1. Proovivõtt ja transport (loomaarst, PTA)
Sigade Aafrika katku (SAKi) laboratoorseks diagnoosimiseks võtab proovid kas Põllumajandus- ja Toiduameti (PTA) ametnik, veterinaararst või looma omanik. Nemad vastutavad ka proovide nõuetekohase pakkimise, märgistamise ja transportimise eest LABRISe Tartu laboratooriumisse, kus toimub SAKi analüüside tegemine. Proovi saatja kohustus on lisada proovide juurde korrektselt täidetud kaaskiri.
SAKi uuringuteks võetakse loomalt kas veri, neer, põrn, tonsillid, aga võib võtta ka lümfisõlmed, kopsud, südame, maksa ja/või luuüdi. Teaduspõhiselt on selgitatud, missugused on viiruse sihtorganid ja iga konkreetse haiguse puhul neid uuritaksegi.
LABRISesse tuuakse enamasti uuringuks kas neeru, põrna ja/või vereproovid, mõnedel juhtudel ka toruluu, millest laboris võetakse testimiseks luuüdi.
2. Proovide märgistamine
LABRISesse jõudnud proovid registreeritakse labori infosüsteemis: see tähendab, et igale proovile antakse unikaalne registreerimisnumber, lisaks kontrollitakse proovide märgistust ja vastavust saatekirjal oleva informatsiooniga. Samuti veendutakse, et proovide pakendid on terved ja lekketa. See etapp tagab, et õige proov on seotud õige loomaga ning analüüsiprotsess saab alata korrektselt.
LABRIS on akrediteeritud labor, mis tähendab, et kõik protseduurid on täpselt kirjeldatud labori juhtimissüsteemis. Nende protseduuride täitmist ja järgimist kontrollib nii labor kui ka välised kontrollid.
Edasi liiguvad proovid analüüsimisele.
3. Proovide analüüsimine
Vereproovid liiguvad otse PCR-analüüse tegevasse laborisse.
Kui tegemist on organproovide või toruluuga, siis liigub proov esmalt patoloogia laborisse, kus patoloogid võtavad edasisteks analüüsideks uurimismaterjali ning registreerivad visuaalselt esinevad muutused. Sealt edasi liiguvad organproovid PCR-analüüse tegevasse laborisse.
Kui verest on vaja määrata ka antikehi, siis see toimub viroloogia laboris samal ajal PCR-analüüsimisega.
Analüüsimise aeg
Kui proovid jõuavad Tartu laborisse enne kella 10 hommikul, siis saab analüüsi vastuse enamasti samal tööpäeval. Hiljem saabunud proovid uuritakse üldjuhul järgmisel tööpäeval. Analüüsimise aeg laboris pikeneb, kui testi on vaja korrata või kinnitada.
Juhtudel kui PTA ametnik või loomaarst on püstitatud SAKi kahtluse kodusigadel ning ta teavitab LABRISt proovide saatmisest ette, on võimalik testimist alustada esimesel võimalusel ja sel juhul saab vastuse enamasti 6 tunni jooksul.
LABRISes kasutatakse SAKi viiruse DNA määramiseks reaalaja PCR testi. See on väga tundlik, spetsiifiline ja kiirelt teostatav. PCR test võimaldab haigeid loomi tuvastada juba paar päeva pärast nakatumist − see on veel enne, kui loomad kliiniliselt haigestuvad. PCR testi kasutamine taudidiagnoosi panemiseks on aktsepteeritud Euroopa Liidu õigusruumis.
LABRISes SAKi analüüsimiseks kasutatavad analüüsimeetodid on valideeritud ja akrediteeritud. Rutiinses töös kuulub iga analüüsi juurde positiivne ja negatiivne kontroll, PCR-analüüside puhul ka kontroll, mis tõendab loomaliiki (nt SAKi uuringute puhul selle pärinemist sealt).
4. Täiendavad analüüsid (vajadusel)
Täiendavad analüüsid LABRISes
SAKi antikehade määramiseks kasutatakse LABRISes rutiinselt ELISA testi ja tulemuse kinnitamiseks IPT testi. Antikehade testimine on oluline, et mõista, kui kaua on viirus karjas esinenud. Neid teste ei kasutata taudidiagnoosi panekuks ega haiguse varaseks avastamiseks, sest antikehad tekivad üldjuhul 10-14 päeva pärast nakatumist.
Täiendavad analüüsid Euroopa Liidu referentlaboratooriumis
Riiklikul referentlaboratooriumil (Eestis on selleks LABRIS) on tulenevalt Euroopa õigusruumist kohustus teha koostööd Euroopa Liidu referentlaboratooriumiga (referentlaboratoorium SAKi alal asub Hispaanias). Taolise koostöö üks eesmärk on riiklike referentlaborite analüütilise suutlikkuse toetamine.
Lisaks on EL referentlaboratooriumis teostatavate täiendavate analüüside eesmärk saada täpsemat informatsiooni viiruse iseloomu ja arengu kohta ning seeläbi jälgida haiguse evolutsiooni. EL referentlaboratooriumisse saadetud proovidest tehakse üldjuhul viiruse DNA tuvastamine, antikehade määramine, viiruse isoleerimine ja molekulaarsete markerite määramine.
Alates 2014. aastast, kui SAKi epideemia Eestis algas, on LABRIS saatnud EL referentlaboratooriumisse viirustüvede täpsemaks iseloomustamiseks enam kui 400 proovi (sh proovid kõigist kodusigade puhangufarmidest). Tulemused on olnud kokkulangevad.
Enamasti saavad kõik analüüsid tehtud 3-4 nädala jooksul, vahest on uuringute aeg ja protokolli väljastamise aeg pikem.
5. Tulemuste väljastamine
Kui analüüsid on tehtud, saadab LABRIS katseprotokolli e-posti teel proovi saatjale ja PTA kohalikule asutusele. Analüüsid on tellijale tasuta, kuna need teostatakse riikliku programmi raames, mille kulud kaetakse riigieelarvest ning mida toetab Euroopa Komisjon. Kuna SAK on teatamiskohustuslik haigus, saadab LABRIS informatsiooni SAK-positiivse leiu kohta alati koheselt eraldi teavitusega ka PTA keskasutusele. PTA on volitanud LABRISe sigade Aafrika katku ametliku kontrolli laboratooriumiks.
