk |
Haigustunnustega/surnud vastsed võetakse spaatli, vatitiku, mikropintsettide vms vahendi abil väikesesse kaanega suletavasse proovinõusse. |
|
Haudmekärg |
ABPV DWV |
≥ 20 cm2 |
Võimalikult palju haigeid ja surnud vastseid sisaldav või värvi muutnud osa lõigatakse välja. Pakitakse paberisse/paberkotti ning pannakse puust või kartongist karpi. NB! Mitte võtta meekärge. |
Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri mesila proovide uurimiseks, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Kaaskirjal on väga oluline kirjeldada ka kliinilisi tunnuseid.
Proovide laborisse saatmine
Mesilased hoitakse külmutatult, laborisse saadetakse jahedas (soovitavalt termokastis ja külmkehadega).
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
Kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT- PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
Real-time RT-qPCR: reaalaja kvantitatiivne pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
TULEMUSTE TÕLGENDAMINE
Kvalitatiivsed analüüsid - ABPV, DWV
positiivne (viirus tuvastati) / negatiivne (viirust ei tuvastatud)
Kvantitatiivne analüüs - CBPV
|
Viiruse genoomi koopiate arv mesilase kohta |
Tulemus, mida raporteeritakse |
Diagnostiline tõlgendamine |
|
Ei tuvastatud |
Mesilaste kroonilise paralüüsi viirust (CBPV) ei tuvastatud |
Mesilaste kroonilist paralüüsi viirust (CBPV) ei tuvastatud |
|
≤8x103 |
Tuvastatud mesilaste kroonilise paralüüsi viirus, tulemus alla kvantifitseerimispiiri (≤8x103 koopiat/mesilases) |
Tuvastatud mesilaste kroonilise paralüüsi viirus (CBPV), genoomikoopiate arvu ei kvantifitseerita, tulemus alla kvantifitseerimispiiri |
|
>8x103 kuni <108 |
Tuvastatud mesilaste kroonilise paralüüsi viirus (CBPV), tulemus xxx genoomikoopiat/mesilases |
Tuvastatud mesilaste krooniline paralüüsi viirus (CBPV) |
|
≥108 kuni <1010 |
Diagnoosimisel võetakse arvesse iseloomulikke haigustunnuseid
|
|
|
≥10.0 |
Kroonilise paralüüsi diagnoos on kinnitatud |
Tabel 1. Mesilaste kroonilise paralüüsi viiruse sümptomite loetelu, mida tuleb arvestada diagnoosi panekul.
|
Nr. |
Sümptomi/tunnuse kirjeldus |
Nr. |
Sümptomi/tunnuse kirjeldus |
|
|
1 |
Värisevad mesilased taru ees |
4 |
Mustad ja/või karvadeta mesilased |
|
|
2 |
Surnud mesilased taru ees |
5 |
Tõrjutud tervete mesilaste poolt |
|
|
3 |
Roomav, aeglane liikumine (ilma lennuta) |
6 |
Ründav lennuviis |
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Molekulaaranalüüsi osakond. Kontakt tel. 738 6121
Koostatud: 17.09.2019
Koostanud: Age Kärssin
Juhendi leiad siit:
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Ehhinokokkide määramine lõpp-peremeestel* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-40 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Roe või soolesisu. Parasiitide määramine* |
5DB-TJ-25 |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist lõpp-peremeeste proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
Vaheperemeestel
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Larvaalse ehhinokokoosi uurimine* |
parasitoloogiline |
5DB-TJ-42** |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga. |
histoloogiline |
5DH-TJ-12** |
|
|
Histoloogiliste preparaatide värvimine Periodic Acid Schiff (PAS) meetodil happeliste mukopolüsahhariidide visualiseerimiseks. |
5DH-TJ-15** |
* korjustel lisandub proovivõtulahang uurimismaterjali võtmiseks
** meetod ei ole akrediteeritud
Kinnitav uuring
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Echinococcus granulosus ja multilocularis liigiline määramine |
multiplex PCR |
5MA-TJ-77* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod ei ole akrediteeritud
Meetodi valikul lähtutakse uurimismaterjalist ja patoloogiatest.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Lõpp-peremehed (lihasööjad)
Lemmikloomadel (koer, kass) uuritakse koproproovi (rooja).
Proov peab olema värske, kogus võimalusel vähemal kahe tikutopsi suurune. Pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti või proovitopsi ja kilekotti ning jahutatakse ca 4°C juures.
Ulukloomadel (rebane, kährikkoer, hunt) uuritakse peensoole proovi.
Laborisse saadetakse kas kogu korjus või mõlemast otsast ligeeritud otstega soolestik, mis on korralikult lekkekindlalt pakitud.
NB! Kogu korjuse saatmine toimub MEmE projekti raames või eraldi kokkuleppel.
Vt. MEme proovivõtujuhend:
NB! Proovide võtmisel kasutada kindaid jt kaitsevahendeid, kuna tegemist on nakkusohtliku materjaliga.
Vaheperemehed
Veterinaarkontrolli käigus võetud tapasaaduste proov (siseorganid) saadetakse larvaalse ehhinokokoosi suhtes laborisse mikroskoopilisele ja histoloogilise uurimisele.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proovid pakitakse lekkekindlalt mitmesse kilekotti.
- Koproproovid jahutatakse ca 4°C juures.
- Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide säilitamine ja laborisse saatmine
- Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
- Koproproovid on uurimiskõlbulikud 4°C juures kuni 5 päeva.
- Lõpp-peremeeste (rebased jt. karnivoorid) jahutatud korjused ja ligeeritud soolestik saadetakse külmkehadega termokastis 24 h jooksul. Proove võib külmutada -18o C ning saata külmutatuna esimesel võimalusel.
- Organproove ja tsüsti sisu säilitatakse ca 4°C juures ning saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Kui prooviks on korjus, lepib proovide võtja patoloogia laboriga kokku (välja arvatud MEmE uurimisprojekti proovid 2020. aastal).
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. MEmE projekti korral palume kasutada selleks koostatud vormi. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev, kellaaeg ja info proovide säilitamise kohta enne laborisse jõudmist.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
NB! Echinococcus spp. põhjendatud kahtluse korral lõpp-peremeestel (nt. metsloomadel) külmutatakse enne uuringu läbiviimist proove -80° C juures vähemalt 5 päeva.
• Parasitoloogiline uuring: Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: kokkuleppel
• Roe või soolesisu: 1–2 päeva
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: 1–2 päeva*
Histoloogiline uuring: kuni 10 tööpäeva
Multiplex PCR: kuni 5 tööpäeva
*Vajadusel lisandub aeg kinnitavateks uuringuteks
ANALÜÜSIMEETODID
Proovivõtulahang
Parasitoloogiline uuring:
• Ehhinokokk-paelusside määramine lõpp-peremeestel: settimis- ja loputusmeetod
• Roe või soolesisu. Parasiitide määramine: roojaproovide uuring helmintoskoopiliselt (paelussilülid on määratavad lühikest aega, kuna lagunevad) ja flotatatsioonimeetod.
• Larvaalse ehhinokokoosi uurimine: organproovide helmintoskoopia ja mikroskoopiline uuring.
Histoloogiline uuring: koeproovide töötlemine ja värvingud koemuutuste visualiseerimiseks.
Multipleks PCR: multipleks polümeraas-ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond. Üldinfo telefonil 7 386 120 (ka MEmE projekti info), patoloogia labor: 7 386 123
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Koostanud: 15.09.2020
TAUST
Lindude grippi põhjustavad A-grupi gripiviiruse teatavad kõrge patogeensusega tüved (enamasti H5 ja H7). Üldjuhul on need viirused patogeensed ainult kodu- ja metslindudele põhjustades teatavatel juhtudel laialdast haigestumist ja suurt suremust. Samas on palju linnuliike kes küll viirust kannavad, kuid ei haigestu.
Maailma erinevates paikades on täheldatud üksikjuhtudel viiruse üleminekut imetajatele, peamiselt karnivooridele (rebane, saarmas, kaslased jt) ning mereimetajatele (hülged, delfiinid, pringel jt). Enamasti on olnud sellistel juhtudel nakatumise põhjuseks looma otsene kontakt nakatunud linnuga. Lindude A-grupi gripiviirusega (sh H5N1) nakatunud imetajad on enamasti leitud kas surnuna või on neil esinenud närvi- või hingamiselundkonna nähtudega kliinilist haigestumist. Juhtumid, kus lindude gripi viirus on kandunud üle imetajalt imetajale või nakatunud on inimene, on väga harvad.
Lindude gripi kahtluse imetajal võib püstitada juhtudel, kui see vastab kõigile järgmistele kriteeriumidele:
- Loomal on kliiniline haigestumine, mis kulgeb närvi- või hingamiselundkonna sümptomitega või tal olid need sümptomid enne surma.
- Haigestunud/surnud loom on pärit piirkonnast, kus on viimastel nädalatel esinenud lindude massilist suremust või on Põllumajandus- ja Toiduamet (PTA) kinnitanud lindude gripi esinemise.
- Haigestunud/surnud loomal oli kinnitatud või tõenäoline kontakt nakatunud või surnud linnuga. Kinnitatud või väga tõenäoline kontakt tähendab siinkohal linnu ründamist, surmamist, söömist või ka toore uluklinnuliha söömist.
Juhul kui kahtlustate lindude gripi esinemist imetajal on oluline võtta kiiresti ühendust Põllumajandus- ja Toiduametiga.
Imetajatelt proovide võtmine ja laborisse saatmine toimub läbi PTA regionaalsete esinduste.
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Lindude gripi viiruse (M, H5, H7 ja/või N1 geenide) määramine |
Real-time RT-PCR |
|
5MA-TJ-63 |
Molekulaar- analüüs |
|
A-grupi gripiviiruse M-geeni määramine |
5MA-TJ-67 |
|||
|
Lindude gripi viiruse N8 geeni määramine |
5MA-TJ-71 |
|||
|
Lindude gripi viiruse patotüpiseerimine |
Konventsionaalne RT-PCR ja sekventsanalüüs |
|
5MA-TJ-12 |
|
|
Lindude gripi viiruse isoleerimine ning identifitseerimine |
Viiruse isoleerimine (VI) ja identifitseerimine |
|
5DV-TJ-70 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Lindude gripi viiruse vastaste antikehade määramine |
Hemaglutinatsiooni inhibitsiooni (HAI) test |
|
5DV- TJ65 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Lindude gripi viiruse vastaste antikehade määramise |
ELISA |
5DV- TJ66 |
Analüüsimeetod viiruse tuvastamiseks (VI ja/või PCR) ja täiendavaks iseloomustamiseks valitakse sõltuvalt uuringu eesmärgist. Haiguskahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse puhul teostatakse alati ka viiruse tuvastamise teise analüüsimeetodiga.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Surmajärgselt võetavad proovid
- Hiljuti surnud looma korjus tervena (väike loom kuni 5 kg) või organproovid- ajukude ja/või kops.
Elupuhuselt võetavad proovid
- Kuiv tampooniproov ninast, ninaneelust või pärakust.
- Tampooniproovid võtta steriilse tampooniga ja panna katsutisse (mitte kasutada puuvilla tampoone!).
- Vereseerumi või plasma proov võetakse juhul kui soovitakse antikehade uuringut.
