Clostridium perfringens infektsioonide uuringud

ANALÜÜSIMEETODID

Analüüs	Meetod	Metoodika	Osakond
Clostridium spp	BAKT	5DB-TJ-2	Bakterioloogia-patoloogia

* toksiinigeenide määramiseks tehakse esmalt külv ning isoleeritakse puhaskultuur.
** akrediteerimata meetod

Täiendavad uuringud

Analüüs	Meetod	Metoodika	Osakond
Clostridium perfringens toksiinigeenid cpa, cpb, cpb2, etx, iap, cpe	Real-time PCR	5MA-TJ-93*	Molekulaaranalüüs

* akrediteerimata meetod

ANALÜÜSE TEOSTAV LABORATOORIUM
Kreutzwaldi 30, Tartu

PROOVIDE VÕTMINE, SÄILITAMINE JA SAATMINE
Korjused ja organproovid: vt. juhend
Post-mortem proovid:

• proovid sooltest (ligeeritud mõlemast otsast)
• soolesisu proovitopsis
• soolelümfisõlmed
• limaskesta kaaped (magu, sool) transportsöötmes (Amies või Eswab)
• muutuste korral neerud, kopsud, aju

Müosiidi puhul: koeproovid 4 cm3 mõõtmetega
Nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab)

NB! Proovid võtta võimalikult kiiresti pärast looma surma.

Elupuhuselt

• roojaproov steriilses proovitopsis
• tampooniproov pärasoolest transportsöötmes(Amies või Eswab)
• lihaskahjustuste korral nõrede tampooniproovid tabandunud piirkonnast transportsöötmes (Amies või Eswab) –

NB! Ilma transportsöötmeta (organproove, soolesisu) saadetavatel proovidel jäetakse esmasesse pakendisse/ proovitopsi võimalikult vähe õhuruumi.

Proovide märgistamine ja kaaskiri
Proovinõud ja pakendid on väliselt puhtad. Proovid märgistatakse selgelt ja üheselt mõistetavalt. Proovid pakendatakse enne lõplikku pakkimist veel täiendavasse pakendisse.
Kaaskirjavormid leiab LABRISe kodulehelt tellimuste vormid alt. Tampooniproovide korral märkida kindlasti ära täpne piirkond, kust proov on võetud. Oluline on kaaskirjal kirjeldada kliinilist pilti ja anamneesi andmeid ning lisada muu asjakohane info.

Proovide laborisse saatmine
Proovid saadetakse võimalikult kiiresti külmkehadega termokastis laborisse. Kuni laborisse saatmiseni hoitakse 2 – 8°C.

ANALÜÜSIMEETODID JA ANALÜÜSIDE TEOSTAMISE AEG

Meetod	Kirjeldus	Analüüsimise aeg (tööpäevi)
BAKT	bakterioloogiline uuring (külv ja samastamine)	3-7 tööpäeva
Real-time PCR	reaalaja polümeraas-ahereaktsioon	Kuni 5 tööpäeva

 

TÄIENDAV INFO JA KONTAKTID
Bakterioloogia-patoloogia osakond, kontakt tel. 7386 120 (bakterioloogia labor)
Molekulaaranalüüsi osakond, kontakt tel. 7386 121

Koostatud: 01.10.2020
Koostanud: Age Kärssin

Lisainfo:

Kuna C. perfringens esineb soojaverelistel normaalses soolemikroflooras, siis vaid selle tuvastamine ei oma diagnostilist väärtust.

Tüüp	Peamised haigused	Peamised toksiinid	Geenid	Märkused
A	lindude nekrootiline enteriit* tallede enterotokseemia põrsaste neonataalne nekrotiseeriv enterokoliit veiste neonataalne hemorraagiline enteriit nekrotiseeriv ja hemorraagiline enteriit koertel ja varssadel** gaasgangreen ja müonekroos (koeproovid).	alfa (CPA)	cpa	C. perfringens kinnitamine, kuna sel on ainsa Clostridium liigina cpa geen; kuna esineb kõigil soojavereliste isolaatidel, puudub spetsiifilisem diagnostiline väärtus;
B	tallede düsenteeria lammaste krooniline enteriit veiste/hobuste hemorraagiline enteriit/ enterotokseemia	alfa (CPA)	cpa	cpb ja etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi, patoloogiliste muutuste ja bakterioloogilise leiuga
		beta (CPB)	cpb
		epsilon	etx
C	lindude nekrootiline enteriit* hemorraagiline või nekrootiline enterotokseemia põrsastel, talledel, vasikatel, varssadel äge enterotokseemia täiskasvanud lammastel	alfa (CPA)	cpa	Tüüp C isolaadid võivad toota veel CPE, CPB, CPB2 jt. toksiine.
		beta (CPB)	cpb
D	lammaste enterotokseemia kitsede enterokoliit veiste enterotokseemia (vasikatel, võimalik ka täiskasvanutel)	alfa (CPA)	cpa	etx olemasolu koos tüüpilise kliinilise pildi ja patoloogiliste muutustega
		epsilon (ETX)	etx
E	veiste (võimalik ka lammastel) neonataaalne enterotokseemia, hemorraagiline gastroenteriit võimalik enterotokseemia küülikutel	alfa (CPA)	cpa	puuduvad üldaktsepteeritvad diagnostilised kriteeriumid; võivad esineda ka tervetel loomadel
		iota (ITX)	iap***
-	enteriit sigadel ja hobustel koerte hemorraagiline gastroenteriit** koliit kitsedel	cpe (CPE) - enterotoksiin	cpe	võimalik gastroenteriitide põhjustaja mitmetel imetajate liikidel; võivad esineda ka tervetel loomadel
-	On leitud: sigade neonataalne diarröa hobuste enterokoliit vasikate enteriit ja abomasiit koerte enteriit	CPB2	cpb2****

*esineb ka NetB toksiin (ei määrata), kaasuvad sageli ka CPE, CPB ja CPB2
** esineb ka NetF toksiin (ei määrata)
*** Iota toksiin (ITX) koosneb kahest komponendist Ia (kodeerib iap geen) ja Ib (kodeerib ibp-geen). Analüüsimeetodi puhul määratakse iap geeni.
**** CPB2 puudub vaatamata nimetusele oluline homoloogia CPB-ga. Täiskasvanud hobustel seostatakse CPB2 ekspresseerumist antibiootikumiraviga, on leitud, et gentamütsiiniravi ja surmlõppega tüfokoliidi vahel esineb seos.