Mikroorganismide identifitseerimine ja tüpeerimine

LABRISe Tartu laboris on loodud võimalused mikroorganismide täiendavaks identifitseerimiseks ja tüpeerimiseks.

• Bakterite identifitseerimine MALDI-TOF MS-ga (maatriksi assisteeritud laserdesorptsioon-ionisatsioon lennuaja massispektromeetriaga)
• Serotüpeerimine. Salmonella spp. serovaride määramiseks on kasutusel konventsionaalne ja molekulaarne serotüpeerimine. Listeria monocytogenes´e, Escherichia coli, Yersinia enterocolitica serotüpeerimiseks kasutatakse bakterite täisgenoomsel sekveneneerimisel põhinevaid andmeid.
• L. monocytogenes´e, Salmonella spp., patogeense E. coli, Yersinia enterocolitica, Campylobacter spp. jt haigustekitajate täisgenoomsel sekveneerimisel (WGS) põhinevad tüpeerimisuuringuid kasutatakse:
  • toidutekkeliste haiguspuhangute ülekandeteede ja allikate kindlakstegemiseks
  • tootmisliinide saastumise kindlakstegemiseks L. monocytogenes bakteriga
  • virulentsus- ja resistentsusgeenide tuvastamiseks 
• Shiga-toksiine tootva Escherichia coli toksiini alatüüpide ja teiste virulentsusgeenide tuvastamine haigustekitaja potentsiaalse tõvestusvõime hindamiseks
• Teiste Escherichia coli patotüüpide (EPEC, EAEC, ETEC, EIEC) tuvastamine
• Keeritsusside (Trichinella spp.) liigiline määramine

Kontaktid:
Toidumikrobioloogia osakond. Maiu Kuningas: maiu.kuningas[at]labris.agri.ee
Molekulaaranalüüsi osakond. Annika Vilem: annika.vilem[at]labris.agri.ee 

Lisainfo:
EFSA Scientific Opinion (2019). Whole genome sequencing and metagenomics for outbreak investigation, source attribution and risk assessment of food-borne microorganisms. 
https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.2903/j.efsa.2019.5898