Uuringuks sobivaid tampoone väljastavad kõik LABRISe laboratooriumid
(Tartu, Tallinn, Saaremaa) ning proovide vastuvõtt Rakveres
NB! Võimaliku keskkonnasaastuse tõttu EI SOBI proovimaterjaliks väljaheite- ja okseproovid, loomade karvad ja muud keskkonnast võetud tampooniproovid.
Proovide pakkimine
- Iga looma proovid pakitakse eraldi puhtasse taarasse (nt plastkott, võimalusel kasutada soonsulguriga (minigrip) või traadiga suletavat plastkotti).
- Proovid pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
- Organproovid ja korjused toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse neid +4…+6 °C juures maksimaalselt 2 päeva või pikemaajaliselt -20 °C juures.
- Tampooniproovid toimetatakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui proovide kohene transport ei ole võimalik, siis säilitatakse neid +4…+6 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud kaaskiri, mille leiab LABRIS kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale uuritava looma täpne liik ning proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE MAKSIMAALNE AEG
Real-time RT-PCR: kuni 5 tööpäeva
Konventsionaalne RT-PCR ja sekventsanalüüs: kuni 10 tööpäeva
VI ja identifitseerimine: kuni 21 päeva
HAI: kuni 14 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT-PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
Konventsionaalne RT- PCR ja sekventsanalüüs: konventsionaalne pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon ja sekventsanalüüs
VI ja identifitseerimine: viiruse isoleerimine ja identifitseerimine
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
HAI: hemaglutinatsiooni inhibitsiooni test
TÄIENDAV TEAVE
- Molekulaaranalüüsi osakond- 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond- 738 6111 või 50 66 687
Koostatud: 11.07.2023
Koostanud: Imbi Nurmoja, 51 55 026
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Viiruse DNA tuvastamine |
Real-time PCR |
MA-TJ-47 |
Molekulaaranalüüs |
|
Viiruse DNA tuvastamine |
Real-time PCR (Fernandez-Pinero) |
MA-TJ-57 |
|
|
Viiruse vastased antikehad |
ELISA (IDEXX) |
VS-TJ-18 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Viiruse vastased antikehad |
ELISA (IDVET) |
VS-TJ-20 |
|
|
Viiruse vastased antikehad (kinnitav) |
IPT |
VS-TJ-19 |
Analüüsid SAKV täpsemaks iseloomustamiseks
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika LABRISes |
Osakond |
|
Viiruse genoomi molekulaarne identifitseerimine |
Sekveneerimine |
MA-TJ-76* |
Molekulaaranalüüs / EURL (CISA-INIA)** |
|
Viiruse isoleerimine ja hemadsorptsiooni (HAD) test |
Viiruse isoleerimine rakukultuuris |
- |
EURL (CISA-INIA)** |
* meetod akrediteerimata; **allhange
Analüüsid viiruse DNA tuvastamiseks (PCR) teostatakse kõigist uuritavatest maatriksitest nii kodu- kui metssigadel. Kahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse korral teostatakse viiruse tuvastamine vajadusel ka teise PCR meetodiga. Viiruse vastaste antikehade tuvastamine ELISA meetodil viiakse läbi kliendi tellimusel. Kui analüüsitulemus ELISA testiga on kahtlane või positiivne teostatakse alati kinnitav analüüs IPT testiga. Viiruse isoleerimist rakukultuuris, hemadsorptsiooni (HAD) testi, viiruse erinevate geneetiliste markerite määramist ning viiruse kogu genoomi iseloomustamist teostatakse vajadusel nt haiguse epidemioloogia selgitamiseks.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PS! Haigustekitaja võimaliku leviku minimeerimiseks LABRIS piirkondlikud laboratooriumid SAK proove edasisaatmiseks Tartu laboratooriumisse ei vahenda.
Proove laborisse vahendavad PTA piirkondlikud esindused.
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid laboratoorsete analüüside läbiviimiseks võtab veterinaararst, Põllumajandus- ja Toiduameti (PTA) ametnik või nende poolt volitatud isik (nt looma omanik, jahimees), kes tagab proovide nõuetekohase pakkimise ja transpordi laboratooriumisse ning kaaskirja nõuetekohase täitmise.
Proovid elusalt loomadelt või kütitud loomalt
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovid surnud loomadelt
- Organmaterjal - põrn, neer, tonsillid ja lümfisõlmed. Suure looma puhul võib tuua pool neeru ja 1/3 põrna. Kui korjus on lagunenud või nimetatud organid puuduvad, siis võetakse uuringuks reieluu, millest laboratoorselt uuritakse luuüdi.
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Võetakse kodusigade puhangu või selle kahtluse puhul.
PS! Kui seafarmis on tegemist reaalse SAK kahtlusega, siis võetakse proovid vähemalt viielt võimalikult värskelt surnud või haigustunnustega loomalt. Väikefarmide ja kodumajapidamiste puhul võib proovide arv olla väiksem.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. VEREPROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Organ- ning reieluu proove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos prooviga saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavat infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRIS kodulehelt kaaskirjad alt (metssigade uuringuteks, kodusigade uuringuteks).
- Kodusigade puhul peab kaaskirjal olema selgelt loetav uuringu põhjus (nt transport, haigestumine, surnud vm). Loomade haigestumise või suremuse puhul peab kaaskirjal olema info ilmnenud kliiniliste sümptomite, patoloogiliste muutuste ja haigestumise ulatuse kohta.
PS! Juhul, kui tegemist on reaalse haiguskahtlusega kodusigade farmis, siis proovi võtja informeerib laborit proovi(de) saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time PCR: 1-2 tööpäeva
ELISA: 1-2 tööpäev
IPT: 1-2 tööpäev
Viiruse isoleerimine rakukultuuris: 1-2 kuud
Sekveneerimine: 1-2 kuud
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
IPT: immuunoperoksüdaastest
VI: viiruse isoleerimine rakukultuuris
Sekveneerimine: Sanger sekveneerimine
TÄIENDAV INFO analüüsimise kohta
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
Koostatud: Imbi Nurmoja
Koostanud: 20.11.2025
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid laboratoorsete uuringute läbiviimiseks võtab veterinaararst, veterinaarjärelevalveametnik või nende poolt volitatud isik, kes tagab proovide nõuetekohase pakkimise ja transpordi laboratooriumisse ning kaaskirja nõuetekohase täitmise.
Proovid elusloomadelt
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovid surnud loomadelt
- Organmaterjal - põrn, neer, tonsillid (ehk kurgumandlid) ja lümfisõlmed. Suure looma puhul võib tuua pool neeru ja 1/3 põrna.
- Vereproov - punase korgiga seerumkatsutis (ilma lisandita). Proovi kogus vähemal 3 ml.
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut kilekotti.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
- Iga looma proovid pakitakse eraldi kilekottidesse.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- Vereproove +4…+6 °C juures. VEREPROOVE MITTE KÜLMUTADA!
- Organ- ning reieluu proove +4…+6 °C juures või külmutatakse -20 °C juures.
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos prooviga saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavat infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt (metssigade uuringuteks, kodusigade uuringuteks).
- Kaaskirjal peab olema selgelt loetav uuringu põhjus (nt transport, haigestumine, surnud vm). Loomade haigestumise või suremuse puhul peab kaaskirjal olema infot ilmnenud kliiniliste sümptomite, patoloogiliste muutuste ja haigestumise ulatuse kohta.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Real-time RT- PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: 1-2 tööpäev
ANALÜÜSIMEETODID
Real-time RT- PCR: reaalaja pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorptsioonmeetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 19.12.2019
Haiguse tutvustus:
ANALÜÜSIMEETODID
|
Tekitaja uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse antigeeni määramine (serotüüp -O, A, C, ASIA1, SAT1, SAT2) |
ELISA |
|
5DV-TJ-87 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse määramine patoloogilisest materjalist |
RT-PCR |
|
5MA-TJ-17* |
Molekulaaranalüüs |
* meetod akrediteerimata
|
Antikeha uuringud |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Suu- ja sõrataudi O-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
|
5DV-TJ-35 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Suu- ja sõrataudi viiruse mittestruktuurse valgu (SSTV-NS) vastaste antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-53 |
||
|
Suu- ja sõrataudi A-serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-78 |
||
|
Suu- ja sõrataudi ASIA1 serotüübi viiruse antikehade määramine |
ELISA |
5DV-TJ-79 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse A-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-88 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse O-serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-89 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse SAT-2 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-90 |
||
|
Suu- ja sõrataudi viiruse ASIA1 serotüübi antikeha määramine |
ELISA |
5DV-TJ-91 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovid
• Villide epiteel, vähemalt 1 g s.o. 2x2 cm (postmargi-suurune) purunemata ville katvat või äsjapurunenud villide epiteelkude. transportimiseks tuleb epiteeliproovid paigutada spetsiaalsesse transportlahusesse (PBS)
ning hoida jahedas.
• Villide sisu - võetakse ühekordse süstla ja nõelaga steriilsesse katsutisse.
• Vereproov viroloogiliseks uurimiseks. Täisveri viiruse isoleerimiseks. Stabiliseerimiseks kogutakse vereproovid (~5ml) steriilsesse EDTAd sisaldavasse katsutisse.
• Vereproov seroloogiliseks uurimiseks. Vereproovid antikehade tuvastamiseks. Veri (~10ml) kogutakse
steriilsetesse katsutitesse. Konservanti ei lisata.
Hukkunud loomalt lisaks süda.
Proovivõtuks kasutatavad instrumendid ja epiteelkude ei tohi sattuda otsesesse kontakti desinfektandiga, sest see inaktiveerib viiruse kiiresti. Oluline, et proovid võetaks haiguse ägedas staadiumis võimalikult kohe pärast esimeste kliiniliste tunnuste ilmnemist.
Kui proovide võtmine viiruse tuvastamiseks või viiruse isoleerimine on võimatu, siis saadetakse laborisse seerumiproovid paranenud loomadelt spetsiifiliste antikehade leidmiseks ja nende kvantitatiivseks hindamiseks.
Vereproovid võetakse kliiniliselt haigetelt loomadelt ja samas hoones paiknevatelt väliselt tervetelt loomadelt.
Antikehade tiitri tõusu määramiseks on vajalik paarisseerumite testimine.
Proovide pakkimine ja märgistus
• Proov pakitakse lekkekindlalt. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas. Kasutatakse kindlasti mitut konteinerit.
• Nii sisemine kui välimine konteiner sulgeda teibiga ja seejärel väljastpoolt desinfitseerida.
• Iga pakend märgistatakse loetavalt.
• Selline pakend pannakse eraldi karpi, milles on külmkehad.
• Proovid hoida nii jahedas kui võimalik, MITTE LASTA KÜLMUDA.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Teavitada laborit proovide saatmisest. Proovid saadetakse laboratooriumisse lühema võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
• Proovide võtja informeerib laborit proovide saatmisest ja eeldatavast laborisse jõudmise ajast.
• Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
RT- PCR: kuni 5 tööpäeva
ELISA: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
RT-PCR: pöördtranskriptsiooni polümeraasi ahelreaktsioon
ELISA: ensüüm-immuunsorbtsiooni meetod
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefoni 738 6121
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 05.07.2021
Haiguste tutvustused:
Hirvlaste krooniline kurtumustõbi (Chronic Wasting Disease- CWD)
Skreipi ehk lammaste ja kitsede TSE
Veiste spongiformne entsefalopaatia (BSE, "hullu lehma tõbi")
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Transmissiivse spongiformse entsefalopaatia (TSE) tekitaja kvalitatiivne määramine |
ELISA |
5DV-TJ-51 |
Viroloogia-seroloogia |
|
Transmissiivsete Spongiformsete entsefalopaatiate (TSE) uurimine immunohistokeemilisel meetodil |
IHC |
5DH-TJ-10 |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Histoloogiline uuring |
Histoloogiliste preparaatide värvimine hematoksüliini ja eosiiniga |
5DH-TJ-12* |
*meetod ei ole akrediteeritud
Esmalt teostatakse analüüsid TSE tekitaja kvalitatiivseks määramiseks (EIA) piklikajust ja/või ajukoest. Haiguse kahtluse ja/või ebaselge uurimistulemuse korral tehakse uuring histoloogilisel ja immunohistokeemilisel meetodil.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Transmissiivse spongiformse entsefalopaatia (TSE) tekitaja kvalitatiivne määramine.
- Piklikaju ja/või ajukude
Transmissiivsete Spongiformsete entsefalopaatiate (TSE) uurimine immunohistokeemilisel meetodil.
- Aju: obex (ajutüvi) ja väikeaju
- Pea- ja kaelapiirkonna lümfisõlmed
Proovide pakkimine ja märgistus
- Proov pakitakse lekkekindlasse konteinerisse koos looma ID- märgisega. Eriti oluline on, et väline pakkematerjal on saastumata ning puhas.
- Iga pakend märgistatakse loetavalt.
Proovide laborisse saatmine ja säilitamine
Proovid saadetakse laboratooriumisse lühima võimaliku aja jooksul. Kui kohene transport ei ole võimalik, siis proove säilitatakse:
- +4…+6 °C juures. PROOVE MITTE KÜLMUTADA!
Kaaskiri ja laboratooriumi teavitamine
- Koos proovidega saadetakse laborisse korrektselt täidetud ja piisavalt infot sisaldav kaaskiri, mille leiab LABRISe kodulehelt kaaskirjad alt. Oluline on märkida kaaskirjale proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
ELISA: kuni 5 tööpäeva
IHC: kuni 5 tööpäeva
Histoloogia: kuni 5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
ELISA: ensüümse immunosorptsioonanalüüs
IHC: immunohistokeemiline uuring
Histoloogiline uuring
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Viroloogia-seroloogia osakond. Info telefonil 738 6111 või 50 66 687
- Bakterioloogia- patoloogia osakond. Info telefonil 738 6123
Koostatud: Triin Tedersoo
Koostanud: 19.09.2019
Haiguste tutvustused:
Trihhinelloos ja Trichinella infektsioon
PROOVIDE VÕTMINE
- Igalt analüüsitavalt loomalt vähemalt 150 g liha; liha kogus peab olema piisav pärast rasva ja kelmete eemaldamist proovilt. Kui saadetud proovi kogus on ebapiisav, on laboril õigus proov tagasi lükata.
- Proovid tuleks võtta eelislihastest, kus vastsete paiknemine on kõige tõenäolisem.
- Iga uuritava looma proovid tuleb pakkida eraldi. Koondproovid komplekteeritakse laboris, et tagada korrektne proovikogus igalt uuritavalt loomalt.
- Proovipakend tuleb märgistada. Märgistus on eriti oluline, kui laborisse saadetakse ühe kaaskirjaga mitu proovi. Proovide märgistus pakendil ja kaaskirjal peab kokku langema ning olema üheselt arusaadav.
Eelislihased loomaliigiti. Eelislihased ja analüüsiks kasutatav minimaalne lihaste kogus on loomaliigiti määratud kehtivas EL komisjoni määruses, milles kehtestatakse eeskirjad liha ametlikuks kontrolliks keeritsusside suhtes.
|
Loomaliik |
Eelislihased |
Märkused |
|
Metssiga |
Vahelihas |
NB! mälurlihased ei ole metssigadel eelislihased |
|
Karu, ilves, mäger |
Vahelihas |
Karu proove uuritakse ainult 100g individuaalproovina |
|
Kobras |
Vahelihas |
|
|
Hallhüljes |
Vahelihas |
- Eksootilistelt loomadelt proovi võtmisel küsi infot laborist.
PROOVIDE SÄILITAMINE JA SAATMINE LABORISSE
- Proovid jahutada külmiku temperatuurile 2-8° C.
- Vältida proovide läbi külmumist talvisel perioodil – nt. pakendada proovid termokasti. Kui rümp on enne proovi võtmist külmutatud või on proov külmunud, palume teha vastav märge kaaskirjale – analüüsi teostamisel on erisused võrreldes jahutatud lihaga.
- Proovid tuleb saata koos täidetud kaaskirjaga, proovide märgistus kaaskirjal ning proovipakkidel peab klappima.
- Proovid saab tuua LABRISe laboritesse/Rakvere vastuvõtupunkti:
LABRISe laborid:
Tartu: Fr. R. Kreutzwaldi 30, tel. 738 6107; [email protected]
Tallinn: Väike-Paala 3, tel. 5303 2797; [email protected]
Kuressaare: Kohtu 16, tel. 453 1597; [email protected]
LABRISe proovide vastuvõtupunkt:
Rakvere: Piira, Neffi 2, tel. 5336 6424; [email protected]
PROOVIDE UURIMINE
- Kõik proovid uuritakse rahvusvaheliselt tunnustatud analüüsimeetodi ISO 18743:2015 järgi, mis on ühtlasi keeritsusside uurimise referentmeetodiks.
- Analüüsi saab teha ainult lihaskoest – liha kogus peab olema piisav pärast rasva ja kelmete eemaldamist proovilt.
- Karu lihasproove uuritakse ainult 100 g individuaalproovina
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
- Tehisseede meetod: 1-2 tööpäeva
Esmaspäevast reedeni enne kella 10:00 laborisse jõudnud proovid uuritakse reeglina samal päeval.
Analüüsi teostamise aeg võib pikeneda, kui proovide hulk on tavapärasest suurem.
- Positiivsete või kahtlaste leidude kinnitamine vastsete morfoloogia põhjal: 1-2 tööpäeva
- Kahtlaste leidude puhul molekulaarsed kinnitavad uuringud: 1-5 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Uurimismaterjal |
Metoodika |
Osakond |
|
Trichinella spp. määramine tehisseedemeetodil |
tehisseedemeetod |
Lihaskude |
EVS-EN ISO 18743:2015+A1:2023 |
Tartu, bakterioloogia-patoloogia Tallinn Saaremaa |
|
Trihhinella spp. määramine |
Real-time PCR |
Vastsed |
MA-TJ-74* |
Tartu, molekulaaranalüüsi osakond |
|
Trihhinella vastsete liigi määramine |
Konventsionaalne multiplex PCR |
Vastsed |
MA-TJ-24 |
* akrediteerimata meetod
Keeritsussi analüüsideks volitatud laborid on kohustatud positiivse või kahtlase uurimistulemuse korral saatma proovid kinnitavaks uuringuks riiklikku referentlaboratooriumisse - LABRISesse, kus kinnitatakse keeritsusside leid morfoloogia alusel. Kahtlaste leidude puhul ja Eestis levivate keeritsussiliikide kindlakstegemiseks kasutatakse molekulaarseid metoodikaid.
Koostatud: 12.09.2025
Koostanud: Epp Moks
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Diagnostiline lahang |
Korjuse surmajärgne uurimine koos elunditest ja kudedest materjali võtmisega edasisteks uuringuteks |
5DH-TJ-22* 5DH-TJ-23* Pato-anatoomiline* |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Proovivõtu lahang |
Lahang organite eemaldamiseks edasise uurimise eesmärgil või elunditest ja kudedest materjali võtmine edasisteks uuringuteks |
||
|
Histoloogiline uuring |
Elunditest ja kudedest võetud materjali mikroskoopiline uurimine |
mikroskoopiline* |
|
|
Histoloogiline uuring erivärving |
Elunditest ja kudedest võetud materjali mikroskoopiline uurimine |
histoloogiline* |
* meetod akrediteerimata
Vastavalt kliendi soovile, teostatakse kas diagnostiline lahang või proovivõtu lahang. Soovi korral tehakse ka kudede histoloogiline uuring.
Lahangu käigus võetud uurimismaterjalist on võimalik tellida täiendavad bakterioloogilised, parasitoloogilised ja/või viroloogilised uuringud.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
Kreutzwaldi 30, Tartu
LABRISe piirkondlikud laboratooriumid Saaremaal, Tallinnas ja Rakveres loomade korjuseid Tartu laborisse vahendamiseks vastu ei võta. Tartu laborisse transpordi organiseerib loomaomanik või loomaarst, ohtlike haiguste kahtluse korral veterinaarteenistus.
KORJUSTE SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjuste pakkimine
- Korjus toimetatakse laborisse esimesel võimalusel.
- Kui kohe ei saa laborisse tuua, siis jahutatakse äsja surnud/hukkunud/eutaneeritud looma korjus, et vältida uurimismaterjali kiiret roiskumist transpordil.
- Korjus pakitakse lekkekindlalt, kasutades mitut puhast kilekotti.
- Soovitav on panna sisemise pakendi (kilekoti) ümber paberkäterätte või muud imavat materjali, mis võimaliku lekke korral imaks vedeliku.
- Väline pakend peab olema väljastpoolt puhas.
- Võimalusel kasutatakse transpordil termokasti ja külmakehasid, et tagada temperatuur +2…+8⁰C.
Säilitamine
Kui korjuse kohene laborisse viimine ei ole võimalik, siis säilitatakse seda jahedas (soovitavalt temperatuuril +2…+8⁰C). Sellistes tingimustes hoidmisel on proove enamus näitajatele võimalik uurida maksimaalselt 2 päeva pärast looma surma.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
- Kui korjuseid on enam kui üks, siis need märgistatakse, et oleks võimalik edasiselt identifitseerida
- Koos uurimismaterjaliga saadetakse laborisse korrektselt täidetud kaaskiri, kus on loomaomaniku ja loomaarsti nimi ja kontaktandmed, samuti märge selle kohta, kes tasub arve, samuti uue kliendi puhul maksja registrikood (äriühingul) või isikukood (eraisikul)
- Andmed looma kohta: looma ID, loomaliik, vanus, sugu, surma aeg, proovi võtmise koht ja aeg, kiibi olemasolu ja selle number
- Teave haiguse kliinilise pildi ja kulu, kasutatud ravimite kohta
o haigused, mille suhtes soovitakse uuringut
o või uuringuliik ja meetod, mida laboris uurida.
Kui lemmikloomade lahangul ei tuvastata ohtlikku loomataudi, on laboriga kokkuleppel võimalik loom omanikule tagastada (märkida kaaskirjale, kui selline soov on).
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
5-10 tööpäeva
PS! Saatja informeerib loomakorjuse saatmisest labori bakterioloogia-patoloogia osakonda ette.
ANALÜÜSIMEETODID
Diagnostiline lahang: Elundite ja kehaosade haiguslike muutuste (vigastused, haigused) surmajärgne kindlakstegemine, muutuste omavahelise seose ja surma põhjuse väljaselgitamine. Diagnostiline lahang hõlmab korjuse välist vaatlust ning sellele järgnevat siseelundite vaatlust ja makroskoopilist kirjeldamist. Lahangu tulemused väljendatakse kirjalikus vormis lahanguprotokollis, kus on kirjeldatud organite patoanatoomilised muutused ja sellest tulenevad haigused ja/või surma põhjus. Surma põhjuse selgitamisel nimetatakse lisaks ka kaasuvad haigused ja muud kõrvalekalded. Vajadusel võetakse ka elunditest ja kudedest materjal edasisteks uuringuteks.
Proovivõtu lahang: Lahang organite eemaldamiseks edasise uurimise eesmärgil, kus lahangu järgselt kirjalikku lahanguprotokolli ei väljasta ning lahkaja annab üldise hinnangu siseorganite patoanatoomilistele muutustele.
Histoloogiline uuring – Elunditest ja kudedest võetud materjali hematoksüliin-eosiiniga värvitud preparaatide mikroskoopiline uurimine kudede terviklikkuse ja haiguspuhuste muutuste hindamiseks. Mikroskoobi all vaadeldakse muutusi üksikute elundite ja elundsüsteemide kaupa ning hinnatakse koe/raku tasandil esinevaid muutusi mikroskopeerimise teel.
Histoloogiline uuring erivärvinguga – vajadusel lisauuringuna teostatav analüüs, kus histoloogiline preparaat värvitakse spetsiaalse värviga erinevate haiguslike protsessidega kaasnevate koemuutuste, põletikust tingitud koekahjustuste, täpsustamaks kasvaja liiki, haigustekitajate (bakterid, parasiidid) jms visualiseerimiseks.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, patoloogia labor, telefon 738 6123 (kui ei vasta, siis 7386 120, bakterioloogia labor)
Koostatud: 09.10.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Diagnostiline lahang |
Korjuse surmajärgne uurimine koos elunditest ja kudedest materjali võtmisega edasisteks uuringuteks |
Pato-anatoomiline* |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Proovivõtu lahang** |
Lahang organite eemaldamiseks edasise uurimise eesmärgil või elunditest ja kudedest materjali võtmine edasisteks uuringuteks |
||
|
Histoloogiline uuring |
Elunditest ja kudedest võetud materjali mikroskoopiline uurimine |
mikroskoopiline* |
|
|
Histoloogiline uuring erivärving |
Elunditest ja kudedest võetud materjali mikroskoopiline uurimine |
histoloogiline* |
* meetod akrediteerimata
**Kuni 10 päevastel tibudel ei lisandu proovivõtulahangu hinda
Vastavalt kliendi soovile, teostatakse kas diagnostiline lahang või proovivõtu lahang. Soovi korral tehakse ka kudede histoloogiline uuring.
Lahangu käigus võetud uurimismaterjalist on võimalik tellida täiendavad bakterioloogilised, parasitoloogilised ja/või viroloogilised uuringud.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
LABRISe piirkondlikud laboratooriumid Saaremaal, Tallinnas ja Rakveres lindude korjuseid Tartu laborisse vahendamiseks vastu ei võta.
Tartu laborisse transpordi organiseerib loomaomanik või loomaarst, ohtlike haiguste kahtluse korral veterinaarteenistus.
KORJUSTE VÕI ORGANMATERJALI SÄILITAMINE JA SAATMINE
Pakkimine
- Linnukorjus või lindude organmaterjal jahutatakse enne pakkimist, et vältida uurimismaterjali kiiret roiskumist transpordil.
- Kõik diagnostiliseks uuringuks saadetavad proovid sh korjus pakitakse lekkekindlalt, kasutades mitut puhast kilekotti.
- Soovitav on panna sisemise pakendi (kilekoti) ümber paberkäterätte või muud imavat materjali, mis võimaliku lekke korral imaks vedeliku.
- Väline pakend peab olema väljastpoolt puhas.
- Võimalusel kasutatakse transpordil termokasti ja külmakehasid, et tagada temperatuur +2…+8⁰C.
Säilitamine
Kui korjuse või organmaterjali kohene laborisse viimine ei ole võimalik, siis säilitatakse seda jahedas (soovitavalt temperatuuril +2…+8⁰C). Sellistes tingimustes hoidmisel on proove enamus näitajatele võimalik uurida maksimaalselt 2 päeva pärast looma surma.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
- Proovid märgistatakse nii, et uurimismaterjal oleks tuvastatav.
- Koos uurimismaterjaliga saadetakse laborisse korrektselt täidetud kaaskiri, kus on omaniku ja loomaarsti nimi ning kontaktandmed, samuti märge selle kohta, kes tasub arve. Uue kliendi puhul maksja registrikood (äriühingul) või isikukood (eraisikul)
- Andmed linnu kohta: linnuliik, vanus, sugu, surma aeg, proovi võtmise koht ja aeg
- Teave haiguse kliinilise pildi ja kulu, kasutatud ravimite kohta
o haigused, mille suhtes soovitakse uuringut
o või uuringuliik ja meetod, mida laboris uurida.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
5-10 tööpäeva
PS! Saatja informeerib enam kui kolme täiskasvanud linnu korjuse (välja arvatud tibud, kuni 10 päevased tibud 10 tibu) saatmisest labori bakterioloogia- patoloogia osakonda ette. Sellega tagatakse, et uurimiseks saadetakse õige proovimaterjal ning seda hoitakse enne laborisse jõudmist uuringu nõuetele vastavalt.
ANALÜÜSIMEETODID
Diagnostiline lahang: Elundite ja kehaosade haiguslike muutuste (vigastused, haigused) surmajärgne kindlakstegemine, muutuste omavahelise seose ja surma põhjuse väljaselgitamine. Diagnostiline lahang hõlmab korjuse välist vaatlust ning sellele järgnevat siseelundite vaatlust ja makroskoopilist kirjeldamist. Lahangu tulemused väljendatakse kirjalikus vormis lahanguprotokollis, kus on kirjeldatud organite patoanatoomilised muutused ja sellest tulenevad haigused ja/või surma põhjus. Surma põhjuse selgitamisel nimetatakse lisaks ka kaasuvad haigused ja muud kõrvalekalded. Vajadusel võetakse ka elunditest ja kudedest materjal edasisteks uuringuteks.
Proovivõtu lahang: Lahang organite eemaldamiseks edasise uurimise eesmärgil, kus lahangu järgselt kirjalikku lahanguprotokolli ei väljasta ning lahkaja annab üldise hinnangu siseorganite patoanatoomilistele muutustele.
Histoloogiline uuring – Elunditest ja kudedest võetud materjali hematoksüliin-eosiiniga värvitud preparaatide mikroskoopiline uurimine kudede terviklikkuse ja haiguspuhuste muutuste hindamiseks. Mikroskoobi all vaadeldakse muutusi üksikute elundite ja elundsüsteemide kaupa ning hinnatakse koe/raku tasandil esinevaid muutusi mikroskopeerimise teel.
Histoloogiline uuring erivärvinguga – vajadusel lisauuringuna teostatav analüüs, kus histoloogiline preparaat värvitakse spetsiaalse värviga erinevate haiguslike protsessidega kaasnevate koemuutuste, põletikust tingitud koekahjustuste, täpsustamaks kasvaja liiki, haigustekitajate (bakterid, parasiidid) jms visualiseerimiseks.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, patoloogia labor, telefon 738 6123 (kui ei vasta, siis 7386 120, bakterioloogia labor)
Koostatud: 10.10.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
ANALÜÜSIMEETODID
|
Analüüs |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Diagnostiline lahang** |
Korjuse surmajärgne uurimine koos elunditest ja kudedest materjali võtmisega edasisteks uuringuteks |
Pato-anatoomiline* |
Bakterioloogia-patoloogia |
|
Proovivõtu lahang** |
Lahang organite eemaldamiseks edasise uurimise eesmärgil või elunditest ja kudedest materjali võtmine edasisteks uuringuteks |
||
|
Histoloogiline uuring |
Elunditest ja kudedest võetud materjali mikroskoopiline uurimine |
mikroskoopiline* |
|
|
Histoloogiline uuring erivärving |
Elunditest ja kudedest võetud materjali mikroskoopiline uurimine |
histoloogiline* |
* meetod akrediteerimata
** Veis ja hobune kuni 1 kuu vanuseni; lammas ja kits kuni 6 kuu vanuseni; siga kuni 2 kuu vanuseni.
Vastavalt kliendi soovile, teostatakse kas diagnostiline lahang või proovivõtu lahang. Soovi korral tehakse ka kudede histoloogiline uuring.
Lahangu käigus võetud uurimismaterjalist on võimalik tellida täiendavad bakterioloogilised, parasitoloogilised ja/või viroloogilised uuringud (lisandub nendele uuringutele kuluv aeg ja hind).
Suuremate loomade ning hulgisuremuse korral korjuseid laborisse ei saadeta, korjustelt võtab laboratoorseteks uuringuteks organmaterjali loomaarst..
Marutaudi uuringuks saadetakse laborisse üldjuhul looma pea; veise, hobuse ja teiste suurte loomade puhul aju.
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu
LABRISe piirkondlikud laboratooriumid loomade korjuseid Tartu laborisse vahendamiseks vastu ei võta. LABRISe Tartu laborisse transpordi organiseerib loomaomanik või loomaarst, ohtlike haiguste kahtluse korral veterinaarteenistus.
KORJUSTE VÕI ORGANMATERJALI SÄILITAMINE JA SAATMINE
Pakkimine
- Äsja surnud/hukatud/hädatapetud looma korjus või organmaterjal jahutatakse enne pakkimist, et vältida uurimismaterjali kiiret roiskumist transpordil.
- Kõik diagnostiliseks uuringuks saadetavad proovid sh korjus pakitakse lekkekindlalt, kasutades mitut puhast kilekotti.
- Soovitav on panna sisemise pakendi (kilekoti) ümber paberkäterätte või muud imavat materjali, mis võimaliku lekke korral imaks vedeliku.
- Väline pakend peab olema väljastpoolt puhas.
- Võimalusel kasutatakse transpordil termokasti ja külmakehasid, et tagada temperatuur +2…+8⁰C.
Säilitamine
Kui korjuse või organmaterjali kohene laborisse viimine ei ole võimalik, siis säilitatakse seda jahedas (soovitavalt temperatuuril +2…+8⁰C). Sellistes tingimustes hoidmisel on proove enamus näitajatele võimalik uurida maksimaalselt 2 päeva pärast looma surma.
Proovide märgistamine ja kaaskiri
- Proovid märgistatakse nii, et oleks tuvastatav looma ID ja uurimismaterjal.
- Koos uurimismaterjaliga saadetakse laborisse korrektselt täidetud kaaskiri, kus on loomaomaniku ja loomaarsti nimi ja kontaktandmed, samuti märge selle kohta, kes tasub arve, samuti uue kliendi puhul maksja registrikood (äriühingul) või isikukood (eraisikul)
- Andmed looma kohta: looma ID, loomaliik, vanus, sugu, surma aeg, proovi võtmise koht ja aeg
- Teave haiguse kliinilise pildi ja kulu, kasutatud ravimite kohta
o haigused, mille suhtes soovitakse uuringut
o või uuringuliik ja meetod, mida laboris uurida.
PS! Saatja informeerib loomakorjuse saatmisest labori bakterioloogia-patoloogia osakonda ette. Laboris on võimalik uurida kuni ühe kuu vanuse veise ja hobuse korjust, kuni 6 kuu vanuse lamba või kitse korjust või kuni 2 kuu vanust siga.
ANALÜÜSI TEOSTAMISE AEG
5-10 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Diagnostiline lahang: Elundite ja kehaosade haiguslike muutuste (vigastused, haigused) surmajärgne kindlakstegemine, muutuste omavahelise seose ja surma põhjuse väljaselgitamine. Diagnostiline lahang hõlmab korjuse välist vaatlust ning sellele järgnevat siseelundite vaatlust ja makroskoopilist kirjeldamist. Lahangu tulemused väljendatakse kirjalikus vormis lahanguprotokollis, kus on kirjeldatud organite patoanatoomilised muutused ja sellest tulenevad haigused ja/või surma põhjus. Surma põhjuse selgitamisel nimetatakse lisaks ka kaasuvad haigused ja muud kõrvalekalded. Vajadusel võetakse ka elunditest ja kudedest materjal edasisteks uuringuteks.
Proovivõtu lahang: Lahang organite eemaldamiseks edasise uurimise eesmärgil, kus lahangu järgselt kirjalikku lahanguprotokolli ei väljasta ning lahkaja annab üldise hinnangu siseorganite patoanatoomilistele muutustele.
Histoloogiline uuring – Elunditest ja kudedest võetud materjali hematoksüliin-eosiiniga värvitud preparaatide mikroskoopiline uurimine kudede terviklikkuse ja haiguspuhuste muutuste hindamiseks. Mikroskoobi all vaadeldakse muutusi üksikute elundite ja elundsüsteemide kaupa ning hinnatakse koe/raku tasandil esinevaid muutusi mikroskopeerimise teel.
Histoloogiline uuring erivärvinguga – vajadusel lisauuringuna teostatav analüüs, kus histoloogiline preparaat värvitakse spetsiaalse värviga erinevate haiguslike protsessidega kaasnevate koemuutuste, põletikust tingitud koekahjustuste, täpsustamaks kasvaja liiki, haigustekitajate (bakterid, parasiidid) jms visualiseerimiseks.
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond, patoloogia labor, telefon 738 6123 (kui ei vasta, siis 7386 120, bakterioloogia labor)
Koostatud: 10.10.2019
Koostanud: Triin Tedersoo
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil ning EÜ määrustel 517/2011 (munakanad), 200/2010 (sugulinnud) ja 200/2012 (broilerid)
ANALÜÜSIMEETODID
|
Uuring |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Salmonella spp |
Bakterioloogiline |
EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) |
Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
|
Salmonella spp |
real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
|
Tekitaja |
Meetod |
Metoodika |
Osakond |
|
Salmonella spp. serotüpiseerimine |
Serotüpiseerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
|
S. Enteritidis |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu laboratoorium - Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
Proovivõtuvahendite (jalatsikatete/proovivõtusokkide, kangaslappide (käsnade) ja niisutusvedelike tellimiseks palume võtta ühendust uurimist teostava laboratooriumiga, samuti leppida kokku proovide saabumise aeg.
Proovivõtukava (prooviliigi valik, sagedus ja proovide arv) on enesekontrolliplaaniga vastavuses ning kooskõlastatud järelevalveasutusega. Proovid võtab koolitatud proovivõtja.
Proovivõtusagedus: Vähemalt iga viieteistkümne nädala järel. Esimene proov võetakse 24 (+/– 2) nädala vanustelt kanadelt.
|
Lindla tüüp |
Proovivõtt |
|
|
Vabapidamisega kanala. |
2 paari proovivõtusokkidega võetud proovid (iga paariga 50% hoone põrandapinnalt) |
|
|
Enamik väljaheiteid koristatakse sõnnikukonveieri süsteemiga |
ühe paari proovivõtusokkidega võetud proov + vähemalt kahe kangaslapiga võetud proovi kõikidelt juurdepääsetavatelt konveierlintidelt |
|
|
Õrrekanala |
2 paari proovivõtusokkidega võetud proovid |
|
|
Mitmetasandiline õrrekanala. Enamik väljaheiteid koristatakse sõnnikukonveieri süsteemiga |
Ühe paari proovivõtusokkidega võetud proov + vähemalt kahe kangaslapiga võetud proovi kõikidelt juurdepääsetavatelt konveierlintidelt |
|
|
Puurikanala. Lintide või skreeperiteta astmelised puurisüsteemid |
2x150 g rooja liitproov sõnnikuhoidlast (segunenud värske väljaheide 60 erinevast kohast) |
|
|
Kraabitsatega sõnnikueemaldamise süsteem |
võimalusel |
2x150 g rooja liitproov kraabitsatele loomulikul moel kogunenud väljaheidetest |
|
kui ei kogune piisavalt väljaheiteid |
Vähemalt 4 kangaslapiga võetud proovid kraabitsatelt |
|
|
Transportöörlintidega sõnnikueemaldamise süsteem |
võimalusel |
2x150 g liitproov iga puurirea all asuvatest sõnnikukonveieri lintide väljalaskeotstele loomulikul moel kogunenud väljaheidetest |
|
kui ei kogune piisavalt väljaheiteid |
Vähemalt 4 kangaslapiga võetud proovid lintide väljalaskeotstest |
|
Proovivõtusagedus: proovivõtt kõikidelt broilerikarjadelt kolme nädala jooksul enne tapmist
|
Tavajuhul |
Väikesed karjad (vähem kui 100 broileriga) |
|
2 paari proovivõtusokkidega võetud proovid* |
Kui ruumikitsikuse tõttu pole võimalik kasutada proovivõtusokke, võib kasutada kangasslappe või mõnda muud meetodit |
* järelevalveasutus võib lubada asendada ühe sokiproovi 100 grammi tolmuprooviga või kangaslappidega võetud tolmuproovidega
Proovivõtt kõikidelt broilerikarjadelt kolme nädala jooksul enne tapmist
Proovivõtusagedus:
a) nelja nädala jooksul pärast munemisperioodi algust või munemisüksusesse saatmist;
b) munemisperioodi lõpus kõige varem kaheksa nädalat enne tootmistsükli lõppu;
c) tootmise kestel mis tahes ajal, mis jääb punktides a ja b nimetatud proovide võtmise aegadest piisavalt kaugele.
|
Lindla tüüp |
Proovivõtt |
|
|
Vabapidamisega kanala |
5 paari proovivõtusokkidega võetud proovid (iga paariga 20% hoone põrandapinnalt) või üks paar proovivõtusokkidega ja üks tolmuproov (proovikonteinerisse kogutud tolm või kangaslappidega võetud proov) või võetakse juhuvalimina lindla erinevatest kohtadest vähemalt 1-grammised proovid 200–300 kohast lindlas (sõltuvalt karja suurusest) |
|
|
Kui lindudel on vaba juurdepääs enam kui ühele lindlale konkreetses ettevõttes |
vähemalt 1-grammised proovid võetakse 200–300 kohast vastavast hoonerühmast (sõltuvalt karja suurusest) |
|
|
Enamik väljaheiteid koristatakse sõnnikukonveieri süsteemiga |
ühe paari proovivõtusokkidega võetud proov + vähemalt kahe kangaslapiga võetud proovi kõikidelt juurdepääsetavatelt konveierlintidelt |
|
|
Õrrekanala |
2 paari proovivõtusokkidega võetud proovid |
|
|
Mitmetasandiline õrrekanala. Enamik väljaheiteid koristatakse sõnnikukonveieri süsteemiga |
Ühe paari proovivõtusokkidega võetud proov + vähemalt kahe kangaslapiga võetud proovi kõikidelt juurdepääsetavatelt konveierlintidelt |
|
|
Puurikanala. Lintide või skreeperiteta astmelised puurisüsteemid |
2x150 g rooja liitproov sõnnikuhoidlast |
|
|
Kraabitsatega sõnnikueemaldamise süsteem |
võimalusel |
2x150 g rooja liitproov kraabitsatele loomulikul moel kogunenud väljaheidetest |
|
kui ei kogune piisavalt väljaheiteid |
Vähemalt 4 kangaslapiga võetud proovid kraabitsatelt |
|
|
Transportöörlintidega sõnnikueemaldamise süsteem |
võimalusel |
2x150 g liitproov iga puurirea all asuvatest sõnnikukonveieri lintide väljalaskeotstele loomulikul moel kogunenud väljaheidetest |
|
kui ei kogune piisavalt väljaheiteid |
Vähemalt 4 kangaslapiga võetud proovid lintide väljalaskeotstest |
|
Proovide liik:
A. Sokiproovid - õrre- ja/või vabapidamisega lindlates.
B. Väljaheite liitproovid – puuridega lindlates; ka õrre- ja vabapidamisega lindlates ühe osana proovist
C. Kangaslapiproovid - kui võetakse proov kuivadelt pindadelt, peavad lapid olema sobiva lahjendiga niisutatud.
C.1. roojaproovid
C.2. tolmuproov
D. Tolmuproov
Pesu ja desinfitseerimise järgsel proovivõtul järgitakse eraldi juhendit.
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Proovivõtuks vajalike vahendite nimekirja leiab vastava proovi võtmise juhise juures.
Niisutusvedelikuna võib kasutada peptoon-soolalahust, puhverdatud peptoonvett või steriilset vett, nende puudumisel puhast joogivett.
Muud vahendid (hangib proovi võtja): vajalik kaitseriietus, tolmuproovi võtmisel ka tolmumask, ühekordsed kindad, puhtad ühekordsed lusikad või spaatlid proovide võtmiseks, kilekotid proovide pakkimiseks, veekindel marker, kaaskiri, kirjutusvahend, jäätmekott kasutatud vahenditele, soovitavalt jahutuselementidega termokast.
A. Sokiproovide võtmine
Vahendid
- Ühekordsed kilesaapad (jalatsikatted) ja proovivõtusokid (paaride arv vastavalt proovivõtukavale).
- Kui proovivõtusokid ei ole eelniisutatud, siis ka niisutusvedelik nende immutamiseks.
- Kilekotid, proovikonteiner.
Proovivõtutehnika
- Proovivõtualale jõudes pane jalga puhtad jalatsikatted ning kätte ühekordsed kindad ja alles seejärel tõmba jalga proovivõtusokid.
- Proovide võtmiseks peavad proovivõtusokid olema niisked. Selleks kasuta kas eelniisutatud proovivõtusokke või niisuta neid enne jalga panemist (pane proovivõtusokid niisutusvedelikku sisaldavasse konteinerisse/kilekotti või vala proovivõtualal jalga pandud proovivõtusokkidele niisutusvedelikku.
- Proovi võtmise alal kõndida väikeste sammudega etteantud pinnal erinevates piirkondades, kus on põrandal allapanu või on restpõrandad, millele on kogunenud roe või on jooturite ümbruses vedel väljaheide.
- Kõndimise trajektoor peab hõlmama nii allapanu kui ka võrkpõrandat (kui sellel kõndimine on ohutu).
- Proovivõtusokkide jalast eemaldamisel keera need teist pidi, et kogutud materjal ei pudeneks maha ning pane need konteinerisse/kilekotti.
- Pane jalga järgmised sokid ning jätka proovivõttu, võttes kogu hoone põrandapinnalt nõutud hulga proove.
- Kui proove võetakse mitmest hoonest, siis vahel vahetatakse ka kindaid ning jalatsikatteid.
- Kui kõik proovid on võetud, pannakse kõik proove sisaldavad kotid ühte täiendavasse kilekotti.
B. Väljaheite liitproovide võtmine
Vahendid (hangib proovivõtja)
- Ühekordsed lusikad või spaatlid proovide kogumiseks.
- Kilekotid, proovikonteiner.
Proovivõtutehnika
- Lintide või kaabitsatega süsteemi korral peavad proovivõtupäeval peavad need olema töötanud. Proovid võetakse pärast nende töötamise lõppu.
- Kogutakse vastavalt skeemidele värsket rooja ette nähtud proovivõtualalt vähemalt 2x150 grammi.
- Mitmekorruseliste puuridega süsteemi korral peab iga korruse väljaheitekogum olema proovis esindatud.
- Konteineri kasutamisel täita see kuni 2/3 anuma mahust.
- Kui kõik proovid on võetud, pannakse kõik proove sisaldavad kotid ühte täiendavasse kilekotti.
C. Kangaslappidega proovi võtmine
Vahendid
- Proovivõtuks ette nähtud kangaslapid, võivad olla kootud või mittekootud materjalist. (Kasutada võib ka abrasiivset käsna või proovivõtusokke käsitsi proovide võtmiseks).
- Niisutusvedelik, kui proovivõtuvahendid pole eelniisutatud.
- Kilekotid või proovikonteinerid (hangib proovivõtja)
C.1. Väljaheiteproovid
Proovivõtutehnika
Proovivõtupäeval peavad lindid ja kraabitsad olema töötanud. Proovid võetakse pärast nende töötamise lõppu.
- Enne proovivõttu pane kätte puhtad ühekordsed kindad.
- Võib kasutada nn. „pööratud koti tehnikat – kus uus ja puhas kilekott pannakse sellesse kätte, millega proov kogutakse.
- Iga niisutatud kangaslapiga hõõru aktiivselt üle valitud pinna (sõltuvalt tehnoloogiast kõigilt ligipääsetavatelt aladelt konveierlintide väljalaske otste piirkonnast, kraabitsatelt, väljaheidetega saastunud pindadelt).
- Kui kangaslapi pind on määrdunud, voldi kangas nii, et kogu selle pind saaks mõlemalt poolt kaetud lintidelt, kaabitsatelt või lintide puhastussüsteemidelt saadud väljaheidetega.
- Iga kangaslapiga võta proov minimaalselt 1 m2 (100x100 cm).
- Võta proovid võimalikult suurelt alalt kõikide juurdepääsetavate konveierlintide väljalaskeotsas.
- Kui proov on võetud, pööratakse kilekott ümber, nii et proovilapp jääb kotti ning kott suletakse.
- Korda protseduuri kuni vajalik arv proove on kogutud.
- Kui kõik proovid on võetud, pannakse kõik proove sisaldavad kotid ühte täiendavasse kilekotti.
C.2. Tolmuproov
Niisutatud kangaslappidega võetud tolmuproov (võib võtta samaaegselt sokiproovide võtmisega)
Proovivõtutehnika
- Kanna ühekordseid kindaid, soovitav on kanda tolmumaski.
- Iga tolmuproov peab koosnema proovivõtuskeemis ette nähtud arvust niisutatud kangaslapi proovist.
- Kangaslapp volditakse lahti ning hõõrutakse sellega sisustuse tolmuseid pindu hoone erinevates kohtades, kus on nähtavalt tolmu kogunenud. Kokku võetakse proov vähemalt 1 m2 (100x100 cm) pindalalt.
- Kogu lapp peaks olema mõlemalt poolt tolmuga kaetud.
- Pane kangaslapp ettevaatlikult kilekotti, see sule korralikult ning võta järgmised proovid.
- Kui kõik proovid on võetud, pane kõik proove sisaldavad kotid ühte (suuremasse) kilekotti.
D Konteinerisse kogutud tolmuproov
- 100 g tolmuproovi kogutakse kinnastatud käega (või harjakest kasutades) hoone mitmest kohast pindadelt, kus tolmu on näha (võib koguda samaaegselt sokiproovide võtmisega)
Proovide pakkimine ja märgistus
Puhtad ja korralikult suletud konteinerid/kilekotid pakitakse täiendavalt kilekotti, soovitavalt koos absorbeeriva materjaliga (näiteks paberkäterätik). Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Kaaskirjal märgi ära millised proovid uurida koondproovina.
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul. Täpsemat infot küsida laborist.
Vt. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
- LABRIS Tallinn. Info telefonil 5305 2553 või 5303 2797
- LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Fotod: Sodibox.
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Loomakasvatushoonest Salmonella analüüsiks pinnaproovide võtmine puhastamise ja desinfitseerimise kontrolliks
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil.
ANALÜÜSIMEETODID
| Uuring | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp | bakterioloogiline | EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) | Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
| Salmonella spp. | real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
| Tekitaja | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp. serotüpeerimine | Serotüpeerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
| S. Enteritidis | 5MA-TJ-70 |
ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
Kõik eelpool loetletud meetodid:
- LABRIS Tartu laboratoorium - Kreutzwaldi 30, Tartu
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- Proovid võtab koolitatud proovivõtja
- Kui proovivõtt toimub loomakasvatushoonest vahetult desojärgselt, lastakse enne proovivõttu kõigil pindadel kuivada.
- Kuivadelt pindadelt võetakse pinnaproovid niisutatud proovivõtuvahenditega.
- Näited kohtadest, kust proove võtta:
Seinte ja põrandate pinnad, jooturid, sööturid, pesakastid, vaheseinad, liigutatavad vahendid näiteks kaalud, ventilatsioonikanalid, kandurid, eendid, kontrollpaneelid, eesruumid või teenindusruumide põrandad. Kui konveiersüsteem läbib puuris peetavate munakanade hoonet, siis võtta proovid ka konveiersüsteemilt.
Proovivõtuks vajalikud vahendid
- Proovivõtuvahendid: proovivõtusokkide paar või kangaslapp (või abrasiivne käsn)
- Niisutusvedelik proovivõtuvahendite niisutamiseks (kui kahtlustatakse desoaine vahetut mõju proovi analüüsitulemusele, siis kasutatakse suuremat kogust puhverdatud peptoonvett (225 ml proovi kohta) või neutraliseerivat lahust).
- Proovivõtukonteiner
Muud vahendid: ühekordsed kindad, proovivõtusokkide kasutamisel lisaks ühekordsed kilesaapad, veekindel marker, kaaskiri, kirjutusvahend, plastikkotid proovi täiendavaks pakkimiseks, jahutuselementidega termokast.
Proovivõtulapiga (käsnaga) pinnaproovi võtmine
Pannakse kätte puhtad kindad ning seejärel hõõrutakse aktiivselt proovivõtulapiga valitud pindasid. Proovivõtt peaks hõlmama kõiki välja valitud pindu ja proovivõtupind peab olema vähemalt 1 m2. Soovitav on kasutada lapi mõlemat poolt, et proov saaks võetud võimalikult suurelt pinnalt. Kui on vaja proove võtta raskesti ligipääsetavatelt pindadelt, võib kangaslapi mähkida steriilse ühekordselt kasutatava puuspaatli või mõne muu steriilse instrumendi (korduskasutatavad vahendid on steriilitud kuumusega, või desoainega, mille kasutamine ei jäta jääke). Mitmes tsoonis proovi võtmisel vahetada kindaid ja võtta uus proovivõtulapp. Alternatiivselt võib kasutada proovivõtukäsna.
Proovivõtusokkidega pinnaproovi võtmine
Proovivõtukohas pannakse jalga kilesaapad, neile tõmmatakse peale niisutatud proovivõtusokid. Niisutamine toimub kas proovivõtusokkidele niisutusvedelikku peale valades või niisutatakse neid enne jalga panemist niisutusvedeliku konteinerisse asetades. Võetakse esinduslik proov, kõndides näiteks lindlas vähemalt 100 sammu hoone kohta. Järgmises tsoonis proovi võtmisel vahetada kindaid, kilesaapaid ja panna jalga uued proovivõtusokid.
Vajadusel saab proovisokke kasutada ka käsitsi muudelt pindadelt proovide võtmiseks.
- Proovivõtusokkide paar või üks kangaslapp panna kohe pärast proovivõttu 225 ml puhverdatud peptoonveega anumasse (mis on parim viis proovi omaduste säilitamiseks).
- Kui eeldatavalt ei jõua proovid 24 h jooksul uurimist läbi viivasse laborisse, on soovitav kasutada proovide eelniisutamiseks neutraliseerivat lahust.
Proovivõtuvahendite ja niisutusvedelike tellimiseks palume võtta ühendust uurimist teostava laboratooriumiga, samuti leppida kokku proovide saabumise aeg.
Proovide pakkimine ja märgistus
Puhtad, korralikult suletud ja korrektselt märgistatud konteinerid pakitakse kilekotti, soovivalt on lisada sinna absorbeerivat materjali (näiteks paberkäterätik). Proovid asetada jahutuselementidega termokastidesse, et tagada vastavus ettenähtud säilitustingimustele: 2º-10º C juures.
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt, täidetakse nõuetekohaselt. Lisatakse info, et proov on võetud puhastamise ja deso kontrolli eesmärgil. Kui kasutatakse neutraliseerivat lahust, tuleb see märkida kaaskirjale. Mitme proovi korral märkida, kas laboratoorium uurib proove koondproovina või eraldi. Oluline on kirjutada kaaskirjale pindala, millelt proov on võetud, proovi võtmise täpne kuupäev ja kellaaeg.
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul jahutuselementidega termokastis, mis tagab mikroobide eluvõimelisuse. Deso järgselt võetud proov puhverdatud peptoonveega anumas peab jõudma uurimist läbi viivasse laborisse 24 h jooksul.
Vt. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
- LABRIS Tallinn. Info telefonil 603 5821 või 603 5822
- LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2020
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil
ANALÜÜSIMEETODID
| Uuring | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp | bakterioloogiline | EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) | Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
| Salmonella spp. | real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
| Tekitaja | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp. serotüpeerimine | Serotüpeerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
| S. Enteritidis | 5MA-TJ-70 |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu laboratoorium - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- Proovid võtab koolitatud proovivõtja
- Proovide arv sõltub karja suurusest, proovide valim peaks olema hoone suhtes representatiivne.
- Värskeid proove on tavaliselt lihtsam koguda vahetult pärast loomade söötmist, kuna söötmine stimuleerib defekatsiooni.
Proovivõtuvahendid
- ühekordsed kindad (rektaalkindad);
- ühekordsed kindad (vinüül-, lateks- või nitriilkindad);
- ühekordsed spaatlid või plastist supilusikad;
- proovianumad (minimaalselt 120 ml lekkekindlalt suletava kaanega plastikust proovipurgid);
- suuremad kilekotid (ca 5 l), soovitavalt sulguriga;
- desovahendina 70% etanool või etanooliga niisutatud salvrätid;
- etiketid või veekindel marker;
- kaaskirja blankett;
- jäätmekott.
Individuaalproovide võtmine – võetakse veistelt pärasoolest või kohe pärast defekatsiooni.
- Iga loom jaoks uut rektaalkinnast. Proov võetakse otse pärasoolest.
- Defekatsiooni järgselt kogutakse proov põrandalt, vältides proovi võtmist põrandaga kokku puutunud pinnalt.
- Kindalt võetakse spaatli või plastlusikaga proov ning pannakse proovianumasse, seejärel visatakse lusikas prügikotti.
- Kokku võetakse vähemalt 25 grammi materjali. Proovianum täidetakse kuni 2/3 mahust. Anum suletakse tihedalt kaanega.
- Kui proovianum proovi võtmisel väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proov märgistatakse selgelt loetava järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit (täpsem info proovi kohta on kaaskirjal).
- Iga järgmise looma jaoks kasutatakse uusi ühekordseid proovivõtuvahendeid.
Liit-koproproovide võtmine (aedikuproovid noorloomadelt)
Liit-koproproovid (või loomulikult segunenud väljaheiteproovid) - võetakse rühmana aedikutes peetavatelt loomadelt vanuse- või pidamisrühmade kaupa kui individuaalproovi pole võimalik võtta.
- Ühe lusikaga võetakse üks liitproov. Koproproovid kogutakse põrandalt erinevatest kohtadest nii, et proov esindab aedikus olevaid loomi.
- Kui väljaheidete hunnikud on eristatavad, võetakse spaatli või ühekordse lusikaga proov paljudest erinevatest hunnikutest. Eelistada värsket, veel sooja ning põrandaga kokku puutumata osa väljaheitest.
- Kui roe on loomulikult segunenud, siis võetakse proov põrandalt vähemalt viiest erinevast kohast (vastavalt proovivõtuskeemile ning aediku suurusele võib see arv olla suurem).
- Ühte proovianumasse võib koguda 5–10 enam-vähem sama suurusega koproproovi osa (a´5 g). Proovi suurus on vähemalt 25 g, anum täidetakse kuni 2/3 mahust.
- Kui proovianum väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proovid märgistatakse selgelt loetavate järjekorranumbritega, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit.
- Iga uue liitproovi võtmiseks vahetatakse kindaid ja võetakse uus spaatel/lusikas.
Alternatiivideks on sokiproovid, lapiga võetud põrandaproovid ja tolmuproovid. (Haigustunnuste korral vasikatel ka tampooniproovid.)
Proovide pakkimine ja märgistus
Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Väliselt puhtad, korralikult suletud ja korrektselt märgistatud konteinerid pakitakse kilekotti, soovivalt on lisada sinna absorbeerivat materjali (näiteks paberkäterätikud).
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Aedikutest võetud liitproovid: märgi ära, mitmest aedikust on proovid võetud ning märgista proovid aedikute kaupa nii, et neid on võimalik eristada.
Märgi ära uurimise viis: kas labor uurib iga võetud proovi eraldi või koondproovina (ning millised proovid võib koondada).
Kui kaaskiri pole üheselt arusaadav, põhjustab see viivitust uuringu alustamisel (vajadus küsida täiendavat informatsiooni).
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul.
Vt. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
- LABRIS Tallinn. Info telefonil 603 5821 või 603 5812
- LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil
ANALÜÜSIMEETODID
| Uuring | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp | bakterioloogiline | EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) | Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
| Salmonella spp. | real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
| Tekitaja | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp. serotüpeerimine | Serotüpeerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
| S. Enteritidis | 5MA-TJ-70 |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu laboratoorium- Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- Proovid võtab koolitatud proovivõtja
- Pesu ja desinfitseerimise järgsel proovivõtul järgitakse: Loomakasvatushoonest Salmonella analüüsiks pinnaproovide võtmine puhastamise ja desinfitseerimise kontrolliks
- Karjast võetavate proovide arv sõltub karja suurusest.
- Värskeid proove on tavaliselt lihtsam koguda vahetult pärast loomade söötmist, kuna söötmine stimuleerib defekatsiooni.
Proovivõtuvahendid
- ühekordsed kindad (vinüül-, lateks- või nitriilkindad);
- ühekordsed spaatlid või plastist supilusikad;
- proovianumad (minimaalselt 120 ml lekkekindlalt suletava kaanega plastikust proovipurgid);
- suuremad kilekotid (ca 5 l), soovitavalt sulguriga;
- desovahendina 70% etanool või etanooliga niisutatud salvrätid;
- etiketid või veekindel marker;
- kaaskirja blankett;
- jäätmekott.
Individuaalproovide võtmine – võetakse aretussigadelt pärasoolest või põrandalt kohe pärast defekatsiooni.
- Iga loom jaoks uut rektaalkinnast. Proov võetakse otse pärasoolest.
- Defekatsiooni järgselt kogutakse proov põrandalt, vältides proovi võtmist põrandaga kokku puutunud pinnalt.
Kindalt võetakse spaatli või plastlusikaga proov ning pannakse proovianumasse. Kokku võetakse vähemalt 25 grammi materjali. Proovianum täidetakse kuni 2/3 mahust. Anum suletakse tihedalt kaanega.
Kui proovianum proovi võtmisel väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
Proov märgistatakse selgelt loetava järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit (täpsem info proovi kohta on kaaskirjal).
Iga järgmise looma jaoks kasutatakse uusi ühekordseid proovivõtuvahendeid.
Liit-koproproovide võtmine
Liit-koproproovid (või loomulikult segunenud väljaheiteproovid) - võetakse rühmana sulgudes peetavatelt sigadelt vanuse- või pidamisrühmade kaupa.
Koproproovid kogutakse põrandalt erinevatest kohtadest nii, et proov esindab sulus olevaid loomi.
Kui väljaheidete hunnikud on eristatavad, võetakse spaatli või ühekordse lusikaga proov paljudest hunnikutest.
Kui roe on loomulikult segunenud, siis võetakse proov põrandalt vähemalt viiest erinevast kohast (vastavalt proovivõtuskeemile ning sulu suurusele võib see arv olla suurem).
Ühte proovianumasse võib koguda 5–10 enam-vähem sama suurusega koproproovi osa (a´5 g). Proovi suurus on vähemalt 25 g, anum täidetakse kuni 2/3 mahust.
Kui proovianum väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
Proov märgistatakse selgelt loetavate järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit.
Iga uue liitproovi võtmiseks vahetatakse kindaid ja võetakse uus spaatel/lusikas.
Proovide pakkimine ja märgistus
Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Väliselt puhtad, korralikult suletud ja korrektselt märgistatud konteinerid pakitakse kilekotti, soovivalt on lisada sinna absorbeerivat materjali (näiteks paberkäterätikud).
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Sulust võetud liitproovid: märgi ära, mitmest sulust on proovid võetud ning märgista proovid sulgude kaupa nii, et neid on võimalik eristada.
Märgi ära uurimise viis: kas labor uurib iga võetud proovi eraldi või koondproovina (ning millised proovid võib koondada).
Kui kaaskiri pole üheselt arusaadav, põhjustab see viivitust uuringu alustamisel (vajadus küsida täiendavat informatsiooni).
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul.
Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
• Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
• LABRIS Tallinn. Info telefonil 603 5821 või 603 5812
• LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
• Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Juhend põhineb EVS-EN ISO 13307:2013 standardil
ANALÜÜSIMEETODID
| Uuring | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp | bakterioloogiline | EVS-EN ISO 6579-1:2017 (5DB-TJ-20) | Bakterioloogia-patoloogia |
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Tallinn | ||
| EVS-EN ISO 6579-1:2017 | LABRIS Kuressaare | ||
| Salmonella spp. | real-time PCR | 5MA-TJ-15 | Molekulaaranalüüs |
Täiendavad analüüsid (positiivse uurimistulemuse korral)
| Tekitaja | Meetod | Metoodika | Osakond |
|---|---|---|---|
| Salmonella spp. serotüpeerimine | Serotüpeerimine | 5DB-TJ-64 | Bakterioloogia-patoloogia |
| S. Typhimurium ja monofaasiline S. Typhimurium | real-time PCR | 5MA-TJ-70 | Molekulaaranalüüs |
| S. Enteritidis | 5MA-TJ-70 |
ANALÜÜSE TEOSTAVAD LABORATOORIUMID
- LABRIS Tartu - Fr. R. Kreutzwaldi 30, Tartu - kõik eelpool loetletud meetodid - proove võetakse vastu esmaspäevast neljapäevani tavapärastel vastuvõtuaegadel, reedel enne kella 12.
Ainult EVS-EN ISO 6579-1:2017
- LABRIS Tallinn - Väike-Paala 3, Tallinn - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
- LABRIS Kuressaare - Kohtu 16, Kuressaare, Saaremaa - proove võetakse vastu tavapärastel vastuvõtuaegadel
NB! Erisused on riigipühade ajal ja pühade-eelsel nädalal
PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
- Proovid võtab koolitatud proovivõtja
- Proovide arv sõltub karja suurusest, proovide valim peaks olema hoone suhtes representatiivne.
- Värskeid proove on tavaliselt lihtsam koguda vahetult pärast loomade söötmist, kuna söötmine stimuleerib defekatsiooni.
Proovivõtuvahendid
- ühekordsed kindad (rektaalkindad);
- ühekordsed kindad (vinüül-, lateks- või nitriilkindad);
- ühekordsed spaatlid või plastist supilusikad;
- proovianumad (minimaalselt 120 ml lekkekindlalt suletava kaanega plastikust proovipurgid);
- suuremad kilekotid (ca 5 l), soovitavalt sulguriga;
- desovahendina 70% etanool või etanooliga niisutatud salvrätid;
- etiketid või veekindel marker;
- kaaskirja blankett;
- jäätmekott.
Individuaalproovide võtmine – võetakse pärasoolest või kohe pärast defekatsiooni.
- Iga loom jaoks uut rektaalkinnast. Proov võetakse otse pärasoolest.
- Defekatsiooni järgselt kogutakse proov põrandalt, vältides proovi võtmist põrandaga kokku puutunud pinnalt.
- Kindalt võetakse spaatli või plastlusikaga proov ning pannakse proovianumasse. Kokku võetakse vähemalt 10 grammi materjali. Proovianum täidetakse kuni 2/3 mahust. Anum suletakse tihedalt kaanega.
- Kui proovianum proovi võtmisel väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proov märgistatakse selgelt loetava järjekorranumbriga, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit (täpsem info proovi kohta on kaaskirjal).
- Iga järgmise looma jaoks kasutatakse uusi ühekordseid proovivõtuvahendeid.
Liit-koproproovide võtmine (aedikuproovid noorloomadelt)
Liit-koproproovid (või loomulikult segunenud väljaheiteproovid) - võetakse rühmana aedikus peetavatelt loomadelt vanuse- või pidamisrühmade kaupa kui individuaalproovi pole võimalik võtta.
- Ühe lusikaga võetakse üks liitproov.
- Koproproovid kogutakse põrandalt erinevatest kohtadest nii, et proov esindab aedikus olevaid loomi.
- Kui väljaheidete hunnikud on eristatavad, võetakse spaatli või ühekordse lusikaga proov paljudest erinevatest hunnikutest. Eelistada värsket, veel sooja ning põrandaga kokku puutumata osa väljaheitest.
- Kui roe on loomulikult segunenud, siis võetakse proov põrandalt vähemalt viiest erinevast kohast (vastavalt proovivõtuskeemile ning aediku suurusele võib see arv olla suurem).
- Ühte proovianumasse võib koguda 5–10 enam-vähem sama suurusega koproproovi osa (a´5 g). Proovi suurus on vähemalt 25 g, anum täidetakse kuni 2/3 mahust.
- Kui proovianum väliselt saastub, võetakse uus proov uude proovianumasse.
- Proovid märgistatakse selgelt loetavate järjekorranumbritega, kasutades püsivalt kleepuvaid etikette või veekindlat markerit.
- Iga uue liitproovi võtmiseks vahetatakse kindaid ja võetakse uus spaatel/lusikas.
Proovide pakkimine ja märgistus
Proovid peavad olema märgistatud veekindlalt, loetavalt ja üheselt arusaadaval viisil. Proovi märgistamisel kasutada järjekorranumbreid, muu asjakohane info on kaaskirjal. Väliselt puhtad, korralikult suletud ja korrektselt märgistatud konteinerid pakitakse kilekotti, soovivalt on lisada sinna absorbeerivat materjali (näiteks paberkäterätikud).
Kaaskiri on leitav LABRISe kodulehel kaaskirjad alt.
Aedikutest võetud liitproovid: märgi ära, mitmest sulust on proovid võetud ning märgista proovid aedikute kaupa nii, et neid on võimalik eristada.
Märgi ära uurimise viis: kas labor uurib iga võetud proovi eraldi või koondproovina (ning millised proovid võib koondada).
Kui kaaskiri pole üheselt arusaadav, põhjustab see viivitust uuringu alustamisel.
Proovide säilitamine ja transport
Proovid saadetakse laborisse lühima võimaliku aja jooksul temperatuuril 2º–25ºC. Proovide võtmisel ja saatmisel peab arvestama, et laboril peab olema võimalik uurimist alustada 72 tunni jooksul.
Vt. Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused
ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG
Bakterioloogiline: 4–7 tööpäeva
Real-time PCR: kuni 5 tööpäeva
Serotüpeerimine: 1–3 tööpäeva
ANALÜÜSIMEETODID
Bakterioloogiline: tekitaja mikrobioloogiline tuvastamine
Serotüpeerimine: Salmonella isolaadi antigeenne iseloomustamine Kauffmann–White klassifikatsiooni järgi
Real-time PCR: reaalaja polümeraasi ahelreaktsioon
TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
- Bakterioloogia-patoloogia osakond Tartus. Info telefonil 738 6120
- LABRIS Tallinn. Info telefonil 603 5821 või 603 5812
- LABRIS Kuressaare. Info telefonil 453 1495
- Molekulaaranalüüsi osakond. Info telefonil 738 6121
Koostanud: Age Kärssin
Uuendatud: 06.07.2021
Bakter-, viirus- ja parasitaarinfektsioonide korral saab vereseerumist antikehade uurimisega tuvastada kokkupuudet nende tekitajate või nende toodetud antigeenidega. Mõnede infektsioonide korral saab antikehade uuringud lisaks teha ka piimast, lihamahlast või muudest kehavedelikest.
Uuringu eesmärk on näidata, kas loom on kokku puutunud uuritava tekitajaga sel määral, et on tekkinud humoraalne immuunvastus ning vereseerumis on detekteeritaval tasemel antikehasid. Pärast patogeeni kehast elimineerimist võivad antikehad olla tuvastatavad pikka aega.
Vereproovi võtmine
Vereproov võetakse veeni punktsiooni teel, jälgides bioohutuse ning tööohutuse nõudeid. Seda tehakse loomale kõige vähem kannatusi valmistaval viisil. Vajadusel võib vereproovi koguda ka surma järgselt haiguste diagnoosimiseks või seroloogilisteks seireteks.
Punktsioonikoha desinfitseerimise järgselt lasta nahal õhu käes kuivada, et nõela kaudu ei satuks vaakumkatsutisse desoaineid, mis soodustavad hemolüüsi ja võivad mõjutada analüüsitulemust
Eelistada vaakumkatsutisse verevõttu, kuna see võimaldab saada parema kvaliteediga proovi kui süstlaga verd kogudes.
- Lisanditeta seerumkatsutid (punase või punakaspruuni korgiga, antikoagulandita).
- Geeliga või hüübimisaktivaatoriga katsutid.
Veenivere võtmisel hoida vaakumkatsutit sellises asendis, et veri valguks tasase joana mööda katsuti seina. Veri ei tohi pritsida vastu katsuti põhja ja seinu - see võib põhjustada hemolüüsi.
Verd võetakse umbes ¾ katsuti mahust.
- vähemalt 5 ml suurde (ca 10 ml) katsutisse
- vähemalt 2,5 ml väiksemasse (ca 5 ml) katsutisse.
Kui vaakumkatsutisse ei õnnestunud koguda katsutil märgitud koguses verd, võib kohe pärast proovivõttu korraks katsutilt korgi eemaldada – nii eemaldatakse üleliigne vaakum ja välditakse hemolüüsi teket. Samas peab kindel olema, et uurimismaterjali piisab tellitud analüüsideks.
Vajadusel võib proovi võtta ka süstlaga ning tühjendada süstlasisu aeglaselt ja ettevaatlikult puhtasse katsutisse (vahtu ei tohi tekkida).
Pärast võtmist lastakse proovil 30-60 minutit toatemperatuuril seista, mil toimub vere koaguleerumine (ja seerumi eraldamine), seejärel kuni ööpäeva külmikus.
Proovi kogus
- Uuringuteks vajalikku proovi kogust mõjutab see, kui palju ja milliseid uuringuid soovitakse tellida. Vere vormelementide eraldamisel moodustab seerum umbes kolmandiku võetud proovi mahust.
- Minimaalne proovi kogus on 2,5 ml.
Proovi kvaliteet
- Seerumi võib uurimiskõlbmatuks muuta saastumine, külmumine või mõni muu faktor, mis põhjustab punaste vererakkude lagunemist. Lisaks hemolüüsile võib analüüsi mõjutada lipeemia. Võimalusel rakendada enne proovivõttu 10–12 tunnist paastu.
- Bakteriaalne saastumine ja erütrotsüütide jäämine seerumproovi võib põhjustada valepositiivseid tulemusi aglutinatsioonil põhinevatel uuringutel.
- Mikroobidega saastumine ja hemolüüs mõjutab tugevalt just surmajärgselt võetud proove.
- Hemolüüs võib tekkida ajalise viivituse korral seerumi eraldamisel või on verevõtmiseks kasutatud nõel väga peenike või süstlaga vereproovi võtmisel ei eemaldatud enne katsutisse viimist süstla nõela.
- Kui hoolimata nõuetekohasest pakendamisest ja muudest ettevaatusabinõudest on võimalus, et vereproov saatmise ajal külmub või tekib muul viisil hemolüüs, tuleb vereproovi asemel laborisse saata eraldatud seerum.
Paarisseerumid
- Haigestunult loomalt võetakse esimene proov haiguse ägedas faasis, eraldatakse seerum, markeeritakse ning külmutatakse.
- Teine proovivõtt toimub paranemisstaadiumis (2-3 nädalat hiljem).
- Mõlemad proovid saadetakse laborisse samaaegselt.
Seerumi eraldamine
- Vereproovil lastakse 30–60 minutit toatemperatuuril seista, seejärel tsentrifuugitakse 10-15 minutit 1000-2000 g juures.
- Kui tsentrifuugimine pole võimalik:
| Vere hüübimist võib kiirendada, kui värskelt kogutud verega katsutit kiigutada umbes 45° nurga all kuni hüübe tekkeni. | Steriilse varda või pipetiga lükatakse hüüve katsuti seinte küljest lahti ning eemaldatakse pintsettide abil. |
| Vereproovil lastakse seista toatemperatuuril (vältides järsku temperatuuri muutust) mõned tunnid kuni üleöö. |
- Eraldunud seerum pipeteeritakse lisanditeta katsutisse. Katsuti märgistatakse veekindlalt.
Proovide hoidmine
- Vereproovi hoida pärast hüübe tekkemist jahedas ja saata laborisse esimesel võimaluse. Seerumit võib säilitada mõned päevad külmkapis, kauem hoidmisel külmutatakse.
Proovide saatmine
Proovikatsutid peavad olema selgelt tähistatud ja saadetud koos kaaskirjaga, millel on kirjas vajalik lisateave ja märgitud kõik soovitud uuringud.
Kõik parasitaar-, bakter- ja viirushaigustega seotud seroloogilised uuringud viiakse läbi LABRISe Tartu laboris, Kreutzwaldi 30, Tartu.
Antikehade testimiseks mõeldud vereproovid ei ole enamasti bioloogiliselt ohtlik materjal. Erandiks on eriti ohtlike nakkushaiguste kahtlus.
Lisainfo uuringute kohta
Viroloogia-seroloogia osakond, tel 7386 111 (viroloogia labor), 7386 106 (seroloogia labor)
Koostas: Age Kärssin
Koostatud: 21.01.2021
Uuringuks sobiv materjal on nahakaabe, koeproov (sh mesilaste vastsed), karvad või mõni muu patoloogiline muutus nahal.
Naha või karva proov võetakse kahjustunud piirkonnast. Karvu ja nahatükikesi kogutakse harja või kammi abil, näiteks sobib proovi võtmiseks puhas, uus hambahari. Proov peab olema pakendatud suletud topsi või kilesse. Karvaproov võib olla pakendatud ümbrikku.
Mesilaste puhul saadetakse terved mesilased või nende vastsed.
Proovi hoitakse toatemperatuuril kuivas kohas, päikesevalguse eest kaitstult. Proovid peavad olema värsked ning võetud ja pakendatud aseptika nõudeid järgides.
Mükoloogilised uuringud on aeganõudvad analüüsid, sest patogeensed seened kasvavad aeglaselt.
Uuringuks kuluv aeg on 3-5 nädalat.
Proovid saata: Tartu Fr. R. Kreutzwaldi 30, LABRISe bakterioloogia-patoloogia osakonda
Küsimuste korral helistage LABRISe bakterioloogia-patoloogia osakonda:
Telefon 7386 120, 7386 139
Proovide vastuvõtmisest keeldumise põhjused:
Laboratoorium võib keelduda proovide vastuvõtmisest ja seega ka proovide käsitlemisest:
1) kui proov saabus laboratooriumisse nii hilja, et seda pole võimalik kehtivaid nõudeid
arvestades uurida;
2) kui proov on saastunud pakendi vigastuse või mõnel muul põhjusel (üles sulanud,
ettenähtust kõrgema temperatuuriga);
3) kui proovi kogus on tellitud analüüsiks/uuringuks ebapiisav;
4) kui proovil esinevad ilmsed riknemise tunnused;
5) kui proovi saatev kaaskiri puudub;
6) kui kaaskiri on täidetud puudulikult (kaaskirjale ei ole märgitud määratavaid näitajaid või
tellitud uuringuid) või loetamatult.
7) kui kliendi eelmine arve on ületanud maksetähtaja;
Loetelus toodud juhtude avastamisel, võtab labor kliendiga ühendust (telefonitsi, vajadusel
kirjalikult) ning teavitab avastatud puudustest.
Viimati uuendatud 19.01.2026
